Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107171901 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 1 Protein, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | lysine-specific demethylase 3A-like, transcript variant X3 |
| Transcript id | XM_015522323.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107171901 |
| Genbank | XM_015522323.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107171901 | gene86 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000002 110596..181296 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015377809.1 | cds123 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000002 159412..159662 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna125 ID=rna125|Name=XM_015522323.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=5485bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000002:110596..181296+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
CACGCGTCCGCTGCGTCCAGCTGCCGAACACACGCACACTCGCCCAGTCC
CCCCACTACCCTCCCCACACGTATCCATCAAACGGTCGCGCGGCGCCGCG
CTGCTCGCCCCTTATCAGCGCCGCCGACGTCTCTCCCGGTGGGCACTTCG
TCGTCATTGGTTTCAGTTTTTTTGACTCGTCAACACGAATCTTCTCCCCG
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AGCCTTACGGGTGTCCTCACCGTGTGCCCACAACACTGTCGGTACTTATA
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GAGTCTTTTCATGTCGAACACGGCGCAAATGCCGCAGATGATGTTGCCCT
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GCTGTGGAAGCCGCCTACCCCTACTGTGGGAAATGGCAACAATAATTCTA
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GGAGTGGAGGTGTGCTCATCGAGAACGGTTCAAATAACGAGTACGGGCAG
GTGGAAATCGAACGGCTGGTAAACCGTCACCAGAGAGGCAATCGCGAACA
TACCGAAAAGCAACAAGCTGAAGCAGCTGTCCATCAGCATTTCGAGGAGA
GCCTGAAACTTGCTCAGCAACAAAGGagAACCAATTGGATATCAAATTTG
CCTTCCCCACCGAAAAATGTGTACCCAAGTCAAGGAACTAAGACTCAAGA
TACATCTAAGCAAATGCATCCATCTCTCAGTGGGGCAAATCAAACCGCCA
ATCATCGAGGAGTCGACGATtggaaagaaaagaaaaataaatatgcaccT
CCCAGATCAACACCGGTTGATTCATCGTCTTCTAGACCTTCAACcCAACA
AGCTCATTATAGAAATCGGACCGTTCCTATATCGAATTTTGATCAtgaaa
atgcattaataaatactaacgATGGtggaaactataataatatgatctcg
TATGCTCCTTACATGAATACAAATCATGTGTACGCACCTCCTTCTAACTC
ATCAGTGATAGTCAGAAATGAGTCTTCGTACAAAAACTCATCGATGCCTG
TGCCAGAAGCTTATTCGTATAATGGTACTCCTACTATTCTCACAGTTCCC
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ACACTTCTTCTCCGGAACCACATCATCCTGGGCCTCTGTTAAATACGCAT
GGTCGTTATGCCTTATATCCACCTCTAACTGATAACTCTCAAAGGGATTT
AGATATGCCCCCGCCCGCACATTTGAATGCAATTATATCTAGTGCCCTTC
CGAAATTTGTTCCTGTTGCGGTGCCAGTCGATGATCTCCAAACAGAAGCA
TTAGATCTAGTTATGATATGTAATAAAGCTACACCTGAAACTGATGTtcc
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ATTAAGCAATTCGACTACCACTTCGGCGATCATAACGACGGCACTCTCGT
