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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107161442 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 1 Protein, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | nuclear cap-binding protein subunit 2-like, transcript variant X2 |
| Transcript id | XM_015507851.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107161442 |
| Genbank | XM_015507851.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107161442 | gene2632 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000070 740143..748060 - |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015363337.1 | cds3770 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000070 746104..746253 - |
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna3870 ID=rna3870|Name=XM_015507851.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1205bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748047- (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
CACCACTCACCACGACTGTCATTCRTATTTGTCGGTGCTATAGTGATACG
TAGGTATGTGTCGTATCTCGAAAATTTATATTTAGTACCTATTTTGTTTA
AAGTAGGTCTTCGTTAATATTGTATTACGAATGTCAACGTTAATTTCGAA
ATTGAGGTTAGGAAAATACACATTAATCGACAATCGTTGTTTCGTTAAAA
AAACCACACATCCGTACCAAAAACGACCGACAGCTGTATCATCTTTTAAT
TAATTGCAATTTCATTGGAGAATTGTAAATTTCATTTCATTTGTCATAAT
TTTTTAACGGCTCGAGTTCATTAATTTTCCATATTTGTATTTTGTTGTCT
TGAGTTTTGTCAACAATATGCCTTCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGG
TCATGTGCATACTATAGACCTCCCCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAAC
CAAAGTAGAAACTGTAGATTCGGTGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGA
ATAATAATAATTCAAAGGAGAAGAATAATAACGTACCAAATTCGTCAAAT
AAAGATTCATTTATCAAGTTATATGTACCACCTGCTAAACGTAATTTGAA
CAATACGGCCAATGTTGTAGGTCTATCTAAGTATTTTGATTGTAAATTCA
AGGGCTCTCGCACAGAATACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTG
TATGTTGGTCATTTAAATTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCT
ATTTTCAGAGGCAGGAAAAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAAC
AAACATTAGGTCCTGGTGGATTTTGCTTCATTGAATATGAAACAAGAGCA
GGTACTGAAAATTGCATGAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAA
GCAGTTGATAGTCGATTGGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATA
GACGGGTTAGAAGGAATCAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAA
AAATAAACATTGTAGATTCTCATTTCAAGAATAAAGAAGAGGACTATACT
TTATAAAAAGGAGAGCATTTTTTTTTTTTATCGACATKAAATTTTTGTTT
TAAATTATCTATTTCTGTTTTATAAATTATATTATATTTTGAATTTACCA
TCTAATGAGAAAGTATCATTTAATAACCATGTTTACGTCATCCTAATGAG
