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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107161440 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | uncharacterized LOC107161440 |
| Transcript id | XM_015507847.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107161440 |
| Genbank | XM_015507847.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107161440 | gene2615 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000070 283184..288339 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| id33642 | id33642 | Diuraphis noxia | exon | JOTR01000070 283184..283408 + |
| id33643 | id33643 | Diuraphis noxia | exon | JOTR01000070 287398..288339 + |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015363333.1 | cds3751 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000070 287429..287701 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna3850 ID=rna3850|Name=XM_015507847.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1167bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:283184..288339+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
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TGACATTCTTAAAGact back to topprotein sequence of XM_015507847.1 >rna3850 ID=rna3850|Name=XM_015507847.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=91bp
MVCVPCVLVPLLLFLWGIIKPMLNWFRRPVENSEDQNNADNDQVCSLLSS
CPCINKNIKSPVDQADIKASKNEKFTEESLETSDTNKKDL. back to topmRNA from alignment at JOTR01000070:283184..288339+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna3850 ID=rna3850|Name=XM_015507847.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=5156bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:283184..288339+ (Diuraphis noxia)
ACGGGAAAATAATAGCAAAGTtaattacacataaatacacaATTGACTAT
TGTTTTTGGTAAATACtaagctaaatattattattattactgtatttatt
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ATTTCTCCACTTGTATTTAACATGtctttaacattttattgtttaatagc
aatgtaattaaaattacaaattgtttaattttaagccaTTGACATTCTTA
AAGact back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000070:283184..288339+ >rna3850 ID=rna3850|Name=XM_015507847.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=273bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:283184..288339+ (Diuraphis noxia)
ATGGTTTGTGTTCCGTGTGTGCTTGTGCCATTGTTACTCTTCTTATGGGG
TATTATTAAGCCCATGTTAAACTGGTTCAGGAGACCAGTAGAAAATTCTG
AAGACCAAAATAACGCTGACAATGATCAAGTCTGTTCATTACTATCATCC
TGCCCGtgcattaataaaaacattaaatcacCGGTGGATCAAGCAGACAT
CAAGGCTTCCAAGAATGAAAAATTTACTGAAGAATCACTTGAGACATCTG
ATACCAACAAAAAAGACCTTTAA back to top
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