rna3669 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015507628.1
Unique Namerna3669
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000065contigJOTR01000065:692291..707460 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
Transcript idXM_015507628.1
Productendoribonuclease Dcr-1, transcript variant X2
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 16 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
GeneLOC107161280
GbkeymRNA
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GenbankXM_015507628.1
GeneID107161280
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161280gene2480Diuraphis noxiageneJOTR01000065 692291..707460 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015507628.1rna3669Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000065 692714..707340 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id32074id32074Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 692291..692715 +
id32075id32075Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 693886..694027 +
id32076id32076Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 694100..694228 +
id32077id32077Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 695431..696303 +
id32078id32078Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 696380..696513 +
id32079id32079Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 696605..696836 +
id32080id32080Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 696917..697068 +
id32081id32081Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 697225..697366 +
id32082id32082Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 699986..700222 +
id32083id32083Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 700301..700480 +
id32084id32084Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 701508..701721 +
id32085id32085Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 701783..701955 +
id32086id32086Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 702011..702195 +
id32087id32087Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 702251..702504 +
id32088id32088Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 702564..703925 +
id32089id32089Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 703992..704309 +
id32090id32090Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 704369..704589 +
id32091id32091Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 704945..705110 +
id32092id32092Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 706358..706433 +
id32093id32093Diuraphis noxiaexonJOTR01000065 707184..707460 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363114.1cds3571Diuraphis noxiaCDSJOTR01000065 707184..707340 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>rna3669 ID=rna3669|Name=XM_015507628.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=5892bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:692291..707460+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
CAGACAATAGACATTAAACAaactaaacattaaacaaaaacaaaaacaaa
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ATGGAGACGATGAAGAATTTGGTGaagaattaaaacaaatacctaACCCT
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ATGTGGCATTTGATCCAACTACTActcataattgttattatattgtgccA
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TATTGTTAGCTGATGAAATTCGTACTATTGTTGCCAAGGATATATCTTTA
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CGTTTAACTGATTGTTATCAACGATTAGAGTTTTTGGGTGATGCAGTTTt
ggattatttaattacGCGGCATTTATATGAAGACAAGCGACAACATTCAC
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GCATCCCTTGCTGTTAGAAATGGTTTTCATaagtatttcaaacatttatc
cCCAGGTTTGGCTGAAGTTGTTTGTAGATTTGTAACCATACAAGAAGAGA
ATGGCCATACTATTGATGAAGagttttattttttgggaGAAGATGATTGT
GAAGAAGCTGAAGACGTTGAAGTGCCAAAAGCCCTTGGTGATGTTTTTGA
ATCGGTTGCAGGAGCAATTTATTTGGATAGTAATATGTCATTAGATACAG
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AAAAACGTACCGAAATCTCCTATCAGAGAACTTCTAGAATTAGAACCAGA
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GGGTTGTAGTTGAAATATTTGGCAAAGGAGAATTTAAAGGTATTGGTCGT