GTCTT back to topprotein sequence of XM_015507851.1 >rna3870 ID=rna3870|Name=XM_015507851.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=213bp
MPSNFCNESIRSCAYYRPPHLRNGCVGTKVETVDSVNNITSNCXNNNNSK
EKNNNVPNSSNKDSFIKLYVPPAKRNLNNTANVVGLSKYFDCKFKGSRTE
YSKKLEESTTVYVGHLNLLSTEVEVHKLFSEAGKIKNIIMGLDKQTLGPG
GFCFIEYETRAGTENCMKKLNGTLLHGKQLIVDWDAGFIEGRQYRRVRRN
QQRSYVCPTTQK. back to topmRNA from alignment at JOTR01000070:740143..748047- Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna3870 ID=rna3870|Name=XM_015507851.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=7905bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748047- (Diuraphis noxia)
CACCACTCACCACGACTGTCATTCRTATTTGTCGGTGCTATAGTGATACG
TAGGTATGTGTCGTATCTCGAAAATTTATATTTAGTACCTATTTTGTTTA
AAGTAGGTCTTCGTTAATATTGTGTAAGTAAACATAATTCATTGACCAAA
CACCAGAAATGTAATTTATATTTAAAAAAAAAATTGTAATTAATAATTAA
TATCGATAAATATTTTTTTGTAAAAATATGTAGGTAGGTATCAATACTCG
GGTTATGTATTTTTAACACTATAATATTATTATACAGATTACGAATGTCA
ACGTTAATTTCGAAATTGAGGTTAGGAAAATACACATTAATCGACAATCG
TTGTTTCGTTAAAAAAACCACACATCCGTACCAAAAACGACCGACAGCTG
TATCATCTTTTAATTAATTGCAATTTCATTGGAGAATTGTAAATTTCATT
TCATTTGTCATAATTTTTTAACGGCTCGAGTTCATTAATTTTCCGTACGT
ATTTTTAATTGGTTTTTTTTTTTTACTACCRTTTTAGAATTTTGTACGTG
GGTAAGTAATATTTAGTAACTAATGTATCATTATTATGCGAATACAAATA
CAAATAATGTTGTTTAATTACCAAAATCAATATTATAAAATTTTAAGATC
TAAATCGGTATTTTTTTCTGTGAGACATTTTCCTATTTAATCTGAGTTTA
ATTTTTAATTACACCTTTTCTATTATATAGGCATTTAGCTGTATATTGGC
ATCTCTACTCTATTATTGAATACTGAAATGTATTGTATACCTACACTTCY
CCCTATTAACCTTTAAATTATAATTAATAACATGATACCTATTACATAAT
AGTAAATTTGTTTTATAATAATGTTATTTGATGATGTACTTATAAAAATA
GATTTATGGCCTGCAATGATACTGTATTATCCAAAATATTTGGTTCATTT
TTGTATATATGCATATATTAAAATGAGAATATCTGTACATTTGTATGATG
TTATTTTTAAATTTATTTATACTAGGCATTTTAATTATAATTTTAAATGT
ATAGTAGTTATTTAACTAATTGTATACTAATAATATTGCAACACATACTC
TCATATAGTTTTACAAATACAGTAGGCATGAACATTTGTGTAACTTTAAT
ATTTTAGTTGACGAAGTAGTGTAAGTTTATTTAAAAAGAACGTTAAAATT
ACCTATGTTATGAAAAAGTTAATTTTTATTAGTATTCTCTSTTGATAGTG
CTTTTCTAATTTGTTTATTTTTATTTTAACACATTGACTGCCATGCAGCC
GCAGGCGGCCTCAAGAATGTTTATCATGGGTACGCCAAAGACATTTTTTA
GTGTCAATATAAATAAATTTGTATTTGTATAATATATACTATTGAATTTG
AAAAAAAAATTAAAAATAYAAAAAAAATGTTAAAATTATGTTTATTACAT
CAAAAAATTTCAATTATTCCCACTACGCAACAGCATATTTTCAAGATCAT
TATTGTAGCGCCACTGAAAAGTYAATAATATAAATCCAAATTAATTTACG
GCAGCCCGCGGCCGTAATGCCTCCTACAAATGATATGGTGCGGCAGCCGG
CGGTCTAAAAATTATCAATACCTAATTATTATTATATGGACGCCGGCGAC
CGCATGGCAATCAACGTGTTAACGTTAACAAGTTAAACTAAATTTTTTCC
TTGATTTTTTTCCTTTTAACAGTTTTAACTATTGATAAAATTATTTAATT
TTTTCAGATATTTGTATTTTGTTGTCTTGAGTTTTGTCAACAATATGCCT
TCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGGTCATGTGCATACTATAGACCTCC
CCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAACCAAAGTAGAAACTGTAGATTCGG
TGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGAATAATAATAATTCAAAGGTATAA
AAATATCTATTTACAAGAAATATGAATTAAGTTTAAAGTTTGTTTGAATA
TCATTAGTATCAATAGTTACTAGATGGGTACTAATGCATGGAGTTCAAAT
GATGTGTTTCAATTATSATTATTAAGTTATAAGCATTTAGTATATTAAAT
AGTTAAATCATTTTTGTATTGTGTATACATTCTTAAATGTAAAAAATTAG
GTATTAAAAATTCAGAATAGTACCTATTCATAATTTCAAACTGGTTGATG
TAATTGTCAATAAAAGATGTTTAAAGTAAGATAAAGTTTTTATATATTKC
CATAAGCTATTTCTATTTTCTTACAATCCAAGCACTGGAAAAAAACTAAC
AAACATTACAATGATAGTTTTATTTTGAATAATTTCGGATTACCTTAATT
TATACTTAATCAAATTATATAATACTAAATTAAAAATAATGAATATATTT
TCAAAAATTGTCTTAAATTCATAATTTTTTTAACACATTCATTATTTCTA
AATATATTGTATAGTAGTTGTATTGGGTATTTTATATATTAGTAATAAAA
TACAGGATTAATTTTTTTTTATAAATAAAATTTTAATTTTTAATGAAATA
ACAACTCATCATATATTAATTTATATGCTTAACTGCTAGTAGAAGTTACT
GCATCTTTGACGTCTATTACTGTGGTTGTAATTTCTTTACATATTTTTAA
AAGTATGAAAATGGGACAATTAAAAAAGAAATGCGACAGTTAAGCATTCT
AAAAACTTTTGGTGGGATTGAATTTTTTAAGTATAGAATTTTCCTGTATC
ATYTCAGTAGCTTATTGTTTAACCTATAATATTATCTACCTATTTAMTTA
TCATATATTATTAGGGATATGTATGTTGGTTTTTTTTGTCTRAATAATCT
AAAAAATTTGTTTTTATTAAGCGCTATTTAAGTATTTGAATTTCGATACA
CAATTTTATACTAAAATATTATGCTAGGAAGGTTCCTTTTCAATATTTAA
ATAGTCTATCAAAATGTGTATGATATGATAAATTATTGTTGATACAAATA
TTACTAACATCTTTTTACGTATAAAATAATATAATTTAGATATTAAAGTT
GACACTATAATAAATTCTTGTATTTGAATGTTTTTGATTTAAATATTTTG
TCTCTTAAATAATAACAAAAAAAATGTTAATGGTTTTTAAGGAGAAGAAT
AATAACGTACCAAATTCGTCAAATAAAGATTCATTTATCAAGTTATATGT
ACCACCTGCTAAACGTAATTTGAACAATACGGCCAATGTTGTAGGTCTAT
CTAAGTATTTTGATTGTAAATTCAAGGTATGTACCTACATAATATATTAC
ACCTGTATACTAGTTTTTAAGATATAGGTGTTCTTAATATTTAAAAAAYA
GTTATTGATTTGGTAATATGGTAATGTTAATTGCTGTTAAACAAATGTGA
ACATGTTTTTAATGGATTAATAATCGTGATCATTTGTTCTTAGTCCTAAA
TTTGTCGAATTGTGAAACAATAGTTATGTCTCATTAATACAATTTATAAT
TTTCTTAGTAAATGTCTGCAGTTTTTCATTTATTAGTAAAAGATTTGATG
CCTTTTGAATGCTAAATGTTAACTACTTTTARAATTATTTAATATAAAAT
AAATAACATTAATATAGAAATGTATAATAAAATTTAGGGCTCTCGCACAG
AATACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTGTATGTTGGTCATTTA
AATTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCTATTTTCAGAGGCAGG
AAAAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAACAAACATTAGGTCCTG
GTGGATTTTGCTTCATTGAGTATGTACACATAATTATTAATACTTAACAA
AATACATAAAAATACATTTTAATTGTTGTACAAATAAAATGTATGCAGAA
AATGCATTTTGAATTTTTTAACTAAATTACTTGGAGAGTTTTGGAATCAA
GCCTAGATCTCAATCAGCACATTTAGTATAATGTGTTTAACTAATGTTGC
GGTGATAAACTTTAGCAGTTGTAGTATTCAATTAATTATTATAATAATAC
AATTTAAACTACACTCAATTTTAGGCCTTTATTTATTTTTATTCTTCTAA
