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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107161442 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 1 Protein, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | nuclear cap-binding protein subunit 2-like, transcript variant X3 |
| Transcript id | XM_015507853.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107161442 |
| Genbank | XM_015507853.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107161442 | gene2632 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000070 740143..748060 - |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015363339.1 | cds3771 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000070 746104..746253 - |
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna3869 ID=rna3869|Name=XM_015507853.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=941bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748060- (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
TACTTCGCCAGTTCACCACTCACCACGACTGTCATTCRTATTTGTCGGTG
CTATAGTGATACGTAGATATTTGTATTTTGTTGTCTTGAGTTTTGTCAAC
AATATGCCTTCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGGTCATGTGCATACTA
TAGACCTCCCCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAACCAAAGTAGAAACTG
TAGATTCGGTGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGAATAATAATAATTCA
AAGGAGAAGAATAATAACGTACCAAATTCGTCAAATAAAGATTCATTTAT
CAAGTTATATGTACCACCTGCTAAACGTAATTTGAACAATACGGCCAATG
TTGTAGGTCTATCTAAGTATTTTGATTGTAAATTCAAGGGCTCTCGCACA
GAATACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTGTATGTTGGTCATTT
AAATTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCTATTTTCAGAGGCAG
GAAAAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAACAAACATTAGGTCCT
GGTGGATTTTGCTTCATTGAATATGAAACAAGAGCAGGTACTGAAAATTG
CATGAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAAGCAGTTGATAGTCG
ATTGGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATAGACGGGTTAGAAGG
AATCAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAAAAATAAACATTGTA
GATTCTCATTTCAAGAATAAAGAAGAGGACTATACTTTATAAAAAGGAGA
GCATTTTTTTTTTTTATCGACATKAAATTTTTGTTTTAAATTATCTATTT
CTGTTTTATAAATTATATTATATTTTGAATTTACCATCTAATGAGAAAGT
ATCATTTAATAACCATGTTTACGTCATCCTAATGAGGTCTT back to topprotein sequence of XM_015507853.1 >rna3869 ID=rna3869|Name=XM_015507853.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=213bp
MPSNFCNESIRSCAYYRPPHLRNGCVGTKVETVDSVNNITSNCXNNNNSK
EKNNNVPNSSNKDSFIKLYVPPAKRNLNNTANVVGLSKYFDCKFKGSRTE
YSKKLEESTTVYVGHLNLLSTEVEVHKLFSEAGKIKNIIMGLDKQTLGPG
