rna3891 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview


Name	XM_015507889.1
Unique Name	rna3891
Type	mRNA
Organism	Diuraphis noxia (Russian wheat aphid)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
JOTR01000071	contig	JOTR01000071:635337..657648 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)	2016-03-02

Properties


Property Name	Value
Gbkey	mRNA
Gene	LOC107161469
Model evidence	Supporting evidence includes similarity to: 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
Product	hemocyte protein-glutamine gamma-glutamyltransferase-like
Transcript id	XM_015507889.1

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GeneID	107161469
Genbank	XM_015507889.1

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
LOC107161469	gene2647	Diuraphis noxia	gene	JOTR01000071 635337..657648 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
XM_015507889.1	rna3891	Diuraphis noxia	polypeptide	JOTR01000071 645975..656208 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
id34016	id34016	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 635337..635514 +
id34017	id34017	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 645954..646167 +
id34018	id34018	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 647509..647633 +
id34019	id34019	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 648329..648461 +
id34020	id34020	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 648884..649110 +
id34021	id34021	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 649371..649545 +
id34022	id34022	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 650000..650254 +
id34023	id34023	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 650793..650955 +
id34024	id34024	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 651688..651785 +
id34025	id34025	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 653191..653357 +
id34026	id34026	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 653827..653950 +
id34027	id34027	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 655196..655356 +
id34028	id34028	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 655799..655929 +
id34029	id34029	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000071 656064..657648 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
XP_015363375.1	cds3790	Diuraphis noxia	CDS	JOTR01000071 645975..646167 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at JOTR01000071:635337..657648+
coding sequence from alignment at JOTR01000071:635337..657648+

