rna3662 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015507635.1
Unique Namerna3662
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000065contigJOTR01000065:637477..652498 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
Transcript idXM_015507635.1
ProductPHD finger protein rhinoceros, transcript variant X3
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
GeneLOC107161283
GbkeymRNA
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GenbankXM_015507635.1
GeneID107161283
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161283gene2475Diuraphis noxiageneJOTR01000065 637477..652498 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015507635.1rna3662Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000065 642734..652114 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id31990id31990Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 637477..637773 +
id31991id31991Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 638211..638329 +
id31992id31992Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 641454..641505 +
id31993id31993Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 642682..642782 +
id31994id31994Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 642842..642990 +
id31995id31995Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643064..643314 +
id31996id31996Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643374..643537 +
id31997id31997Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 643599..643747 +
id31998id31998Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 645446..645733 +
id31999id31999Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 645804..645977 +
id32000id32000Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646059..646186 +
id32001id32001Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646249..646495 +
id32002id32002Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 646583..649700 +
id32003id32003Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 649764..652498 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363121.1cds3566Diuraphis noxiaCDSJOTR01000065 649764..652114 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of XM_015507635.1

>rna3662 ID=rna3662|Name=XM_015507635.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=2356bp
MSYRTKRQPISKDECPLPTKRRKGRPSTLQEEEEASSLDTQSGSRSDMKI
PSSIYNTRITTDAPAELFRKDLISAMKLPDSEQLSTDAYWIISDQWKQEW
ERGVQVPVNPDSLPGSSVHEIPVVCLQSSTKSPRRSPSSIYHSQHNEFKL
PKHKYIRITKDEHFKSEEHQLSLLPLKAEKSCSYDMDDVDTAWLKLCNGE
RTLGGFPKIKDDQFERVMEELEMRCWEKVQTIIKEEEGLGIEYDENVICD
VCRSPDSEDGNEMVFCDNCNICVHQACYGITTIPSGSWLCRTCTLRFRPE
CVLCPNKNGAMKCTRSGHKWAHVSCALWIPEVSIGCVEKMEPITKISSIP
PSRWALICVLCRERVGACIQCSVKTCKTAYHVTCAFKHGLEMRAIIEDES
AEDGVKLRSYCQKHSVTSKKDRNSGSEDEDSTKRKRKDMTSEEKNQARAA
KLQEIEGEFEKHVSVIDVTQCRDVDNDGILYIYNYWVLKRRSGNNRPLLL
PKSDDGDLLGRQQEQADLEKHKMFVQLRQDLERVRNLCYMVSRREKLSRN
LLSLREQTFHKQVAVLTDNKLNLSSAEVSAXQEANHGPSIYDRLYSYPDA
PDLSTDFETMLSRIAGDGSPEKSNYTGLKWPQSNNPYKRSYINGSIRYSS
MSSSSDLELKPPRLISSERSSMDEAELIKSMLNKRKLKEKRLNKKRSKTK
LSTDSSTEEENDKVKQKWNVSPNKKLLQIEKQFGSDDSEDVSLPKLSSKR
PTKVNNIYSDSDSEVSTKDDSLSYTHTKAAVKEFSQGKSKTKVLKDKSTS
VSKTKESLEKDTKKIKKDDPKNNTTVPTELIVPQRQAAKKATESIHRVHN
KHDEISNEKKSPEKLFSSHRKSPERVSSNTKSPDKQPIKVNKIKNAEKLS
SVEKESDLQDSFSIVPQRQAAKKAIQGIKSGMTKPVEETKVSEPVKKDDS
TTKSKRSAKSSLSSTSSSSSSSSSSSTSSTSSSSSSSGSSTSESDTEPEK
KNKSIDRVSPPKEISKTKSPPKAKGWLSENKPIKISSSSSSESDKDQKVI
RAPDKKLKTSDRRPEHRFQDPPPKREESRRKSIGSDRCDSVQIVTCGDSS
IGDDGNRKSSDSDNVGTSTSQPDGIKQETKQPIHAVEDKEVEKKLKLDDG
DQRVLKEDHGLNKNIQEVKNKNVTPVQHTSDKENKKTDELNLYLPGGHRL
NDLKDENLLSSSFLTRQDIERELVNNIDYDNKKYSKMXFNCNNHFSGSQR
SIFSPQQCNKDIPDFDFDNDMLAVEQAANEEGFGLTRDTDVRNAPLSFTF
NNEFLFKDDSKEITARETLNLVEKLRLGITKKTVPLENENIENIELNDTP
KILDPPKPSEPEQKTDNILYNAYNKFHQQSNDVVDVNKVPERDKLDRSES
ALSDERWVPPSQRSQAESPYQDINDANRWSDSVVMPSRRSDTSNEPSPEH
QNPPTTESLYQNIHSFPTSVPMQIESMQFPQFSEPSFVLNPPSSNQLSFM
SSSRNFNPQQFAIPPPFSAHQNLMPELNKPLHLQQTPCTAAFTSSTQNMA
FTAAMISPMTHHDNFIPPFNDIKSVMHTVFNAINQASMIDNQLSILPTIQ
TPKTPKVSTSNQISGSHXLIPASTNNQTQEINLQSTSNQHQVPVTSNNQT
EITLSQSISNNQEPVFSQSKINSEQVTPKNQLAAPISNQIPLNKQQSIPE
VHTPLVCQAEVSQQNIINQTPVQTPISVSQVSNQTTPSIPTPKQSPALPT
TPLPERSPMSIIASSPSVTSSPHPNRTPSDKKSPSKPTRSSSRVTAQSYK
SPEIVDHSPEVKKQNKRGPKPQSKTSGRGRGRGRGRSSNHFTDYNPAVSK
LAGTAYDLDFVEEFGNDNNGVMENLRAMRERKKSDVKADSKSPVSPKVHS
SPNNYRRKHASIKELKPPSPITETPIEDPPAQIIMDELTPMLPAPVDMRT
YDSYDNTTSYSDNIYETNTNVDDKVTDIVNTLKEDLHNFSKLSSKDKDIE
DQLILIDDQIKIIKLPPPVEKEPVASSTVLQSESRNQLKVKIKGPFLNAK
YNNIQNQPILPTIDTSAISMNIPSHSVPPSEAASVPSNFRQMRKKELLRQ
YCNQQDNIEQTTNHPVVPPLSRNIITIPKAVASMTTIPTKEDYKAVVDAN
MEKKRTKYGSDDPKSNYFNNIRKEATTPKIKIKIGGEQPMVTTMEEKRSL
RPPKKRICDTQNDDTNHLIAPTMEQLRRDSMKFRKKVFARFEEDALASTS
IPIATVAKNKKKRRSSPSVSRKKKPRTNKEISQVQVIEAKESTPKLIIRF
SKAAPDEAEVSAVTEPKKASPIKLKISRCKEGYVMKPPSNQTNPDTSLNN
NCEVR.