GFCFIEYETRAGTENCMKKLNGTLLHGKQLIVDWDAGFIEGRQYRRVRRN
QQRSYVCPTTQK. back to topmRNA from alignment at JOTR01000070:740143..748060- Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna3869 ID=rna3869|Name=XM_015507853.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=7918bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748060- (Diuraphis noxia)
TACTTCGCCAGTTCACCACTCACCACGACTGTCATTCRTATTTGTCGGTG
CTATAGTGATACGTAGGTATGTGTCGTATCTCGAAAATTTATATTTAGTA
CCTATTTTGTTTAAAGTAGGTCTTCGTTAATATTGTGTAAGTAAACATAA
TTCATTGACCAAACACCAGAAATGTAATTTATATTTAAAAAAAAAATTGT
AATTAATAATTAATATCGATAAATATTTTTTTGTAAAAATATGTAGGTAG
GTATCAATACTCGGGTTATGTATTTTTAACACTATAATATTATTATACAG
ATTACGAATGTCAACGTTAATTTCGAAATTGAGGTTAGGAAAATACACAT
TAATCGACAATCGTTGTTTCGTTAAAAAAACCACACATCCGTACCAAAAA
CGACCGACAGCTGTATCATCTTTTAATTAATTGCAATTTCATTGGAGAAT
TGTAAATTTCATTTCATTTGTCATAATTTTTTAACGGCTCGAGTTCATTA
ATTTTCCGTACGTATTTTTAATTGGTTTTTTTTTTTTACTACCRTTTTAG
AATTTTGTACGTGGGTAAGTAATATTTAGTAACTAATGTATCATTATTAT
GCGAATACAAATACAAATAATGTTGTTTAATTACCAAAATCAATATTATA
AAATTTTAAGATCTAAATCGGTATTTTTTTCTGTGAGACATTTTCCTATT
TAATCTGAGTTTAATTTTTAATTACACCTTTTCTATTATATAGGCATTTA
GCTGTATATTGGCATCTCTACTCTATTATTGAATACTGAAATGTATTGTA
TACCTACACTTCYCCCTATTAACCTTTAAATTATAATTAATAACATGATA
CCTATTACATAATAGTAAATTTGTTTTATAATAATGTTATTTGATGATGT
ACTTATAAAAATAGATTTATGGCCTGCAATGATACTGTATTATCCAAAAT
ATTTGGTTCATTTTTGTATATATGCATATATTAAAATGAGAATATCTGTA
CATTTGTATGATGTTATTTTTAAATTTATTTATACTAGGCATTTTAATTA
TAATTTTAAATGTATAGTAGTTATTTAACTAATTGTATACTAATAATATT
GCAACACATACTCTCATATAGTTTTACAAATACAGTAGGCATGAACATTT
GTGTAACTTTAATATTTTAGTTGACGAAGTAGTGTAAGTTTATTTAAAAA
GAACGTTAAAATTACCTATGTTATGAAAAAGTTAATTTTTATTAGTATTC
TCTSTTGATAGTGCTTTTCTAATTTGTTTATTTTTATTTTAACACATTGA
CTGCCATGCAGCCGCAGGCGGCCTCAAGAATGTTTATCATGGGTACGCCA
AAGACATTTTTTAGTGTCAATATAAATAAATTTGTATTTGTATAATATAT
ACTATTGAATTTGAAAAAAAAATTAAAAATAYAAAAAAAATGTTAAAATT
ATGTTTATTACATCAAAAAATTTCAATTATTCCCACTACGCAACAGCATA
TTTTCAAGATCATTATTGTAGCGCCACTGAAAAGTYAATAATATAAATCC
AAATTAATTTACGGCAGCCCGCGGCCGTAATGCCTCCTACAAATGATATG
GTGCGGCAGCCGGCGGTCTAAAAATTATCAATACCTAATTATTATTATAT
GGACGCCGGCGACCGCATGGCAATCAACGTGTTAACGTTAACAAGTTAAA
CTAAATTTTTTCCTTGATTTTTTTCCTTTTAACAGTTTTAACTATTGATA
AAATTATTTAATTTTTTCAGATATTTGTATTTTGTTGTCTTGAGTTTTGT
CAACAATATGCCTTCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGGTCATGTGCAT
ACTATAGACCTCCCCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAACCAAAGTAGAA
ACTGTAGATTCGGTGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGAATAATAATAA
TTCAAAGGTATAAAAATATCTATTTACAAGAAATATGAATTAAGTTTAAA
