rna3849 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015507844.1
Unique Namerna3849
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000070contigJOTR01000070:276315..281164 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
GbkeymRNA
GeneLOC107161438
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
Productendoplasmic reticulum resident protein 44-like, transcript variant X2
Transcript idXM_015507844.1
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GeneID107161438
GenbankXM_015507844.1
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161438gene2614Diuraphis noxiageneJOTR01000070 276315..281164 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015507844.1rna3849Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000070 276505..280797 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363330.1cds3750Diuraphis noxiaCDSJOTR01000070 280728..280797 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id33641id33641Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 276315..276854 -
id33640id33640Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277380..277708 -
id33639id33639Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277797..277912 -
id33638id33638Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 277996..278198 -
id33637id33637Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 279075..279239 -
id33636id33636Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 280728..280806 -
id33635id33635Diuraphis noxiaexonJOTR01000070 280900..281164 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>rna3849 ID=rna3849|Name=XM_015507844.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1697bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TTGTGTTCAGTCATCGTATAGCCCTTGTCAGTTGTCGCTGACGTGTGACG
TTAGTTTGCGTCGCCGTCAGACATTTTTTTTTTGTTTCGCCGGCTCCACG
GGTTTCAATAACGAGACAACGAATGCTCCACACCTTCTGCTATTATCTAT
CTACAGGTATAATATAATATAGGTACTAATAAACGTAAGTATTAGAATTT
ATAGCATAGGTATTCGGTTCTATTGATTCGCGACACGGCGTGTTTGCGGA
TCGAAATCTAGACGGGGTATCATCATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAG
TAAGATCGTGAAAATCAACACGAAAAATGTCTACAAGATATTTGAAAGTA
ATGAATTGGTCRTCATTATTTTTGGTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAA
CATTCATCTATATTCGAAGAAGTTGCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCC
AGATCCTGGGAAAGTTATTTTTGGAAATGGACTCAATTATCACGATTCAT
CTAATTATTGGATTGAATATTACTCACAGAGTGAACATAATATCTATTTT
AATATAAAACCAAATGTGAGATTTTTCATAAATGGAAAGCTAGCTACAAA
GTGTTTCTCCAGTGACATGACAGTTTCAAATTTAGTATCTTACATTCAAA
CTCTATTGGATGATTMTATCCAAGAAATATCTAATATATGTATGAATAAT
AATCCTACAAAAGCATGTGAAAAAGTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAA
AAACACACCTGATTATCAAATATTTAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGG
ATAATTGTCAGTTTTATGCTGGATTTGGAGAAGAATATTGTACTACGTAC
CCTGATAGAGATCATAACAAATCATTAATTATATTCAAGATCTCTAACCA
ACCATCTCCAGAATTTGAACAAGAAATATTTGAAGGGAATTTATTTGATT
TCGGATCACTTTATAATTGGGCAAAAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGT
GAAATTACATTTGATAATTCTGAAGAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTC
TATTATTCTGTTTTATAATCCTGATGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCA
AGGATAATATTAGAACGGATTTAAAAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGT
TCCAGAGAACAAATTAATTTTTTAACAGCAAATGGTGTGAGATTTTCAAA
AAAGTTACAAGAAATTGAAAAATATCAAACTGATTTACCATTTCTACTTT
TGGTTCACCGTGATGCAATTTATCAGTTTCCAGAAAATTTTGATGTCAAT
AGCATGCTGTCTTATCAGCAACTGAAATCATTAATAAAAATTTATTTTTC
AAATTTTGATTATTACCATTGTTTTAATGTTCAAATTGATAAAAGTGCTG
CTATACACCCCATTTATCAATTTAATTTATTTTGTGAATTTTCCGACAAA
CCTCCTGTAGATATTGCAGCTGATAATTTTTGTATTAGTCTATTTGATGA
TGAGTAAAATGTATCTGTATGTAAATAATTTCAGCACAATAGGGAAATGT
AAGAATAAGAGCCCCAAAAGGAATATTGTACAAAACAAAATCATATAATA
TTTGCACTTACTGATACATAAATGTGCAAAAAAAACTTTCATTTATTGTT
TATTATTATCAAATTATTATTTGTGTGATTAATTTACAGTTATTGTT
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protein sequence of XM_015507844.1

>rna3849 ID=rna3849|Name=XM_015507844.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=411bp
MSGNPDSSSKIVKINTKNVYKIFESNELVXIIFGVDLNYAPKHSSIFEEV
ALKVSELYPDPGKVIFGNGLNYHDSSNYWIEYYSQSEHNIYFNIKPNVRF
FINGKLATKCFSSDMTVSNLVSYIQTLLDDXIQEISNICMNNNPTKACEK
VIIGYFKNKNTPDYQIFKKLSMAFMDNCQFYAGFGEEYCTTYPDRDHNKS
LIIFKISNQPSPEFEQEIFEGNLFDFGSLYNWAKKNVLYSTSEITFDNSE
EXQKDHKVSIILFYNPDDLEPVKRFKDNIRTDLKEYCISYFSSREQINFL
TANGVRFSKKLQEIEKYQTDLPFLLLVHRDAIYQFPENFDVNSMLSYQQL
KSLIKIYFSNFDYYHCFNVQIDKSAAIHPIYQFNLFCEFSDKPPVDIAAD
NFCISLFDDE.