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mRNA from alignment at JOTR01000065:637477..652498+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna3662 ID=rna3662|Name=XM_015507635.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=15022bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:637477..652498+ (Diuraphis noxia)
tgtacctatatcgcCAATCGCTACTCGCAAGTGTCGAGCATGAAACGATA AGTGCGAAATTCGTACCGCTCGCATTTTGGTGTTTTCGTACACCGTTTTT ACCGCCGCTGTTTGGACGTTCGCCGTCGCGTATTCGTCGCCGTGACCGTT CGTCCGCTAGTGGATATCGCCGCCATCGTCCATTGAACCGCGCTCTCGCC CGACCTGTACCGCCGCCGATGTAAACGGGCCCCCCCGACCAAATGTGTTG GACGTGTTGAGAGCTGTTTGAGATTACCTAGTTGGTGTTACACTCATGTA AGTactcgtatattttttaaaacttctcTGGGCTTGCTTGATCGGTCTCT AACCCGGATGAGCCGTTGAGCCGATTGCAATTTTGGTTGTTAACGATTTT TTTCTCATGTCCTTTTTTTTCCTCTTCCCCGTCAAATCAAAACACGAAAA CACGGGAAAACGGCGGTGGTGCCATCTGCCGGCCGCCCGCATTTGTTGTC ATTATctacgttttattattacgcTCCtgagtgtaaaaatattaatttat gttatatttttattatattatagtatatattctTTCAGTGGGAAATCACA TACGGATTTTCCTAATTTTCTCCCCTCCCCCCCATTTAATAGTAGTCTAA TTTTACTTTCGTCACKTGCAACCAAATCCGTGATCTAACAAGCGCCCTAA CGTTTTTTCTTATGTCTCTTGTTTGTGTTCTTAGTGATTGTCAGTCGCCA GATGACGTCCCGTGTTTCAACTGCAATGGAATGCACTAGTATTGGTACAG TCCCAACCTGTTTGGCGCTTGAAAATTGATTTctgcaatacaatatatac ctggTAAGTTGTTGACGCTCATCACACACCATTCCTATTAGGTGTTGTAT AGATGTAAGTGTGTGCGTGTAATGCAACTAAGACCTCATAGTTCTTAGCA TCTTGAGCATCTTACATAGGTTCTATCTCTCAATTTCTATATGtactatc aatatttattttattttattctttcagTTCGTTCAATTGGCTAAATTATT AATGTCATACCTGCATGTATTGTTTAATTCATGCCGGGTCTCACTAAACA CTTGATAAATTAACAGTGAGCTAATTGTCCTTTAAACAACATTTAGTGgt ctattaaattttagtaatccattaatttcaatcaattttttatgcaacac gacatatatatgttaaaattgCGTCTGAGGAAGGTGCAGAACCGTTATAA CTTCAtcatataggtaacaataatatctGTTGGTTTTGCGTTAgagatta ttgtattatatttatttctttagaCTTAGTACTATAGAATACTTYttata ttataaattggtatatttttataattttatttgaagtgACTCTTAAGAAC AATGGccattgatataaaatatgcacataggtagttttatttatataaat atgaatcatATGATAATAGATTATTAGGAACATGgttcataaatacaaaa atatcaatttaagcAGTTTGTTAAGAAAATTGCGACAACTAAGaatttta ttgtgataaaaataatgttgaggTTCTAATTAACTTATGGGCAAAtcatt ggaaaataaaaataaaccaaatcaATTCACGTAACATTCACTTAACAAAA CTCTGACTGCCTTCCAGTTACACTCAGCAACAAAATCCTTCCTTCAGCAA ACAAAGTTAAGTACTTAGGGCTCACATTTGACAAACGTCTTACGTGGGKT CCACACCTAAAACTAAAGCGGAAACAAGTTAACTCCAGGCTGCACCTCCT TAGACCccttttaaaatctaaactatCCCTAACAAACAAGGTGACAATAT ATAAAGCGATAATCCGCCCTGTCTGGCTCTATGGCATTCAGCTATGGGGG 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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000065:637477..652498+

>rna3662 ID=rna3662|Name=XM_015507635.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=7068bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:637477..652498+ (Diuraphis noxia)
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