GTTTGTTTGAATATCATTAGTATCAATAGTTACTAGATGGGTACTAATGC
ATGGAGTTCAAATGATGTGTTTCAATTATSATTATTAAGTTATAAGCATT
TAGTATATTAAATAGTTAAATCATTTTTGTATTGTGTATACATTCTTAAA
TGTAAAAAATTAGGTATTAAAAATTCAGAATAGTACCTATTCATAATTTC
AAACTGGTTGATGTAATTGTCAATAAAAGATGTTTAAAGTAAGATAAAGT
TTTTATATATTKCCATAAGCTATTTCTATTTTCTTACAATCCAAGCACTG
GAAAAAAACTAACAAACATTACAATGATAGTTTTATTTTGAATAATTTCG
GATTACCTTAATTTATACTTAATCAAATTATATAATACTAAATTAAAAAT
AATGAATATATTTTCAAAAATTGTCTTAAATTCATAATTTTTTTAACACA
TTCATTATTTCTAAATATATTGTATAGTAGTTGTATTGGGTATTTTATAT
ATTAGTAATAAAATACAGGATTAATTTTTTTTTATAAATAAAATTTTAAT
TTTTAATGAAATAACAACTCATCATATATTAATTTATATGCTTAACTGCT
AGTAGAAGTTACTGCATCTTTGACGTCTATTACTGTGGTTGTAATTTCTT
TACATATTTTTAAAAGTATGAAAATGGGACAATTAAAAAAGAAATGCGAC
AGTTAAGCATTCTAAAAACTTTTGGTGGGATTGAATTTTTTAAGTATAGA
ATTTTCCTGTATCATYTCAGTAGCTTATTGTTTAACCTATAATATTATCT
ACCTATTTAMTTATCATATATTATTAGGGATATGTATGTTGGTTTTTTTT
GTCTRAATAATCTAAAAAATTTGTTTTTATTAAGCGCTATTTAAGTATTT
GAATTTCGATACACAATTTTATACTAAAATATTATGCTAGGAAGGTTCCT
TTTCAATATTTAAATAGTCTATCAAAATGTGTATGATATGATAAATTATT
GTTGATACAAATATTACTAACATCTTTTTACGTATAAAATAATATAATTT
AGATATTAAAGTTGACACTATAATAAATTCTTGTATTTGAATGTTTTTGA
TTTAAATATTTTGTCTCTTAAATAATAACAAAAAAAATGTTAATGGTTTT
TAAGGAGAAGAATAATAACGTACCAAATTCGTCAAATAAAGATTCATTTA
TCAAGTTATATGTACCACCTGCTAAACGTAATTTGAACAATACGGCCAAT
GTTGTAGGTCTATCTAAGTATTTTGATTGTAAATTCAAGGTATGTACCTA
CATAATATATTACACCTGTATACTAGTTTTTAAGATATAGGTGTTCTTAA
TATTTAAAAAAYAGTTATTGATTTGGTAATATGGTAATGTTAATTGCTGT
TAAACAAATGTGAACATGTTTTTAATGGATTAATAATCGTGATCATTTGT
TCTTAGTCCTAAATTTGTCGAATTGTGAAACAATAGTTATGTCTCATTAA
TACAATTTATAATTTTCTTAGTAAATGTCTGCAGTTTTTCATTTATTAGT
AAAAGATTTGATGCCTTTTGAATGCTAAATGTTAACTACTTTTARAATTA
TTTAATATAAAATAAATAACATTAATATAGAAATGTATAATAAAATTTAG
GGCTCTCGCACAGAATACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTGTA
TGTTGGTCATTTAAATTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCTAT
TTTCAGAGGCAGGAAAAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAACAA
ACATTAGGTCCTGGTGGATTTTGCTTCATTGAGTATGTACACATAATTAT
TAATACTTAACAAAATACATAAAAATACATTTTAATTGTTGTACAAATAA
AATGTATGCAGAAAATGCATTTTGAATTTTTTAACTAAATTACTTGGAGA
GTTTTGGAATCAAGCCTAGATCTCAATCAGCACATTTAGTATAATGTGTT
TAACTAATGTTGCGGTGATAAACTTTAGCAGTTGTAGTATTCAATTAATT
ATTATAATAATACAATTTAAACTACACTCAATTTTAGGCCTTTATTTATT
TTTATTCTTCTAATAATGCCTCACTGAATATGCACACAAGTTCATAATTT
GAAGTACAATTAGTTCATTAAATTTTCATACATATTTCTATACGTATTTT
TGTAGTTATTTCTTTTTACATGTGGTCTTTTTATTTATTATGGTTCAATA
GTAAAGAATTTCAAAAAAAATAATATATCTATTGTTTTATTTTTCTATCA
CRTTAAAAAAAATTTTAAGCATGCATTTATATCAACAGCAAAATCAACTT