spliced messenger RNA

>rna3891 ID=rna3891|Name=XM_015507889.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=3736bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000071:635337..657648+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
CAGCAGTCCGTCAGTCTCAGTCCGTCCACATCGTTTTATCTACGTACCGC
taaaacaatattgtgtataccTATCAATTCAACCACAATTACCGCGGTCG
ACAGTTTGTTATTCGCACTTTGCACGCCGTCCCATCGGTTCACGCACacg
attatacaatattactatcgYCGTcgaggAACAACGCATATAGTTCATAA
TGGCAATCACGGTGGTCTCAACTCATATGTATCCTTTGGAAAACGCGGTG
GAACATCACTCCGACCGATTCGAATTGATACAGGATGGATCAACAGCCAT
ATTTCGCCGCGGACAACCATTTTATTTCGGYATTAAGTTCAACAAGCCGT
TCGACAAGATCAAAGACATCGTCAGAATCGTTTTGGTGACAGgACCGACC
CCGACACCGGCAAAGGGCACGAGCGCCGCACTTATTGTCAAAGAAAAAGA
GGACCTGATCGCTGATCGATGGGATGCTCGTTTCAGCAGCTTCGACGGGT
CTACCGTTACCATACAGGTGCAAATACCGCCGTACGCACCTGTTTCTGTA
TGGAAATTGATCGTGCACACGGCCCGGAAGGGTGTGGCCGGAGTCAATCA
ACATCAAATTGACACAGCCATCTACGTGCTGTTCAACCCCTGGTGTCCAA
ACGACGGTGTCCATATGAATGACGAGGAGCAGTTGGAAGAATATGTGCTC
AACGACAACGGCAAAGTATGGCAAGGCACGTACAAAGAACCCAAAGGATA
TCAATGGTTCTTTGGACAGTTCGAACCGGTAGTTCTGCCGTCCATAATGA
TGTTACTTGACAGATCGTCTATCCCACACCAAGATCGGGCTGATCCGGTG
AAAATGGCCAGAAGCATTTCGGCAATAACGAATAACGTGGATGATAATGG
TCTAGTCGAAGGAAAATGGGATGGTTCGTTCGAAGACGGCACTAGTCCGT
TCGCGTGGCTAGGCAGCACCCCAATTTTCGAAGAGTTTTACAACACTCAA
CTACCAGTGAAGTATGGACAGTGTTGGGTATTTTCCGGAGTGATCGTAAC
AATTTGTAGGGCGCTGGGTATACCTTGTCGGTCGGTGACCAACTACATGT
CGGCGCACGACACGAAMGCCAGTTTAACTATCGACACTTACATCGACATT
AATGGTGAAAAGCTCAACAACCACCCAGGAAGCTATACCAACGACTCATG
CTGGAACTTCCATGTTTGGAACGACGTGTGGATGGATAGACCTGACTTGG
CCAAAGGTTACGGTGGGTGGCAGTCTATCGACGGGACGCCGCAAGAGACA
AGTGACAGTATGTACAGATGTGGTCCTGCGCCCGTCGAGGCAGTCCGAAG
GGGTGAAGTCAACATCGGGTTCGACACGACATTCGTCTACACGGAAGTTC
GGGCTGACATGTGCGTTTTCAAAGAATCGGAAGACGGATTTTGGTCCAGA
GTGAAAACGATACCGAATTACGTTGGAAAACTAATTGTGACGAAAAAAAT
TGGACAAGAAGTGTTACCTGAAATCGAAGACATGGAAGACATTACTGAAA
TCTACAAAAATCCTTTCGACTCACCAGAGGACAAAATGGCCGTGAAAAAA
GCAATTAAGGTGGTTCCTATTGCCCAGGAGATATACGACATGGAGGACTC
ACAAATCGAAGACGTTGAATTCAAGCTTTTCGACATCGAACAGATCACAC
TGGGYGAAAGCTTCAAAATTGCGATGAGCATGCACAACACGTCGTCGGAA
CCACGGTCGGTTTCAATCGTGCTGTCGGCATCGTCGATCCTATACACCGG
AACGACAATCAACAAGTTGAAAAGAAGTGAAGCGAAAATTGTCCTAAAAC
CTAATCAAAGAGAAAACATCCACACTTTCATGAAACCGTCAGAGTACATG
AACAAAATGTCGTCACACAGTTTAATAAGAATAACGGCTGTGGCCAACGT
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AGCCGCAGCTCGACGTAAAACTAAATTCACAACTTCAAGTTAAAAAACAG
TGCGAAGCAACATTTTCTTTCACTAATCCGTTATCTGTCACTCTAACGGA
CTGCACATTCAGTGTTGAAGGCCCAGGAATCCACAGAGTCATCAAATTCA
GAGATGTTATGCCTAACGAAAAATATGTCACATACAAGGAAGTGTTCACG
CCAGAAAATGACGGACAGCGGACCGTCACAGTGTCATTTAACTCCAAACA
GCTCACAGACATTAAAAACACTATTACAGCCACAGTATTaccgtaaaaaa
aattacaatattattgttaaggaaaaataataaatctattgcttaagaaa
aaaaaacgcttaaattgtatatttttttaaattatttttattattattgt
tatcaataaaaatgccCATGGTGACATAAGCCATTGagctataagtatta
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gtataagtatttaaaatagtttatttttttatagtttattttgaagattt
tattatgaattcgGTGGTGTCWCTGAGTAAGAATCTGTTAATTGTGGCAG
AGAGATTTCGAAAGGAGTTTAGAAGTTTTGGGATAATTCTTGATTCGGAG
TAAAGACGATATTTCGTCATTATGTGTTCGATTATAAGACAGATGCCGCG
TGATTGGCATATTCAAGAGGGGGGGGGATCATTTTTACTCATTAGGTGGC
TGTAAGTAATCTGCGTGTGCCTGATCCGAAGTCTAATACGATTAAATTCG
AACTTTTTAGGAAGATCTGTGGGATGTAACCATGTGAATACgtctttttt
aatttcttgatGTTTTACGCAAAAGGATTTGTAGTTTACCTACCTACCAC
ATATTATCACAACGAAGTTTGATTAAATGTATTACGTCCTGTTTCGTTAT
TAGTTGAATTGCTAGAGAATGCATTAGAGAGTGCATCTTTTTCTGCCTTA
TCATCCATTYAATTTTCTAAGATATTGGAATGGCCCGGTATAACTGACCA
GCATAACTGATTGACTTTTCTTTTTTCTCttcatattgtaaatttgtWAC
ACATTTTATGcctatctaatatatatttatcttagaTATCACTGATATTT
AGATTKTAGTACTTCAATAGTGACTTGGACTTTCAAACTTAAGCCAGACG
GTATCAATCATTTTTATCGCTTCAAGACATATGATGTTAAACTGTCCTGA
AATTGGGGCTGAATTTGGCATcacattaataatgttatatgttatatact
tgaaccgcttgttatttatttttgtgttcgATATTTCTTCGATCAGATAC
TAATAAgctattatgtttttttgtttacaaatacACCTATTACTAAAAAA
GTTGAGGTTGGTaataggtgttttttttttttgtcttgccTGAGACGCAA
AATTACTAAATACATCTCTGTCTATAGGTATGTTATGATAGTTGGTGTTG
TTGCTAGTACCATGATAGGAGATATTAGTGCATATAGATTTGATtgcgaa
attattaaaatttaaaggcgTTATTTGAATATCTATTGTGGGGTTGACGA
CGGCTCATTAATTCTCGTTATCTACAACGGTGGTGGCAGGCCCGAGATTA
AATATTGGaacattaagtttattatatgtttttgatgAATTCATAATCCT
GTCTTTAAGATTTATATGGTTGTTTGGTCTATCGCC

