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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107161414 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | chloride intracellular channel exc-4, transcript variant X1 |
| Transcript id | XM_015507818.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107161414 |
| Genbank | XM_015507818.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107161414 | gene2602 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000069 717410..741280 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015363304.1 | cds3735 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000069 717796..717879 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna3833 ID=rna3833|Name=XM_015507818.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1907bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000069:717410..741280+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
CAATCAGTGATGCGGTTGAATGCCGAATGGTTCTCCGTCGTCGACCGTCG
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CTCCCGATTTcaggaGTAACTTTGATGCGAATCCGCCACCTATTTTAATA
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GTTGTTTCGACTGCGAGTTGATGCCCCGTCTACAACACATTAGAGTAGCT
GGTAAATACTTTATGGACTTTCAAATGCCGACCGACCTGAGGTACCTGTG
GCGTTACATGTTGCACATGTACCAACTAGACGCGTTCACTCAGAGCTGTC
CTGCCGATCAAGACATCGTCAACCACTACAAACAACAGCAGAATCTCATG
TTACAGAACGTCAAGATGAAGAAACACGAGGAACTGGAGACACCAACGTT
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GCTCTGGGTATGGTGGTCATGGATAATATCTGCAGTAtgcttaatactta
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TTGTATTAAccaactatttataataataatatacctatccattatattat
attatac back to topprotein sequence of XM_015507818.1 >rna3833 ID=rna3833|Name=XM_015507818.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=270bp
MADEDVPHAYGNGHEENGHVPEIELIIKASTIDGRRKGACLFCQEYFMDL
YLLAELKTISLKVTTVDMQKPPPDFRSNFDANPPPILIDNGMAVLENEKI
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LRYLWRYMLHMYQLDAFTQSCPADQDIVNHYKQQQNLMLQNVKMKKHEEL
ETPTFTTSIPVELDLQQDE. back to topmRNA from alignment at JOTR01000069:717410..741280+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna3833 ID=rna3833|Name=XM_015507818.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=23871bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000069:717410..741280+ (Diuraphis noxia)
CAATCAGTGATGCGGTTGAATGCCGAATGGTTCTCCGTCGTCGACCGTCG
TATCGTTTCACAAATTCTGtgctgataaaaaataataataataataatct
aatatcatAAAACAACTTTCGACGGTCACTAGTTTCTCGTTAGTCGTCAC
TCGTCAGTAAGTTGTCGCTGatcgttaatattttaagacGCTTTCGTGTT
TGCTGTGCGCGCTGCTGTCGATCGCGTATGAAGCTTAGCCAAAATCTAAT
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taatgtttatagtaggtattttggATGGGGTATTGTAACTTGTTCACCTA
TATTCTAGGGTGGCACATTTTTTGTGCCTACTCTTATAGCCGTTAAAAGG
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tatatgtacataatatattaatatatgtatatcgttaCACAAACGGCAAT
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