rna3661 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015507632.1
Unique Namerna3661
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000065contigJOTR01000065:637477..652498 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
Transcript idXM_015507632.1
ProductPHD finger protein rhinoceros, transcript variant X1
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 4 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
GeneLOC107161283
GbkeymRNA
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GenbankXM_015507632.1
GeneID107161283
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161283gene2475Diuraphis noxiageneJOTR01000065 637477..652498 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015507632.1rna3661Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000065 642734..652114 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id31977id31977Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 637477..637773 +
id31978id31978Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 638211..638329 +
id31979id31979Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 641454..641505 +
id31980id31980Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 642682..642782 +
id31981id31981Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 642842..642990 +
id31982id31982Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643064..643314 +
id31983id31983Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643374..643537 +
id31984id31984Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643599..643747 +
id31985id31985Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 645446..645733 +
id31986id31986Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 645804..645977 +
id31987id31987Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646059..646186 +
id31988id31988Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646249..646495 +
id31989id31989Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646583..652498 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363118.1cds3564Diuraphis noxiaCDSJOTR01000065 646583..652114 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of XM_015507632.1

>rna3661 ID=rna3661|Name=XM_015507632.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=2377bp
MSYRTKRQPISKDECPLPTKRRKGRPSTLQEEEEASSLDTQSGSRSDMKI
PSSIYNTRITTDAPAELFRKDLISAMKLPDSEQLSTDAYWIISDQWKQEW
ERGVQVPVNPDSLPGSSVHEIPVVCLQSSTKSPRRSPSSIYHSQHNEFKL
PKHKYIRITKDEHFKSEEHQLSLLPLKAEKSCSYDMDDVDTAWLKLCNGE
RTLGGFPKIKDDQFERVMEELEMRCWEKVQTIIKEEEGLGIEYDENVICD
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CVLCPNKNGAMKCTRSGHKWAHVSCALWIPEVSIGCVEKMEPITKISSIP
PSRWALICVLCRERVGACIQCSVKTCKTAYHVTCAFKHGLEMRAIIEDES
AEDGVKLRSYCQKHSVTSKKDRNSGSEDEDSTKRKRKDMTSEEKNQARAA
KLQEIEGEFEKHVSVIDVTQCRDVDNDGILYIYNYWVLKRRSGNNRPLLL
PKSDDGDLLGRQQEQADLEKHKMFVQLRQDLERVRNLCYMVSRREKLSRN
LLSLREQTFHKQVAVLTDNKLNLSSAEVSAXQEANHGPSIYDRLYSYPDA
PDLSTDFETMLSRIAGDGSPEKSNYTGLKWPQSNNPYKRSYINGSIRYSS
MSSSSDLELKPPRLISSERSSMDEAELIKSMLNKRKLKEKRLNKKRSKTK
LSTDSSTEEENDKVKQKWNVSPNKKLLQIEKQFGSDDSEDVSLPKLSSKR
PTKVNNIYSDSDSEVSTKDDSLSYTHTKAAVKEFSQGKSKTKVLKDKSTS
VSKTKESLEKDTKKIKKDDPKNNTTVPTELIVPQRQAAKKATESIHRVHN
KHDEISNEKKSPEKLFSSHRKSPERVSSNTKSPDKQPIKVNKIKNAEKLS
SVEKESDLQDSFSIVPQRQAAKKAIQGIKSGMTKPVEETKVSEPVKKDDS
TTKSKRSAKSSLSSTSSSSSSSSSSSTSSTSSSSSSSGSSTSESDTEPEK
KNKSIDRVSPPKEISKTKSPPKAKGWLSENKPIKISSSSSSESDKDQKVI
RAPDKKLKTSDRRPEHRFQDPPPKREESRRKSIGSDRCDSVQIVTCGDSS
IGDDGNRKSSDSDNVGTSTSQPDGIKQETKQPIHAVEDKEVEKKLKLDDG
DQRVLKEDHGLNKNIQEVKNKNVTPVQHTSDKENKKTDELNLYLPGGHRL
NDLKDENLLSSSFLTRQDIERELVNNIDYDNKKYSKMXFNCNNHFSGSQR
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NNEFLFKDDSKEITARETLNLVEKLRLGITKKTVPLENENIENIELNDTP
KILDPPKPSEPEQKTDNILYNAYNKFHQQSNDVVDVNKVPERDKLDRSES
ALSDERWVPPSQRSQAESPYQDINDANRWSDSVVMPSRRSDTSNEPSPEH
QNPPTTESLYQNIHSFPTSVPMQIESMQFPQFSEPSFVLNPPSSNQLSFM
SSSRNFNPQQFAIPPPFSAHQNLMPELNKPLHLQQTPCTAAFTSSTQNMA
FTAAMISPMTHHDNFIPPFNDISMYNDSNLLMGPSTNNSSLHSESVMHTV
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EINLQSTSNQHQVPVTSNNQTEITLSQSISNNQEPVFSQSKINSEQVTPK
NQLAAPISNQIPLNKQQSIPEVHTPLVCQAEVSQQNIINQTPVQTPISVS
QVSNQTTPSIPTPKQSPALPTTPLPERSPMSIIASSPSVTSSPHPNRTPS
DKKSPSKPTRSSSRVTAQSYKSPEIVDHSPEVKKQNKRGPKPQSKTSGRG
RGRGRGRSSNHFTDYNPAVSKLAGTAYDLDFVEEFGNDNNGVMENLRAMR
ERKKSDVKADSKSPVSPKVHSSPNNYRRKHASIKELKPPSPITETPIEDP
PAQIIMDELTPMLPAPVDMRTYDSYDNTTSYSDNIYETNTNVDDKVTDIV
NTLKEDLHNFSKLSSKDKDIEDQLILIDDQIKIIKLPPPVEKEPVASSTV
LQSESRNQLKVKIKGPFLNAKYNNIQNQPILPTIDTSAISMNIPSHSVPP
SEAASVPSNFRQMRKKELLRQYCNQQDNIEQTTNHPVVPPLSRNIITIPK
AVASMTTIPTKEDYKAVVDANMEKKRTKYGSDDPKSNYFNNIRKEATTPK
IKIKIGGEQPMVTTMEEKRSLRPPKKRICDTQNDDTNHLIAPTMEQLRRD
SMKFRKKVFARFEEDALASTSIPIATVAKNKKKRRSSPSVSRKKKPRTNK
EISQVQVIEAKESTPKLIIRFSKAAPDEAEVSAVTEPKKASPIKLKISRC
KEGYVMKPPSNQTNPDTSLNNNCEVR.