protein sequence of XM_015507889.1

>rna3891 ID=rna3891|Name=XM_015507889.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=699bp
MAITVVSTHMYPLENAVEHHSDRFELIQDGSTAIFRRGQPFYFGIKFNKP
FDKIKDIVRIVLVTGPTPTPAKGTSAALIVKEKEDLIADRWDARFSSFDG
STVTIQVQIPPYAPVSVWKLIVHTARKGVAGVNQHQIDTAIYVLFNPWCP
NDGVHMNDEEQLEEYVLNDNGKVWQGTYKEPKGYQWFFGQFEPVVLPSIM
MLLDRSSIPHQDRADPVKMARSISAITNNVDDNGLVEGKWDGSFEDGTSP
FAWLGSTPIFEEFYNTQLPVKYGQCWVFSGVIVTICRALGIPCRSVTNYM
SAHDTXASLTIDTYIDINGEKLNNHPGSYTNDSCWNFHVWNDVWMDRPDL
AKGYGGWQSIDGTPQETSDSMYRCGPAPVEAVRRGEVNIGFDTTFVYTEV
RADMCVFKESEDGFWSRVKTIPNYVGKLIVTKKIGQEVLPEIEDMEDITE
IYKNPFDSPEDKMAVKKAIKVVPIAQEIYDMEDSQIEDVEFKLFDIEQIT
LGESFKIAMSMHNTSSEPRSVSIVLSASSILYTGTTINKLKRSEAKIVLK
PNQRENIHTFMKPSEYMNKMSSHSLIRITAVANVEGTEQLWSQDDDFVVQ
KPQLDVKLNSQLQVKKQCEATFSFTNPLSVTLTDCTFSVEGPGIHRVIKF
RDVMPNEKYVTYKEVFTPENDGQRTVTVSFNSKQLTDIKNTITATVLP.

