rna3848 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015507842.1
Unique Namerna3848
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000070contigJOTR01000070:276315..281164 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
GbkeymRNA
GeneLOC107161438
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
Productendoplasmic reticulum resident protein 44-like, transcript variant X1
Transcript idXM_015507842.1
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GeneID107161438
GenbankXM_015507842.1
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161438gene2614Diuraphis noxiageneJOTR01000070 276315..281164 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015507842.1rna3848Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000070 276505..280797 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363328.1cds3749Diuraphis noxiaCDSJOTR01000070 280728..280797 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id33634id33634Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 276315..276854 -
id33633id33633Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277380..277708 -
id33632id33632Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277797..277912 -
id33631id33631Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277996..278198 -
id33630id33630Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 279075..279239 -
id33629id33629Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 280728..280806 -
id33628id33628Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 281009..281164 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>rna3848 ID=rna3848|Name=XM_015507842.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1588bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TTGTGTTCAGTCATCGTATAGCCCTTGTCAGTTGTCGCTGACGTGTGACG
TTAGTTTGCGTCGCCGTCAGACATTTTTTTTTTGTTTCGCCGGCTCCACG
GGTTTCAATAACGAGACAACGAATGCTCCACACCTTCTGCTATTATCTAT
CTACAGGGTATCATCATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAGTAAGATCGT
GAAAATCAACACGAAAAATGTCTACAAGATATTTGAAAGTAATGAATTGG
TCRTCATTATTTTTGGTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAACATTCATCT
ATATTCGAAGAAGTTGCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCCAGATCCTGG
GAAAGTTATTTTTGGAAATGGACTCAATTATCACGATTCATCTAATTATT
GGATTGAATATTACTCACAGAGTGAACATAATATCTATTTTAATATAAAA
CCAAATGTGAGATTTTTCATAAATGGAAAGCTAGCTACAAAGTGTTTCTC
CAGTGACATGACAGTTTCAAATTTAGTATCTTACATTCAAACTCTATTGG
ATGATTMTATCCAAGAAATATCTAATATATGTATGAATAATAATCCTACA
AAAGCATGTGAAAAAGTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAAAAACACACC
TGATTATCAAATATTTAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGGATAATTGTC
AGTTTTATGCTGGATTTGGAGAAGAATATTGTACTACGTACCCTGATAGA
GATCATAACAAATCATTAATTATATTCAAGATCTCTAACCAACCATCTCC
AGAATTTGAACAAGAAATATTTGAAGGGAATTTATTTGATTTCGGATCAC
TTTATAATTGGGCAAAAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGTGAAATTACA
TTTGATAATTCTGAAGAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTCTATTATTCT
GTTTTATAATCCTGATGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCAAGGATAATA
TTAGAACGGATTTAAAAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGTTCCAGAGAA
CAAATTAATTTTTTAACAGCAAATGGTGTGAGATTTTCAAAAAAGTTACA
AGAAATTGAAAAATATCAAACTGATTTACCATTTCTACTTTTGGTTCACC
GTGATGCAATTTATCAGTTTCCAGAAAATTTTGATGTCAATAGCATGCTG
TCTTATCAGCAACTGAAATCATTAATAAAAATTTATTTTTCAAATTTTGA
TTATTACCATTGTTTTAATGTTCAAATTGATAAAAGTGCTGCTATACACC
CCATTTATCAATTTAATTTATTTTGTGAATTTTCCGACAAACCTCCTGTA
GATATTGCAGCTGATAATTTTTGTATTAGTCTATTTGATGATGAGTAAAA
TGTATCTGTATGTAAATAATTTCAGCACAATAGGGAAATGTAAGAATAAG
AGCCCCAAAAGGAATATTGTACAAAACAAAATCATATAATATTTGCACTT
ACTGATACATAAATGTGCAAAAAAAACTTTCATTTATTGTTTATTATTAT
CAAATTATTATTTGTGTGATTAATTTACAGTTATTGTT
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protein sequence of XM_015507842.1

>rna3848 ID=rna3848|Name=XM_015507842.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=411bp
MSGNPDSSSKIVKINTKNVYKIFESNELVXIIFGVDLNYAPKHSSIFEEV
ALKVSELYPDPGKVIFGNGLNYHDSSNYWIEYYSQSEHNIYFNIKPNVRF
FINGKLATKCFSSDMTVSNLVSYIQTLLDDXIQEISNICMNNNPTKACEK
VIIGYFKNKNTPDYQIFKKLSMAFMDNCQFYAGFGEEYCTTYPDRDHNKS
LIIFKISNQPSPEFEQEIFEGNLFDFGSLYNWAKKNVLYSTSEITFDNSE
EXQKDHKVSIILFYNPDDLEPVKRFKDNIRTDLKEYCISYFSSREQINFL
TANGVRFSKKLQEIEKYQTDLPFLLLVHRDAIYQFPENFDVNSMLSYQQL
KSLIKIYFSNFDYYHCFNVQIDKSAAIHPIYQFNLFCEFSDKPPVDIAAD
NFCISLFDDE.