TAATGCCTCACTGAATATGCACACAAGTTCATAATTTGAAGTACAATTAG
TTCATTAAATTTTCATACATATTTCTATACGTATTTTTGTAGTTATTTCT
TTTTACATGTGGTCTTTTTATTTATTATGGTTCAATAGTAAAGAATTTCA
AAAAAAATAATATATCTATTGTTTTATTTTTCTATCACRTTAAAAAAAAT
TTTAAGCATGCATTTATATCAACAGCAAAATCAACTTTATTTTTATGATT
AACCACTATTTTAATTTTAATTGATTCTGGTAGACTTCTTTTTTGCTTAA
AATGTTGATGTTTTTTGATCAAGTTATCTATCTTGGTTTACTCCACATAG
TTTCATAGTTTATTAAATATGATCTTCTTAAAGTTATGTAAATTACTAAT
AAGTACTTTTAATTGAAATAAATGGTATGGATTTAGTGTAATTGAGTTGA
ACAATTTTTTTTAATTATCTTTATATGTGTAAAATAGTCACATCAGTAAA
TTTTACAAAGTTGAGTGTAAATCCTCAATAGTTTTTTATGAGCGTTTGAA
TTGATACAAAGTTGAAAACTATATCAAATTAGAAATGTATAGAAATTGTT
ATATTTGTATCTTAAATTTAATACAAGGTTTTTTAATGAATTTTTCTACA
TTAGAAAAAAAAGTCAACTGAATATTAATATTCATTTTTTATGACTTTAT
GAGTGTTTGAAGTACAGATTTTTACGATATTGGATATTCTCATAGAACAA
ACTTTTTGTGTTGTTGTAATTCAAAAATAAATAACTGTTGATACTTGAAA
TCTTCACCAAATGTTTATTTTATCATTTTTCATAAGCTTTCTTTTAAGTT
GTTATAATGGAAGTTCTAAAATATTTAGGATACATATTTTTTTTATAAGG
ATTAGCAGTGTTATTCATAGTTAAATTGGACGTGGTTAAACAATGGTTCA
ATAGTAGTTTAACAATAGTTTATTTTTGGTATTCATAGACAACAAACTTT
ACTTATACCATAGACTGAGTTTAAAGATAAACCTTGGATTTATAAGCTAG
GAAAACACTAGGTTTTAAAGCTAGTTTATTTTAAAAAYCACTGTTATCTT
ATTATCATTTAATTTAATTAATTTATGTTTTAAAAACATTTTTAAATTCA
AATTTATATACCATTCATTTCAGTAATTCACTTGTAACCTATTGTACAGT
AGAGCATAGAGCAGTGGTTCTCAAGCTTTTTTGGTTCATGTCAYATTATT
ATACATCACAAGTTTTTGTGACACACTCAATACAAATGGTAATGAAATAA
ATGTCTGTTTTCAATATTTTTACCAGTATAATTACAAATATCAGAAACTT
CTCGTGGGACACTTAGTCAATCTCTTTGCACAGTATTGTGCCGCGGAAAA
CCGGTTGAGGACCACTGGTGTTGAGCAACATCCACTTACCTGCTTTTTTT
GTAGTTCAAAATTCAAAATTTTAAACAATATTTCTCATAAAGCTTAAACT
GTAAGGTCTGTAACCAAAACTAGTAAAATTTATATAAACACTGTCTTTTT
TTAATGGTTATTATAAGTTCACATTTAGATGAAATTATATATTTAAACAG
AAAACAAGACTTACAGTTGTTTTTTTGTWATTTAAAATTATTGTTTTAGT
ATAATGCATAACTGGTTTTGCTTGAATTGTTTTTCTTATACAATGATTTT
ACATCRTTGCAGATGTAACAACAGAGCAGTGTCTACTTATCTAACTTTTT
TAAATATAAACTTAATAAATTGTTAGCTGTTTCTAATATGAATTTTGATT
ATCATTTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAGGAATGATATATTTTGC
TTCATACTGTTGGAATTGCTTTATTGACTATTATTTTTTATTTATTTAGA
ATTATTATTATTGTTTTTTTTTTAAGCAGTTAGGTATAGTATATTTTGTA
GTATTAATGGTTAAATAAAGCATATTTTGTCAGTTTGAAATGAAAATTAA
TTTTCATCAAATGTTACATTTATTTAATATTCAGAAATTATTAGAATGAT
TCTAACATTGTCATTAAAATATTAGGTAAAAGTCAATCAGCATGTTAGTT
TAAAATTGCAATAGTAACTTCACCAAGATGTATTAGAGGCTAAACTAAAC
ATCTCACAAATCAAAAAATGATACTTTTTGTGTGTTTTTYRTACATAACA
CCTAACTAAAGCAATTTGTTAGGAATCTGAGATTTTCTGTATTTTTTGTA
TGTTATTTCTATGTGCTTAGATATGAAACAAGAGCAGGTACTGAAAATTG
CATGAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAAGCAGTTGATAGTCG
ATTGGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATAGACGGGTTAGAAGG
AATCAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAAAAATAAACATTGTT
AGTATTATGAAATATTTAATACCTATTGATTTATTTATTTTAATGTGATT
TGTGAGCTTTCAAATTGTAGAATAAAATATACTATAAATTGGGGGTTCAG
CCATTTTTTATGGCAAACTGAATATGAAATACTTTTTGAGATGGTGTGAT
AACGTTATTTAGGAAGTGGTAAAGTCTAAAATGTAATAAGATTATGAAAT
AGAAATAAAAAAAGAATCATTTAATAAATGTTACAAAGAAAAATAATTAT
TTAATTATTTTTATTAATTTGTTTGAATGGATTTTTTACATCTCAGATAT
ATATATATAGTCATTTAGCTTAGAGATCTTGAAATTTAATATCAAAATAT
TAGTTTTTCTGGTTGCTTAAAAAAACTTAAGGCTTGAGCTGGCATAAATC
TGTGACTCCCTGATATAAAGTGCAGACAGTATTCTTTGTATCCACATTAG
TGGTTAAGAACCTTATTCGAATGACGGATCACTTAACATTTTATAAGATT
TTCGCGGAACACAACCGTAAAATAAAATAGTAGTACATACATTTTTAATT
TTTTAATATATTAAACAATGAATGTATAGCATAAAATTGTTTGCATGCTA
TACATGTTATTGTATATACATATATGCAATGTACCATATGTCCTTAAAAA
GTAGATGATACACTCTATAACTCGGTTACCTATATTACTCAGTATCATTA
ATGCATATATTAAAATTATGTCTGCGAGAAATTGATGATCAATCAACTGT
CCTGCAAATAAAATTCAAAAATATTAATATGGTACAGAGTAATTTGGGTA
ATTTAACTATACGGTTTACTCTGTTTTGGGGGCACATTTATATATACTGA
ATATTATATTATGTCCATTATTTTATTTACATCTATTGCATTTGCAGTAA
TCTATATTTATCTCTATTTCAATGCACAAAATGTGATAATTCTTTTTTAA
GACAGTATCTAGAATTCTAGACCGCATTATATTTGTTTTGTAATATGTTG
ATACTTGTTTTTAAATTAATATGGTAGAAAATCTCAGTGACATATAATAT
AATATTTATTTATTTATATATATATATATATATACATTTCCCAAAATGTA
TATATATATATATATACATTTCCCAAAATGTAGTATTTTCAAATATATTT
ATATTTTTTAGGTAGATTCTCATTTCAAGAATAAAGAAGAGGACTATACT
TTATAAAAAGGAGAGCATTTTTTTTTTTTATCGACATKAAATTTTTGTTT
TAAATTATCTATTTCTGTTTTATAAATTATATTATATTTTGAATTTACCA
TCTAATGAGAAAGTATCATTTAATAACCATGTTTACGTCATCCTAATGAG
GTCTT back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000070:740143..748047- >rna3870 ID=rna3870|Name=XM_015507851.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=639bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000070:740143..748047- (Diuraphis noxia)
ATGCCTTCYAACTTTTGTAATGAATCTATTCGGTCATGTGCATACTATAG
ACCTCCCCACTTGCGAAATGGATGTGTAGGAACCAAAGTAGAAACTGTAG
ATTCGGTGAACAATATTACTTCCAATTGTKTGAATAATAATAATTCAAAG
GAGAAGAATAATAACGTACCAAATTCGTCAAATAAAGATTCATTTATCAA
GTTATATGTACCACCTGCTAAACGTAATTTGAACAATACGGCCAATGTTG
TAGGTCTATCTAAGTATTTTGATTGTAAATTCAAGGGCTCTCGCACAGAA
TACTCAAAAAAGCTTGAAGAATCAACTACTGTGTATGTTGGTCATTTAAA
TTTGCTTTCAACTGAAGTGGAGGTCCATAAGCTATTTTCAGAGGCAGGAA
AAATAAAAAACATTATCATGGGATTGGATAAACAAACATTAGGTCCTGGT
GGATTTTGCTTCATTGAATATGAAACAAGAGCAGGTACTGAAAATTGCAT
GAAGAAACTGAATGGAACATTATTACACGGAAAGCAGTTGATAGTCGATT
GGGATGCTGGCTTTATTGAAGGACGTCAATATAGACGGGTTAGAAGGAAT
CAACAAAGGTCCTATGTGTGTCCAACCACTCAAAAATAA back to top
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