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mRNA from alignment at JOTR01000070:276315..281164-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna3849 ID=rna3849|Name=XM_015507844.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=4850bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)
TTGTGTTCAGTCATCGTATAGCCCTTGTCAGTTGTCGCTGACGTGTGACG
TTAGTTTGCGTCGCCGTCAGACATTTTTTTTTTGTTTCGCCGGCTCCACG
GGTTTCAATAACGAGACAACGAATGCTCCACACCTTCTGCTATTATCTAT
CTACAGGTATAATATAATATAGGTACTAATAAACGTAAGTATTAGAATTT
ATAGCATAGGTATTCGGTTCTATTGATTCGCGACACGGCGTGTTTGCGGA
TCGAAATCTAGACGGGTAAATATAATAATATTCTAGAGCTATTATACTAC
ACTATTTCATACTCCTTTAAATGTTGGTGAGCGTTCTTTTTTCACGTATT
GATTCTAGGGTATCATCATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAGTAAGATC
GTGAAAATCAACACGAAAAATGTCTACAAGATATTTGGTAATTTATTAAT
TATTGTAATAACTTATACAACTGTTTCCTACATACTATACTATATAGTCT
ATACATACAGAAACTTCGACCCGGATTGAGCCTTTCCAAAGCTCTAAGGC
TGTATAGGTAGTAATACAACTTTTTATGATGAGATATTATAGATATTAAC
AATTTTAGGAAGGTATTAATATTAGGCTTTTATTGTTTTTAAACCACTTT
ATAAAAAAATCTAGTTTCACAATTATTTAAATTTCAAAACATTATTTTTC
TACTAAGATATAATATATTATACTATGGTATATCAATACATTTAAAAATT
TATAAAAGATTTGGAAATATTATTTTTATGATTTTACATTTTAATTTTCT
AATGGATACTACGACGAGTATTTTGTAAATAACTAGAAAACTAGATCGAA
ATAGCCCATCCCATTGTCTACTTTAGGCGTGTGCCTACTGCCTATCMAGT
TTATACGGGTTTAAGCCTGTTGATAGTAATAAACTAATAAACAATATTTC
ATAGTACTCAAAACAAAAGCACATGCGTATTTAATTATATCGGRCATTAG
TATGTTCCGTCCCCCGCCATCAGTGAAATAATAATTGGGATGCCCATGAC
AAAATAAAAATTGTATAGRGGGCATGGGCTCCGTTTCCCGATATACCACC
CCCTTCTCCGCACAACCCTAATTATATCAATAGATAAAATTAAAAAAATA
ATATATTTAACGCTTTGATAGATATTACTCTACAACACATTAACATTAAA
TCATCCGGAGTCGGTAAATTGTGTCCCCCAAAATAGTTCATAGTTATATA
TTACGTAAATTGCGGCCCATGTACTTTTAAAATATACGTAAATTGCATCC
CGGGTATATTTGAAATGTACGTAATTTGCGGCCTAGGATATTCCTATTTC
TGATCGGTTGTACAATTTAAAGATAAGTATTAATCTTTGAATGATCGATT
TAGATAATAATTATTATTATCCCTAATATAATATTATATTGCTAGCAGTC
AGTGTGCATTTGATCGAAGACCTTATTTAATAACACATTTTTACTGACAA
ATTATTACTACTTGGCAATTGCTAATAATATATTTTTTTAATTAAAAACA
AAAAAAAAACAGCAAAACCAATATTCTTAATCATACCAATATTGATACAA
TTATATTGACAGCCCTAAGTCTGAAAAATGAGAAGGAAAATACTGATTTT
AATATTATTGATAAAAAATATTTGGGTACCTGGGTAATAAAAATTATACC
CAGGCCGCAATTTACGTATATATAAAATATAGCCAGGCCGCAATTTACGT
ATGTGCAAAATATGCCCGGGCCGTAATTTACGTAAAAAATTAAAAATGGG
CCGCAATTTACAGCGACCCAAATTATCATATTTTTAGTGTCTTAGTGATA
TTGGTATACCCCATCAATTATGATTGTTTTTTATAAATTTGTTTACTATA
ATATTGTTATATGTTTACATTTCAGAAAGTAATGAATTGGTCRTCATTAT
TTTTGGTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAACATTCATCTATATTCGAAG
AAGTTGCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCCAGATCCTGGGAAAGTTATT
TTTGGAAATGGACTCAATTATCACGATTCATCTAATTATTGTAAGTATAT
AATACACTTTATTTAATTTTTGATTTAGAATAGTAAATTACTTATTTGGT
AAAGAGTACAATTATAAATTAAATAAACTTAATAATAATATTTAAYGAGG
AAGCTGAAAAAAACAAATTAAAAAACTGATTAGTGCTACAATAAAATGCA
AATATTATTTAACCAATATTGCATGGTAAAATAAAAATAAAATAGAAATC
TTCGATTTGTATCCTAATTTGTTGGACCAGCGTAAAAATAAATCAGGTAA
CTGCTTTTAGGATGTAGGTAAAAGTACTAAAATCATTATTTATAGTGGTT
GTACTATGGAAAGTGAGTTGATGTATCTGATAAATGATAAGGTACCTATA
TATTTATTGCCATGTTTGAAGTTGAGTTACAAAAATTCTAATAGGAGTAC
TTAAGTCTCTACAGAATCTACAGTCTCTTGATTATTGAAGTATACATTAA
AAGTATTCTCCAAGACATTTTCATGATGAAAAAACACTTAATAGTTTAGC
CTATTATAAAAGATATAAAAGGGTGGCATACTTGCAAGGTTTTATTCATG
TGTAATGATTGTTCCGTAGATTAGTYATAACTCATAAGGTATCCGTGAGT
TATGCTGATGTGGCCTATTCGTAGGTGGACGAGAATTACCTAGTCCCTTC
TGAACATCTCGAATGGTTTGGGATTAATAAGTATTATTTTTTTTAATTGA
TAACTATTTCTATATTATAGTTATACATCGAATTTTATAACAACAAAGAA
TTATTTGAAAATAGATAATGTGATATGGCCCTTTGATTATTTCTTATTCT
ATTTATATAAGTATAATAATAGTTTATGAAGGTGTATCTTAAAAAACAAC
AATTAATATTTTATAGGGATTGAATATTACTCACAGAGTGAACATAATAT
CTATTTTAATATAAAACCAAATGTGAGATTTTTCATAAATGGAAAGCTAG
CTACAAAGTGTTTCTCCAGTGACATGACAGTTTCAAATTTAGTATCTTAC
ATTCAAACTCTATTGGATGATTMTATCCAAGAAATATCTAATATATGTAT
GAATAATAATCCTACAAAAGTAAGTTGATTCGTTTTTTATTTAAATTATA
TTCATTGTGGTTATTAATTTTTATGTTATTTTTATTTTTAATACTGATCA
AGGCATGTGAAAAAGTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAAAAACACACCT
GATTATCAAATATTTAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGGATAATTGTCA
GTTTTATGCTGGATTTGGGTAAATAACTATTTTAAGTTTTTGTAGTTACT
AAGCATTAACTAATAAGAAATTACTAGATTTATATGTATACATTTTTTTG
TAACAGAGAAGAATATTGTACTACGTACCCTGATAGAGATCATAACAAAT
CATTAATTATATTCAAGATCTCTAACCAACCATCTCCAGAATTTGAACAA
GAAATATTTGAAGGGAATTTATTTGATTTCGGATCACTTTATAATTGGGC
AAAAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGTGAAATTACATTTGATAATTCTG
AAGAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTCTATTATTCTGTTTTATAATCCT
GATGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCAAGGATAATATTAGAACGGATTT
AAAAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGTTCCAGAGGTAACGATGTTAGAC
TTGTTATACTTAAAATACACCATTGCGCGACCTAGATTCGTATTAATAAC
TACATTTAATTTTTATTGATTTAGTATTAAAAATTATGAACAATAATAAT
AACATTAAGAACAATATTGATATTTCATAATAATCAATTTAACGATAAAC
AAATACGGAAATAATAAACAATTAAACGGACTCTTAATTTTTATATATAT
TATTTTATATTTTAAATTTAAATCAATAACTGATTATTTTGAAGCAAATT