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mRNA from alignment at JOTR01000065:637477..652498+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna3661 ID=rna3661|Name=XM_015507632.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=15022bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:637477..652498+ (Diuraphis noxia)
tgtacctatatcgcCAATCGCTACTCGCAAGTGTCGAGCATGAAACGATA AGTGCGAAATTCGTACCGCTCGCATTTTGGTGTTTTCGTACACCGTTTTT ACCGCCGCTGTTTGGACGTTCGCCGTCGCGTATTCGTCGCCGTGACCGTT CGTCCGCTAGTGGATATCGCCGCCATCGTCCATTGAACCGCGCTCTCGCC CGACCTGTACCGCCGCCGATGTAAACGGGCCCCCCCGACCAAATGTGTTG GACGTGTTGAGAGCTGTTTGAGATTACCTAGTTGGTGTTACACTCATGTA AGTactcgtatattttttaaaacttctcTGGGCTTGCTTGATCGGTCTCT AACCCGGATGAGCCGTTGAGCCGATTGCAATTTTGGTTGTTAACGATTTT TTTCTCATGTCCTTTTTTTTCCTCTTCCCCGTCAAATCAAAACACGAAAA CACGGGAAAACGGCGGTGGTGCCATCTGCCGGCCGCCCGCATTTGTTGTC ATTATctacgttttattattacgcTCCtgagtgtaaaaatattaatttat gttatatttttattatattatagtatatattctTTCAGTGGGAAATCACA TACGGATTTTCCTAATTTTCTCCCCTCCCCCCCATTTAATAGTAGTCTAA TTTTACTTTCGTCACKTGCAACCAAATCCGTGATCTAACAAGCGCCCTAA CGTTTTTTCTTATGTCTCTTGTTTGTGTTCTTAGTGATTGTCAGTCGCCA GATGACGTCCCGTGTTTCAACTGCAATGGAATGCACTAGTATTGGTACAG TCCCAACCTGTTTGGCGCTTGAAAATTGATTTctgcaatacaatatatac ctggTAAGTTGTTGACGCTCATCACACACCATTCCTATTAGGTGTTGTAT AGATGTAAGTGTGTGCGTGTAATGCAACTAAGACCTCATAGTTCTTAGCA TCTTGAGCATCTTACATAGGTTCTATCTCTCAATTTCTATATGtactatc aatatttattttattttattctttcagTTCGTTCAATTGGCTAAATTATT AATGTCATACCTGCATGTATTGTTTAATTCATGCCGGGTCTCACTAAACA CTTGATAAATTAACAGTGAGCTAATTGTCCTTTAAACAACATTTAGTGgt ctattaaattttagtaatccattaatttcaatcaattttttatgcaacac gacatatatatgttaaaattgCGTCTGAGGAAGGTGCAGAACCGTTATAA CTTCAtcatataggtaacaataatatctGTTGGTTTTGCGTTAgagatta ttgtattatatttatttctttagaCTTAGTACTATAGAATACTTYttata ttataaattggtatatttttataattttatttgaagtgACTCTTAAGAAC AATGGccattgatataaaatatgcacataggtagttttatttatataaat atgaatcatATGATAATAGATTATTAGGAACATGgttcataaatacaaaa atatcaatttaagcAGTTTGTTAAGAAAATTGCGACAACTAAGaatttta ttgtgataaaaataatgttgaggTTCTAATTAACTTATGGGCAAAtcatt ggaaaataaaaataaaccaaatcaATTCACGTAACATTCACTTAACAAAA CTCTGACTGCCTTCCAGTTACACTCAGCAACAAAATCCTTCCTTCAGCAA ACAAAGTTAAGTACTTAGGGCTCACATTTGACAAACGTCTTACGTGGGKT CCACACCTAAAACTAAAGCGGAAACAAGTTAACTCCAGGCTGCACCTCCT TAGACCccttttaaaatctaaactatCCCTAACAAACAAGGTGACAATAT ATAAAGCGATAATCCGCCCTGTCTGGCTCTATGGCATTCAGCTATGGGGG 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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000065:637477..652498+

>rna3661 ID=rna3661|Name=XM_015507632.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=7131bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:637477..652498+ (Diuraphis noxia)
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