rna4066 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview


Name	XM_015508103.1
Unique Name	rna4066
Type	mRNA
Organism	Diuraphis noxia (Russian wheat aphid)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
JOTR01000076	contig	JOTR01000076:17838..69964 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)	2016-03-02

Properties


Property Name	Value
Gbkey	mRNA
Gene	LOC107161620
Model evidence	Supporting evidence includes similarity to: 4 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
Product	uncharacterized LOC107161620
Transcript id	XM_015508103.1

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GeneID	107161620
Genbank	XM_015508103.1

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
LOC107161620	gene2774	Diuraphis noxia	gene	JOTR01000076 17838..69964 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
XM_015508103.1	rna4066	Diuraphis noxia	polypeptide	JOTR01000076 43191..69831 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
id35527	id35527	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 17838..18088 +
id35528	id35528	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 43136..43266 +
id35529	id35529	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 49820..50028 +
id35530	id35530	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 54623..54758 +
id35531	id35531	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 65036..65175 +
id35532	id35532	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 66007..66202 +
id35533	id35533	Diuraphis noxia	exon	JOTR01000076 69737..69964 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
XP_015363589.1	cds3957	Diuraphis noxia	CDS	JOTR01000076 43191..43266 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at JOTR01000076:17838..69964+
coding sequence from alignment at JOTR01000076:17838..69964+

spliced messenger RNA

>rna4066 ID=rna4066|Name=XM_015508103.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1291bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000076:17838..69964+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
GCACCCTCGTCGGACGCTTAAGGGTTGTTCTGCCGGTATAGTTCGTCTCC
TCTCGCGCCAAGTTGTTTCGAGgtgacaaataattttaattccttTTCTA
ATCACACGATCTAGATACGAAACATTATTACCGATAAATCAAACTTGTAT
TTTGTATACGATGTacaaaaaagatataaaatgaaaaacaccGAATAAAT
GTTCAACCACCGACGTCCTGTCTCGTCTACAAAAAAGCACATACAAATCA
GAAAATGATATGGAGAGAATAAAAATACCTTGATTCATTTTAAGCCTGAT
TTGAAGATGGGTGAATGTAAATCAACTACAAAAACTACATCTGTTATGAT
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CGAATACAAATGTGAGGTATCTGCTGAAGCACCATTCTTTACAACTGTGC
ACGCTGAATCCAAAATGGCCATAATAAgTTTACCAAAATCAAAAGATGTA
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TGATCACTTCAACAATGGCTTAATGAAAGTTACATGTCAAGCCATAATCA
ATATAGGACGTCCAAAAGCATTACCACCTCCTAAGGAATATAAACGTGAA
GCAATAATTTTAGTACGTGGATCAGCAGTAGCGATGTGCATAACGTTTAA
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CGTCGTGAAAACGGTAAAAATTGTTATCCAATATTATTTTGGCTCCttca
ttaaaattatgtgaaattgtatgttatcttgttattttatcaaaactgtt
taataaacttattatccATATTCCGCACGATCgagttgtaa

protein sequence of XM_015508103.1

>rna4066 ID=rna4066|Name=XM_015508103.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=284bp
MGECKSTTKTTSVMIALLFLIINPCEIGEAVQMLGVKVPAYIFMGDSVQL
FCDYDMQMDKLYSVTWYKDNEEFYRYVPTSNHLKHSYSMDGITVDHAYSD
SKKVTLRYANLLMNGEYKCEVSAEAPFFTTVHAESKMAIISLPKSKDVTK
INGGSGVYQTSDTIYLNCTSGESFPAARLRWFINDKMVISNYDRSEKLPN
GLYISISKLNLSISPDHFNNGLMKVTCQAIINIGRPKALPPPKEYKREAI
ILVRGSAVAMCITFNLKLTLITLTSTLFLLNTS.

mRNA from alignment at JOTR01000076:17838..69964+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>rna4066 ID=rna4066|Name=XM_015508103.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=52127bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000076:17838..69964+ (Diuraphis noxia)
GCACCCTCGTCGGACGCTTAAGGGTTGTTCTGCCGGTATAGTTCGTCTCC
TCTCGCGCCAAGTTGTTTCGAGgtgacaaataattttaattccttTTCTA
ATCACACGATCTAGATACGAAACATTATTACCGATAAATCAAACTTGTAT
TTTGTATACGATGTacaaaaaagatataaaatgaaaaacaccGAATAAAT
GTTCAACCACCGACGTCCTGTCTCGTCTACAAAAAAGCACATACAAATCA
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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000076:17838..69964+

>rna4066 ID=rna4066|Name=XM_015508103.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=852bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000076:17838..69964+ (Diuraphis noxia)
ATGGGTGAATGTAAATCAACTACAAAAACTACATCTGTTATGATAGCATT
ActgtttttgattataaatcCTTGCGaaATTGGTGAAGCAGTTCAAATGC
TTGGTGTTAAGGTACCTGCGTACATATTTATGGGAGACTctgtacaatta
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GA

Metabolic Data

View metabolic data for rna4066 on AphidCyc