TACATTTTCGGATGATATGGAAGTTCTTTTTTGGGTGACTATGTTAACAG
TTGTTGAAAAACAACGTTCATCACTAACTGATGTAATAAAAATTCCGTAA
TTTTTTAATAAGATTAGTAATTACCTATTGCCGGATACTTTGCATCGTGT
GTCTTCCATAGATTTGACATAAATTATTGTTCTATTCTTAAGACTTTTTA
TGTTTACGAGTATTACAGTTGGTAGTTAATATATCCTAATTTATTTTATA
ATTATTTCAGAACAAATTAATTTTTTAACAGCAAATGGTGTGAGATTTTC
AAAAAAGTTACAAGAAATTGAAAAATATCAAACTGATTTACCATTTCTAC
TTTTGGTTCACCGTGATGCAATTTATCAGTTTCCAGAAAATTTTGATGTC
AATAGCATGCTGTCTTATCAGCAACTGAAATCATTAATAAAAATTTATTT
TTCAAATTTTGATTATTACCATTGTTTTAATGTTCAAATTGATAAAAGTG
CTGCTATACACCCCATTTATCAATTTAATTTATTTTGTGAATTTTCCGAC
AAACCTCCTGTAGATATTGCAGCTGATAATTTTTGTATTAGTCTATTTGA
TGATGAGTAAAATGTATCTGTATGTAAATAATTTCAGCACAATAGGGAAA
TGTAAGAATAAGAGCCCCAAAAGGAATATTGTACAAAACAAAATCATATA
ATATTTGCACTTACTGATACATAAATGTGCAAAAAAAACTTTCATTTATT
GTTTATTATTATCAAATTATTATTTGTGTGATTAATTTACAGTTATTGTT
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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000070:276315..281164-

>rna3849 ID=rna3849|Name=XM_015507844.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:276315..281164- (Diuraphis noxia)
ATGTCTGGGAATCCGGATAGCAGTAGTAAGATCGTGAAAATCAACACGAA
AAATGTCTACAAGATATTTGAAAGTAATGAATTGGTCRTCATTATTTTTG
GTGTTGATTTAAATTATGCACCTAAACATTCATCTATATTCGAAGAAGTT
GCTTTAAAAGTTTCTGAACTTTATCCAGATCCTGGGAAAGTTATTTTTGG
AAATGGACTCAATTATCACGATTCATCTAATTATTGGATTGAATATTACT
CACAGAGTGAACATAATATCTATTTTAATATAAAACCAAATGTGAGATTT
TTCATAAATGGAAAGCTAGCTACAAAGTGTTTCTCCAGTGACATGACAGT
TTCAAATTTAGTATCTTACATTCAAACTCTATTGGATGATTMTATCCAAG
AAATATCTAATATATGTATGAATAATAATCCTACAAAAGCATGTGAAAAA
GTTATAATTGGGTACTTCAAAAATAAAAACACACCTGATTATCAAATATT
TAAGAAGTTATCAATGGCTTTTATGGATAATTGTCAGTTTTATGCTGGAT
TTGGAGAAGAATATTGTACTACGTACCCTGATAGAGATCATAACAAATCA
TTAATTATATTCAAGATCTCTAACCAACCATCTCCAGAATTTGAACAAGA
AATATTTGAAGGGAATTTATTTGATTTCGGATCACTTTATAATTGGGCAA
AAAAAAATGTGTTATATTCAACGAGTGAAATTACATTTGATAATTCTGAA
GAGAYACAAAAAGATCATAAAGTTTCTATTATTCTGTTTTATAATCCTGA
TGATCTTGAACCAGTCAAACGGTTCAAGGATAATATTAGAACGGATTTAA
AAGAATATTGCATTAGTTATTTCAGTTCCAGAGAACAAATTAATTTTTTA
ACAGCAAATGGTGTGAGATTTTCAAAAAAGTTACAAGAAATTGAAAAATA
TCAAACTGATTTACCATTTCTACTTTTGGTTCACCGTGATGCAATTTATC
AGTTTCCAGAAAATTTTGATGTCAATAGCATGCTGTCTTATCAGCAACTG
AAATCATTAATAAAAATTTATTTTTCAAATTTTGATTATTACCATTGTTT
TAATGTTCAAATTGATAAAAGTGCTGCTATACACCCCATTTATCAATTTA
ATTTATTTTGTGAATTTTCCGACAAACCTCCTGTAGATATTGCAGCTGAT
AATTTTTGTATTAGTCTATTTGATGATGAGTAA
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