TATTTTTATGATTAACCACTATTTTAATTTTAATTGATTCTGGTAGACTT
CTTTTTTGCTTAAAATGTTGATGTTTTTTGATCAAGTTATCTATCTTGGT
TTACTCCACATAGTTTCATAGTTTATTAAATATGATCTTCTTAAAGTTAT
GTAAATTACTAATAAGTACTTTTAATTGAAATAAATGGTATGGATTTAGT
GTAATTGAGTTGAACAATTTTTTTTAATTATCTTTATATGTGTAAAATAG
TCACATCAGTAAATTTTACAAAGTTGAGTGTAAATCCTCAATAGTTTTTT
ATGAGCGTTTGAATTGATACAAAGTTGAAAACTATATCAAATTAGAAATG
TATAGAAATTGTTATATTTGTATCTTAAATTTAATACAAGGTTTTTTAAT
GAATTTTTCTACATTAGAAAAAAAAGTCAACTGAATATTAATATTCATTT
TTTATGACTTTATGAGTGTTTGAAGTACAGATTTTTACGATATTGGATAT
TCTCATAGAACAAACTTTTTGTGTTGTTGTAATTCAAAAATAAATAACTG
TTGATACTTGAAATCTTCACCAAATGTTTATTTTATCATTTTTCATAAGC
TTTCTTTTAAGTTGTTATAATGGAAGTTCTAAAATATTTAGGATACATAT
TTTTTTTATAAGGATTAGCAGTGTTATTCATAGTTAAATTGGACGTGGTT
AAACAATGGTTCAATAGTAGTTTAACAATAGTTTATTTTTGGTATTCATA
GACAACAAACTTTACTTATACCATAGACTGAGTTTAAAGATAAACCTTGG
ATTTATAAGCTAGGAAAACACTAGGTTTTAAAGCTAGTTTATTTTAAAAA
YCACTGTTATCTTATTATCATTTAATTTAATTAATTTATGTTTTAAAAAC
ATTTTTAAATTCAAATTTATATACCATTCATTTCAGTAATTCACTTGTAA
CCTATTGTACAGTAGAGCATAGAGCAGTGGTTCTCAAGCTTTTTTGGTTC
ATGTCAYATTATTATACATCACAAGTTTTTGTGACACACTCAATACAAAT
GGTAATGAAATAAATGTCTGTTTTCAATATTTTTACCAGTATAATTACAA
ATATCAGAAACTTCTCGTGGGACACTTAGTCAATCTCTTTGCACAGTATT
GTGCCGCGGAAAACCGGTTGAGGACCACTGGTGTTGAGCAACATCCACTT
ACCTGCTTTTTTTGTAGTTCAAAATTCAAAATTTTAAACAATATTTCTCA
TAAAGCTTAAACTGTAAGGTCTGTAACCAAAACTAGTAAAATTTATATAA
ACACTGTCTTTTTTTAATGGTTATTATAAGTTCACATTTAGATGAAATTA
TATATTTAAACAGAAAACAAGACTTACAGTTGTTTTTTTGTWATTTAAAA
TTATTGTTTTAGTATAATGCATAACTGGTTTTGCTTGAATTGTTTTTCTT
ATACAATGATTTTACATCRTTGCAGATGTAACAACAGAGCAGTGTCTACT
TATCTAACTTTTTTAAATATAAACTTAATAAATTGTTAGCTGTTTCTAAT
ATGAATTTTGATTATCATTTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAGGAA
TGATATATTTTGCTTCATACTGTTGGAATTGCTTTATTGACTATTATTTT
TTATTTATTTAGAATTATTATTATTGTTTTTTTTTTAAGCAGTTAGGTAT
AGTATATTTTGTAGTATTAATGGTTAAATAAAGCATATTTTGTCAGTTTG
AAATGAAAATTAATTTTCATCAAATGTTACATTTATTTAATATTCAGAAA
TTATTAGAATGATTCTAACATTGTCATTAAAATATTAGGTAAAAGTCAAT
CAGCATGTTAGTTTAAAATTGCAATAGTAACTTCACCAAGATGTATTAGA
GGCTAAACTAAACATCTCACAAATCAAAAAATGATACTTTTTGTGTGTTT
TTYRTACATAACACCTAACTAAAGCAATTTGTTAGGAATCTGAGATTTTC
TGTATTTTTTGTATGTTATTTCTATGTGCTTAGATATGAAACAAGAGCAG
GTACTGAAAATTGCATGAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAAG
CAGTTGATAGTCGATTGGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATAG
ACGGGTTAGAAGGAATCAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAAA
AATAAACATTGTTAGTATTATGAAATATTTAATACCTATTGATTTATTTA
TTTTAATGTGATTTGTGAGCTTTCAAATTGTAGAATAAAATATACTATAA