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mRNA from alignment at JOTR01000070:276315..281164-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna3848 ID=rna3848|Name=XM_015507842.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=4850bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)
TTGTGTTCAGTCATCGTATAGCCCTTGTCAGTTGTCGCTGACGTGTGACG
TTAGTTTGCGTCGCCGTCAGACATTTTTTTTTTGTTTCGCCGGCTCCACG
GGTTTCAATAACGAGACAACGAATGCTCCACACCTTCTGCTATTATCTAT
CTACAGGTATAATATAATATAGGTACTAATAAACGTAAGTATTAGAATTT
ATAGCATAGGTATTCGGTTCTATTGATTCGCGACACGGCGTGTTTGCGGA
TCGAAATCTAGACGGGTAAATATAATAATATTCTAGAGCTATTATACTAC
ACTATTTCATACTCCTTTAAATGTTGGTGAGCGTTCTTTTTTCACGTATT
GATTCTAGGGTATCATCATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAGTAAGATC
GTGAAAATCAACACGAAAAATGTCTACAAGATATTTGGTAATTTATTAAT
TATTGTAATAACTTATACAACTGTTTCCTACATACTATACTATATAGTCT
ATACATACAGAAACTTCGACCCGGATTGAGCCTTTCCAAAGCTCTAAGGC
TGTATAGGTAGTAATACAACTTTTTATGATGAGATATTATAGATATTAAC
AATTTTAGGAAGGTATTAATATTAGGCTTTTATTGTTTTTAAACCACTTT
ATAAAAAAATCTAGTTTCACAATTATTTAAATTTCAAAACATTATTTTTC
TACTAAGATATAATATATTATACTATGGTATATCAATACATTTAAAAATT
TATAAAAGATTTGGAAATATTATTTTTATGATTTTACATTTTAATTTTCT
AATGGATACTACGACGAGTATTTTGTAAATAACTAGAAAACTAGATCGAA
ATAGCCCATCCCATTGTCTACTTTAGGCGTGTGCCTACTGCCTATCMAGT
TTATACGGGTTTAAGCCTGTTGATAGTAATAAACTAATAAACAATATTTC
ATAGTACTCAAAACAAAAGCACATGCGTATTTAATTATATCGGRCATTAG
TATGTTCCGTCCCCCGCCATCAGTGAAATAATAATTGGGATGCCCATGAC
AAAATAAAAATTGTATAGRGGGCATGGGCTCCGTTTCCCGATATACCACC
CCCTTCTCCGCACAACCCTAATTATATCAATAGATAAAATTAAAAAAATA
ATATATTTAACGCTTTGATAGATATTACTCTACAACACATTAACATTAAA
TCATCCGGAGTCGGTAAATTGTGTCCCCCAAAATAGTTCATAGTTATATA
TTACGTAAATTGCGGCCCATGTACTTTTAAAATATACGTAAATTGCATCC
CGGGTATATTTGAAATGTACGTAATTTGCGGCCTAGGATATTCCTATTTC
TGATCGGTTGTACAATTTAAAGATAAGTATTAATCTTTGAATGATCGATT
TAGATAATAATTATTATTATCCCTAATATAATATTATATTGCTAGCAGTC
AGTGTGCATTTGATCGAAGACCTTATTTAATAACACATTTTTACTGACAA
ATTATTACTACTTGGCAATTGCTAATAATATATTTTTTTAATTAAAAACA
AAAAAAAAACAGCAAAACCAATATTCTTAATCATACCAATATTGATACAA
TTATATTGACAGCCCTAAGTCTGAAAAATGAGAAGGAAAATACTGATTTT
AATATTATTGATAAAAAATATTTGGGTACCTGGGTAATAAAAATTATACC
CAGGCCGCAATTTACGTATATATAAAATATAGCCAGGCCGCAATTTACGT
ATGTGCAAAATATGCCCGGGCCGTAATTTACGTAAAAAATTAAAAATGGG
CCGCAATTTACAGCGACCCAAATTATCATATTTTTAGTGTCTTAGTGATA
TTGGTATACCCCATCAATTATGATTGTTTTTTATAAATTTGTTTACTATA
ATATTGTTATATGTTTACATTTCAGAAAGTAATGAATTGGTCRTCATTAT
TTTTGGTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAACATTCATCTATATTCGAAG
AAGTTGCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCCAGATCCTGGGAAAGTTATT
TTTGGAAATGGACTCAATTATCACGATTCATCTAATTATTGTAAGTATAT
AATACACTTTATTTAATTTTTGATTTAGAATAGTAAATTACTTATTTGGT
AAAGAGTACAATTATAAATTAAATAAACTTAATAATAATATTTAAYGAGG
AAGCTGAAAAAAACAAATTAAAAAACTGATTAGTGCTACAATAAAATGCA
AATATTATTTAACCAATATTGCATGGTAAAATAAAAATAAAATAGAAATC
TTCGATTTGTATCCTAATTTGTTGGACCAGCGTAAAAATAAATCAGGTAA
CTGCTTTTAGGATGTAGGTAAAAGTACTAAAATCATTATTTATAGTGGTT
GTACTATGGAAAGTGAGTTGATGTATCTGATAAATGATAAGGTACCTATA
TATTTATTGCCATGTTTGAAGTTGAGTTACAAAAATTCTAATAGGAGTAC
TTAAGTCTCTACAGAATCTACAGTCTCTTGATTATTGAAGTATACATTAA
AAGTATTCTCCAAGACATTTTCATGATGAAAAAACACTTAATAGTTTAGC
CTATTATAAAAGATATAAAAGGGTGGCATACTTGCAAGGTTTTATTCATG
TGTAATGATTGTTCCGTAGATTAGTYATAACTCATAAGGTATCCGTGAGT
TATGCTGATGTGGCCTATTCGTAGGTGGACGAGAATTACCTAGTCCCTTC
TGAACATCTCGAATGGTTTGGGATTAATAAGTATTATTTTTTTTAATTGA
TAACTATTTCTATATTATAGTTATACATCGAATTTTATAACAACAAAGAA
TTATTTGAAAATAGATAATGTGATATGGCCCTTTGATTATTTCTTATTCT
ATTTATATAAGTATAATAATAGTTTATGAAGGTGTATCTTAAAAAACAAC
AATTAATATTTTATAGGGATTGAATATTACTCACAGAGTGAACATAATAT
CTATTTTAATATAAAACCAAATGTGAGATTTTTCATAAATGGAAAGCTAG
CTACAAAGTGTTTCTCCAGTGACATGACAGTTTCAAATTTAGTATCTTAC
ATTCAAACTCTATTGGATGATTMTATCCAAGAAATATCTAATATATGTAT
GAATAATAATCCTACAAAAGTAAGTTGATTCGTTTTTTATTTAAATTATA
TTCATTGTGGTTATTAATTTTTATGTTATTTTTATTTTTAATACTGATCA
AGGCATGTGAAAAAGTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAAAAACACACCT
GATTATCAAATATTTAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGGATAATTGTCA
GTTTTATGCTGGATTTGGGTAAATAACTATTTTAAGTTTTTGTAGTTACT
AAGCATTAACTAATAAGAAATTACTAGATTTATATGTATACATTTTTTTG
TAACAGAGAAGAATATTGTACTACGTACCCTGATAGAGATCATAACAAAT
CATTAATTATATTCAAGATCTCTAACCAACCATCTCCAGAATTTGAACAA
GAAATATTTGAAGGGAATTTATTTGATTTCGGATCACTTTATAATTGGGC
AAAAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGTGAAATTACATTTGATAATTCTG
AAGAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTCTATTATTCTGTTTTATAATCCT
GATGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCAAGGATAATATTAGAACGGATTT
AAAAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGTTCCAGAGGTAACGATGTTAGAC
TTGTTATACTTAAAATACACCATTGCGCGACCTAGATTCGTATTAATAAC
TACATTTAATTTTTATTGATTTAGTATTAAAAATTATGAACAATAATAAT
AACATTAAGAACAATATTGATATTTCATAATAATCAATTTAACGATAAAC
AAATACGGAAATAATAAACAATTAAACGGACTCTTAATTTTTATATATAT
TATTTTATATTTTAAATTTAAATCAATAACTGATTATTTTGAAGCAAATT
TACATTTTCGGATGATATGGAAGTTCTTTTTTGGGTGACTATGTTAACAG
TTGTTGAAAAACAACGTTCATCACTAACTGATGTAATAAAAATTCCGTAA
TTTTTTAATAAGATTAGTAATTACCTATTGCCGGATACTTTGCATCGTGT
GTCTTCCATAGATTTGACATAAATTATTGTTCTATTCTTAAGACTTTTTA