AATTATAGAATCGCTAAATGTACAGCGGCCAAATGTGCCTTAAAGCATCT
AAAGAAAAAGATAAAGAAATAGATCATAATCTATGTACTTTACATTATAC
AGTATTRATTGGAAACAAGTACATAAAGCGATATCtgttaaagaataaaa
tttattttgtagttaataaagtaatacattcaattgttgatt
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protein sequence of XM_015507628.1

>rna3669 ID=rna3669|Name=XM_015507628.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=1783bp
MKSEKRKWTLLVLEETEIDQYMFSIGHLTDLKPLDIRSVNHLDFINYEVI
ITTENLCLELFEKKYLRFDQLNLAIFNNCQKIIQENSTYYKICNFIKPNS
KCRILGIVHPLFEFDSDPFFIENQLKFISHKLISSIETASDIVSILRHCC
KPKEVLIECAIHTEDLTNIKIKTMVQSLTEFLNDHNYEPAIIYGDDEEFG
EELKQIPNPKNEPLQMIADFLEILKTMGPYCADKAALTLLYMVEKLKVKT
PYERHYVLLCIVSTLLIQIRATFDDIFYNYSNIDKVLKFSSPRVLRIINT
LKQFKPKSFKADSNNVEVCKDQKEKKDRTIKSKSIRRNWKLARRYGTHRK
QGRSRDPYEETVCAIILVNNKMTASILYYLFLDLKNSNKEDFGWIQPQYT
VDKEADPITEPKEFEIEHKKQEETLRRFRQRECNVLIGTKVLEAGIDLPR
CNLVINYNIPLSYKSYLRSKSRAKTXDAHYILMFDEDATSNILSRLKLYK
DINQMLLNHCTLKDIDMEKEIFADRYNWCVTPFKPGKKEDSPFVDMATAI
GLVNRYCAKLPSDTFTKLSPIWKIQSVVYENQPMFVCSIRLPINSPIKHD
IHGHPMPCEILAKRIAALEVCRQLHSQGELDDTLQPITKESFHALFNADE
VLPDAEDALIPWDTEEPRPGTNKRRQYYYKRIAEAFNDCRPVEGKACHLY
AILLNMNCPVPEEQNTRGRRIHPPEESIHGFGILTMKHIPSIPPFPIYTR
CGEVYVSLKPIKTDMFLTQHQLDNIATFLNYTFTNVLRLQKCHVAFDPTT
THNCYYIVPTLRDTSGLIDIDWKFLDNMHKCKDNKLSIITNEDRIHFQPD
IEVLKDAVVTPWYRNQEQPQYFYVAEICTHLNPKSPFPGSIENYKTFEDY
YYLKYRLKIQNLEQPLLDVDHTSARLNFLTPRYMNRKGVILPTSSDATKR
AKRDNLSQKQILVPELCNVHLFPASMWRKAVSLPCILYRINALLLADEIR
TIVAKDISLGLVNLSFDHMWEPLDFGWTMKDVLIKRKEQKEISTIKVAEP
VETVKQLVDEKIKEEKIDKSDDPNWMDIGTWSNDMADFAMNNIDSTTKVR
YSSPTSWMIQSDNESSTFSDLDSDDGIQVNGLHSNGLRIEFRNTYLAEAV
DENDSKTNKLLFFQNNETPQLWTWNDNGHSVTEYNSNQQDKQIIDLFYKK
DDDIIINREVKSSTNIDSLSLLKLPWELNANTGYGLSDINVLSDKTSFIP
EDDNDIKSEIFIKNKTFDSVNKVHGVQSETFSFDFQPDLNNHPGPSPSVL
LQALTMSNANDGINLERLETIGDSFLKYAITAYLYCTHDNVHEGKLSHLR
SKQVSNLNLYRLGKLKMFGERMISTKFEPHDNWLPPCYFVPHKLEKALIS
ASIPTTLWNMITLPTFKDPTDKEIEEVIQQFKVGFLNEDKENTPLFVPYN
LVTQHSIPDKSIADCVEALIGAYLISCGARGALLFMSWLGIKVLPTLHDS
KLGYLKPPSSPXLRNVDDPEGELTKLMDGFESFEQHLGYHFQDRSYLLQA
MTHASYYPNRLTDCYQRLEFLGDAVLDYLITRHLYEDKRQHSPGALTDLR
SALVNNTIFASLAVRNGFHKYFKHLSPGLAEVVCRFVTIQEENGHTIDEE
FYFLGEDDCEEAEDVEVPKALGDVFESVAGAIYLDSNMSLDTVWKVYHKI
MENEMEQFSKNVPKSPIRELLELEPETAKFSKPEKLADGRRVRVVVEIFG
KGEFKGIGRNYRIAKCTAAKCALKHLKKKIKK.
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mRNA from alignment at JOTR01000065:692291..707460+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna3669 ID=rna3669|Name=XM_015507628.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=15170bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:692291..707460+ (Diuraphis noxia)
CAGACAATAGACATTAAACAaactaaacattaaacaaaaacaaaaacaaa gtgAAAAACATGTCTAAAGTTGCAGATTTCCTGTTATTTGTTATTCTTAT TCCTTAAATAACCAGTAATCCTGACTCCtttcatattatacttgtttata ACTCCTTTGAAGTCGTACACTACAACAAAAAGTGCGTTTAGCCGTCTTCC ATCGGTCCATAGTTCAGACGTCCACCAGTCTACATAAATTCCAATGTATT TAGTTTCAAGAATCTAATgatcttttaaataataacaatcatataactat ttttaataatatgaagcattactaatattatcttaatttagtttcaataa tgaagttaataatattttagaaattgaatttatttttattggagaGAGAC TTTATTCATCAGtgacaatatttatgtatgtataattttttgttatttga ataaaagaaaaagataatattttttttaaggtccACCTACCtacttgaat aattaaataattattttgataaaaaataatttttgtttgtttttatatat acatatatgtaaatgTACATACTTTTAGTACCTATGACCAGTGGTAACAA ATTCATAAATCATGTGAAGCGATTGCTTGACTTCTTTAatggaaaatttt taattatttagtgagattttatgaatttattttcacaaaaaacTTTWGTT AGGTTCCATCGCCTATAACTTATATGTTGTTAatgctattaataataaaa atgggtatattatattttataggagcagtattttttaagaaaatttcaaa tttatttttatgatatttaatttgtataagatAATAACTTCTAATTTAGC TCTTACTCTCATACTATGaatgattgtaaaataaaaatacaccagttcta ttattattaaatcataactgTTAgagaattgtattttatttaaacacaca 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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000065:692291..707460+

>rna3669 ID=rna3669|Name=XM_015507628.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=5349bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000065:692291..707460+ (Diuraphis noxia)
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