ATTGGGGGTTCAGCCATTTTTTATGGCAAACTGAATATGAAATACTTTTT
GAGATGGTGTGATAACGTTATTTAGGAAGTGGTAAAGTCTAAAATGTAAT
AAGATTATGAAATAGAAATAAAAAAAGAATCATTTAATAAATGTTACAAA
GAAAAATAATTATTTAATTATTTTTATTAATTTGTTTGAATGGATTTTTT
ACATCTCAGATATATATATATAGTCATTTAGCTTAGAGATCTTGAAATTT
AATATCAAAATATTAGTTTTTCTGGTTGCTTAAAAAAACTTAAGGCTTGA
GCTGGCATAAATCTGTGACTCCCTGATATAAAGTGCAGACAGTATTCTTT
GTATCCACATTAGTGGTTAAGAACCTTATTCGAATGACGGATCACTTAAC
ATTTTATAAGATTTTCGCGGAACACAACCGTAAAATAAAATAGTAGTACA
TACATTTTTAATTTTTTAATATATTAAACAATGAATGTATAGCATAAAAT
TGTTTGCATGCTATACATGTTATTGTATATACATATATGCAATGTACCAT
ATGTCCTTAAAAAGTAGATGATACACTCTATAACTCGGTTACCTATATTA
CTCAGTATCATTAATGCATATATTAAAATTATGTCTGCGAGAAATTGATG
ATCAATCAACTGTCCTGCAAATAAAATTCAAAAATATTAATATGGTACAG
AGTAATTTGGGTAATTTAACTATACGGTTTACTCTGTTTTGGGGGCACAT
TTATATATACTGAATATTATATTATGTCCATTATTTTATTTACATCTATT
GCATTTGCAGTAATCTATATTTATCTCTATTTCAATGCACAAAATGTGAT
AATTCTTTTTTAAGACAGTATCTAGAATTCTAGACCGCATTATATTTGTT
TTGTAATATGTTGATACTTGTTTTTAAATTAATATGGTAGAAAATCTCAG
TGACATATAATATAATATTTATTTATTTATATATATATATATATATACAT
TTCCCAAAATGTATATATATATATATATACATTTCCCAAAATGTAGTATT
TTCAAATATATTTATATTTTTTAGGTAGATTCTCATTTCAAGAATAAAGA
AGAGGACTATACTTTATAAAAAGGAGAGCATTTTTTTTTTTTATCGACAT
KAAATTTTTGTTTTAAATTATCTATTTCTGTTTTATAAATTATATTATAT
TTTGAATTTACCATCTAATGAGAAAGTATCATTTAATAACCATGTTTACG
TCATCCTAATGAGGTCTT back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000070:740143..748060- >rna3869 ID=rna3869|Name=XM_015507853.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=639bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748060- (Diuraphis noxia)
ATGCCTTCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGGTCATGTGCATACTATAG
ACCTCCCCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAACCAAAGTAGAAACTGTAG
ATTCGGTGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGAATAATAATAATTCAAAG
GAGAAGAATAATAACGTACCAAATTCGTCAAATAAAGATTCATTTATCAA
GTTATATGTACCACCTGCTAAACGTAATTTGAACAATACGGCCAATGTTG
TAGGTCTATCTAAGTATTTTGATTGTAAATTCAAGGGCTCTCGCACAGAA
TACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTGTATGTTGGTCATTTAAA
TTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCTATTTTCAGAGGCAGGAA
AAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAACAAACATTAGGTCCTGGT
GGATTTTGCTTCATTGAATATGAAACAAGAGCAGGTACTGAAAATTGCAT
GAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAAGCAGTTGATAGTCGATT
GGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATAGACGGGTTAGAAGGAAT
CAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAAAAATAA back to top
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