TGTTTACGAGTATTACAGTTGGTAGTTAATATATCCTAATTTATTTTATA
ATTATTTCAGAACAAATTAATTTTTTAACAGCAAATGGTGTGAGATTTTC
AAAAAAGTTACAAGAAATTGAAAAATATCAAACTGATTTACCATTTCTAC
TTTTGGTTCACCGTGATGCAATTTATCAGTTTCCAGAAAATTTTGATGTC
AATAGCATGCTGTCTTATCAGCAACTGAAATCATTAATAAAAATTTATTT
TTCAAATTTTGATTATTACCATTGTTTTAATGTTCAAATTGATAAAAGTG
CTGCTATACACCCCATTTATCAATTTAATTTATTTTGTGAATTTTCCGAC
AAACCTCCTGTAGATATTGCAGCTGATAATTTTTGTATTAGTCTATTTGA
TGATGAGTAAAATGTATCTGTATGTAAATAATTTCAGCACAATAGGGAAA
TGTAAGAATAAGAGCCCCAAAAGGAATATTGTACAAAACAAAATCATATA
ATATTTGCACTTACTGATACATAAATGTGCAAAAAAAACTTTCATTTATT
GTTTATTATTATCAAATTATTATTTGTGTGATTAATTTACAGTTATTGTT
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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000070:276315..281164-

>rna3848 ID=rna3848|Name=XM_015507842.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)
ATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAGTAAGATCGTGAAAATCAACACGAA
AAATGTCTACAAGATATTTGAAAGTAATGAATTGGTCRTCATTATTTTTG
GTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAACATTCATCTATATTCGAAGAAGTT
GCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCCAGATCCTGGGAAAGTTATTTTTGG
AAATGGACTCAATTATCACGATTCATCTAATTATTGGATTGAATATTACT
CACAGAGTGAACATAATATCTATTTTAATATAAAACCAAATGTGAGATTT
TTCATAAATGGAAAGCTAGCTACAAAGTGTTTCTCCAGTGACATGACAGT
TTCAAATTTAGTATCTTACATTCAAACTCTATTGGATGATTMTATCCAAG
AAATATCTAATATATGTATGAATAATAATCCTACAAAAGCATGTGAAAAA
GTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAAAAACACACCTGATTATCAAATATT
TAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGGATAATTGTCAGTTTTATGCTGGAT
TTGGAGAAGAATATTGTACTACGTACCCTGATAGAGATCATAACAAATCA
TTAATTATATTCAAGATCTCTAACCAACCATCTCCAGAATTTGAACAAGA
AATATTTGAAGGGAATTTATTTGATTTCGGATCACTTTATAATTGGGCAA
AAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGTGAAATTACATTTGATAATTCTGAA
GAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTCTATTATTCTGTTTTATAATCCTGA
TGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCAAGGATAATATTAGAACGGATTTAA
AAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGTTCCAGAGAACAAATTAATTTTTTA
ACAGCAAATGGTGTGAGATTTTCAAAAAAGTTACAAGAAATTGAAAAATA
TCAAACTGATTTACCATTTCTACTTTTGGTTCACCGTGATGCAATTTATC
AGTTTCCAGAAAATTTTGATGTCAATAGCATGCTGTCTTATCAGCAACTG
AAATCATTAATAAAAATTTATTTTTCAAATTTTGATTATTACCATTGTTT
TAATGTTCAAATTGATAAAAGTGCTGCTATACACCCCATTTATCAATTTA
ATTTATTTTGTGAATTTTCCGACAAACCTCCTGTAGATATTGCAGCTGAT
AATTTTTGTATTAGTCTATTTGATGATGAGTAA
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