mRNA from alignment at JOTR01000071:635337..657648+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>rna3891 ID=rna3891|Name=XM_015507889.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=22312bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000071:635337..657648+ (Diuraphis noxia)
CAGCAGTCCGTCAGTCTCAGTCCGTCCACATCGTTTTATCTACGTACCGC
taaaacaatattgtgtataccTATCAATTCAACCACAATTACCGCGGTCG
ACAGTTTGTTATTCGCACTTTGCACGCCGTCCCATCGGTTCACGCACacg
attatacaatattactatcgYCGTcgaggtaaatattaaattattattat
ttttatctgattCAAAACTCGTGATGTGCTCTCGTGCCCGCAATTATTGA
AaagaatgataaataataattgcgtaTTGTAGCAACgtagatatttttta
acgaAGTAGGTATTGATGATGAATTTTTAACaaatcgatttttaaaattg
gttgaGAATAAAAGAGACCGACGACAataattactaatgttttttatctt
attatRGTTGAACTTTGCttaatttttagtaggtataggaTCAGAACGAA
GCACAATAATttaagtgttattaaaaaaatacaagcaAATGTTcagtaaa
gtaaaatatttaaatacaatgctaaataaatggaaaacattaaaattatc
ataataataattaaataactctatagtctataggcTATAGTGTACTTaga
tttcatgaaattttcaaaaattccaCATACATACAATGAACAAACATTCT
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AATTTCATCAATTTTCAAtagttaacaaaaaaatgttcaatatttttaag
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TCATAGTCAGTAAAACTAtagaaaaagtttatttaaattttgaagataaG
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atcatgataatttataattaatataaaattaaaacgtacataaacaaata
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ttttttttagttgagtCCATGATTACAGATAGAATAACAATTAcgattat
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atcCAAATGTACCTAGAATAGTAATTTtagatgaaattaaataaatttga
ttgagAACAATATTTTTRTTGAATaggtaaataagtaaaataaataaata
aaataaattttaaattttaaaaataattgcttttaatttaaaaattatat
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ATGTTCAATTACTTTTTTAcgatgatttaattatttcatttgagTTGTGA
TTTGTTCTGTTTCTCCACAAAATTGGAACACATTATAAWatgttctttat
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gtttgaaaaatacatgggtacctaatttttaaagatttctGGATTTATTT
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TTGGTGccttttaacatattaatttttaggccATTTTTGTAAGCTGTTTT
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gTTTAACGTTAACCACACGTTTAAAGTACACctctgtatatttatttttg
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GTTGGCGACTAAATCATACAAATACGTACTTGCTAGATACACATATAAGT
GTGTATAACTATAATCAGGGCCGGCCCAAGGTATTTTGACGCCCCGGGCA
GTTTTTTGAAAGGCGCCCTTAATCAAAGgctccataatacatttaatact
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GCTACCTTCGCCCGTATCTTGGGCAAGCATtggctataatatatagatga
tgTTTGTACCATAACTAGGGTACCAATCTATACCTCTATATAAACCAAAA
GATCGTTTTGTACTCGTCGTCGCTCGGACGATTTCACTTCAATTGGCAGC
GTGCACGGACGCGATATACATCATATAtccaaatagtataataatagtcg
gTTCAacgaattatttgatattatagaaaattatgYGCCGAATGCACTCG
GCGTGTGGAGATGGGTTTTTGCGATGACGACGATCCGGAAACGCATTTCC
CCCTCCGTTGTCGCGATCCATAACtcatatcataacaataatattattaW
TATACTTCAACTCCTAGCCCAACCGACGAAAACGACGACTTGCACTTTTA
TTCAATGACACGAATTATAATTACAACGCTTTCTGTGCGACGTTTTAGCC
ATCTTcagtcaaacataatattattaatattattatcgttttcgtAAGCC
ATTTTCGGACACAGTCTACTGCAAGACACATCATTGGTCCTTGAACTACT
TGGCATGGCGCTATAATAAGAAAccgttctatattattattgtatacaat
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GTAATTAACTCCTCCGAtccttttgtttttataaaaataacctgACTTGA
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tgttACAACGACATACgcgatgtattataattatgattatagtataattg
tTCGATGACAAAATAACCCGGGCACGTGGagtcacaattatttatttttt
ttatctataaatggCGTGAAAAGTTCGCCACAACATTTATTCGAGTTCAC
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GGAAAATATACAACTGTGCACGCGTacttaaccataatattataaaaaac
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tttgtaatgataaattatgcAAATCGCTGTCGAACAGCATGTTAATACTA
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CATTTCWACATACGCGTCGTCACACCTCTTTCGctatatactcgtaataa
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GCACGTTCGAAGGTTTGGTTCGGAATCGAATATAATCGATCGTGATGAAG
GTATTCTCAtgtttggaatataatatattatatatatttttaaataactg
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CGATGAACTACCTAGTAGCTATCTATAATAATTCGTAGTAATTATGCAAC
AACAAATTTCGATTtcagataaaacaaaataattacctaatatataatat
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GTACATGAATTTAAGTACGCGCGGGGGCCATTCCCAAAGTCAGTTCATAT
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AYAATAGATtcgtcaaaaaaatataaaggtgGGTCTGCATGGGTtcaata
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AAAACGCTCGAGAAAAATagcattataatgtttattgcaTTCGCATTCTC
GGAAATACACTTCGACTGGGAGTGCGTTTTGATAAATGCATTGTGAATAA
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TAATATCACCGATTcgatcaatatcaatattatctaACTTATRTTgtgta
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CCGTGTTTTGAACGATTCGATTTTGTTCAGCATCATTTTGATGTTTTAAG
CAGCACATTGTACAACTTCGtctaattatgaaaaaaataggtaggtacct
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CAAAGTCTAATGCATACCTATctagatacaataataaacgaATGTCGAAT
CGATTTTAATCTATGAAATTCGCCAACCACGTTTGATATGACTTTTACCA
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tatgtttttgatgAATTCATAATCCTGTCTTTAAGATTTATATGGTTGTT
TGGTCTATCGCC

Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000071:635337..657648+

>rna3891 ID=rna3891|Name=XM_015507889.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=2097bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000071:635337..657648+ (Diuraphis noxia)
ATGGCAATCACGGTGGTCTCAACTCATATGTATCCTTTGGAAAACGCGGT
GGAACATCACTCCGACCGATTCGAATTGATACAGGATGGATCAACAGCCA
TATTTCGCCGCGGACAACCATTTTATTTCGGYATTAAGTTCAACAAGCCG
TTCGACAAGATCAAAGACATCGTCAGAATCGTTTTGGTGACAGgACCGAC
CCCGACACCGGCAAAGGGCACGAGCGCCGCACTTATTGTCAAAGAAAAAG
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ATGGAAATTGATCGTGCACACGGCCCGGAAGGGTGTGGCCGGAGTCAATC
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GCCAAAGGTTACGGTGGGTGGCAGTCTATCGACGGGACGCCGCAAGAGAC
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Metabolic Data

View metabolic data for rna3891 on AphidCyc