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TCTCCATCTACACCTCCCCCGGTGCTAATGCCTGCGACTTATACAGAAAT
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CAAAATGCATCACATTCTTTCTCCCAAATGGATGATACTCCTCCAGTTTT
ACAGTGTGAAATtaccaaaaaaagaaaaagttccAAAAGTTCATTAGACG
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AAACCTATTGCATGGAAAAAAGCAGCTAACGGCGTGAGGGAAATGTGTGA
TGTTTGTCTTACAACTATTTTTAACTACCACTGGGCTTGCGCAAAATGTG
GTTTTGGAGTTTGCATCGATTGTGTAAAgGCACGTCTAAACGGCTGGTCA
GAGTTGCCAAACGCCGCGACCATGACTAAAAAGGACCTGCGAGAGAAGGA
CAAATTCACGTGGATGACTTGTAACAGCAAACATAATCACGACGTTGAGC
GGCTCATGCTTACACAAATCGTAGCCAGTGACTCGATGGACGTTGTATTC
TCTGATTTACACAAAATCAGTACTTTATGGAACCTTCCAATTGAATGTGG
TTGTCCAGGACATCCTTTCCCTGAAGTacagGGCGATGCCAGTActgatg
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GATAACTTTCAAAACAGTTCTGCTGAAAATTCTGAAATTAGTTCTACTGA
GAACTCAAAAAATGAATCTGCTGAAGATTCAAATAACATTCCAGTCGAGG
AATCGAAAAACAACGCTGCTGAAAACTTGGAGAACATTACTGCTGAAAAC
TCTGAGAAAAATTCTGCCAAGAGCTCTTCGGACAGCCTTGCAGAAGGATC
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CCGGGTGCTCAAATGACAGACGAGCGAGTGTTCAATCTAATCCGAGGAGG
AGAGAGCATATATTAAAACACTTTGTccgtaagaaaaataaatatctgaG
AACCATTCCACGCGAACCGCTTCCGCCACGTGTAATGACACTAGCAGAAA
GCCGAGAATTTTTCCCGAATAATCCCCATACGTGGCTATGTGATGGAAAA
CTATTGAGGCTTTTGGATCCCGAAGATCCTACCAACTACGaaatttttca
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GGTTAAATCCGGAACTGTGGAGTCCTAATTCGTTTATTCGCGACTTCGGT
GAATTTACCAACGATTTGATTGACTGTGCGACTGGTTTCCTAGTCGAGGG
TAAGACAATGAAACAGTTTTGGGATGGTTTTGAGGACGAAAGCAAGCGAC
TTAAGGGTTTGGATGGTAAACAAATGTTGTTGAAACTAAAAGACTGGCCA
GTTGGCACTGATTTTGCGGATACCTTACCGGAAAGcGTTTTCCGATACAG
ATTTGATGATTTAATGAGAGTATTGCCATTAAAAGAATATACTCTGCGTG
ACGGAAGTCTTAATCTGGCAGCTAGATTACCGGCATGTTTTGTGCGACCA
GATCTTGGACCAAAAATGTACTCAGCTTACGGGAACATTGGAAATCGTGA
TTCCGGCAAACAATTTATGAGTACAACTAATCTACATTTAGACGTATCGG
ATGCAGTTAATGTAATGGTGTATGTGGCTATTTCGCACAAAAGTGAGAAT
CAAAACGACGAAGCTGATCATGAATGGCACGTAAAGGAAGCGTATCGGGC
GATTGACGAGGCTGGCTGTGACATGGCAAGTAGAAGACGGGCCCGTGAGT
CCAAAGAGTTGCCGGGTGCGGTGTGGCACATTTATCATGCTAAGGACGCA
GACTCGATACGTGACCTGTTGAACAAAGTGAGCGCGGAACGCGGTGAACC
ATTGGAACCCAACCACGACCCCATCCACGACCAATCATCATACTTGGACG
CAGATCTCAGGGCGCGGTTGTTGACTGAATACGGTGTTCAGGGTTATGCG
GTGGTACAGTGTCTAGGTGATGCCATATTTATCCCGGCCGGAGCCCCGCA
CCAGGTGAGAAATCTGCACAGCTGCATCAAGGTAGCCGGTGACTTTGTAT
CGCCTGAAAACGTGTCTCAGTGTTTTCGGCTAATGAACGAGTTCCGAGAT
TTGTCCAACAGCCACAGTAACCACGAGGATAAGCTACAGATCAAGAATAT
CATGTTCCACGCGGTCAAGGACTCGATTTCGGTATTATTGCACGAACATT
TGGAAGTACCGCAGGAACAACAAGAACCGGAACCGGAACCAGAAGAGGAG
GTGGAGAAGtaaatttgtattgattattatttctgtcaatggtaatttat
tattatttaattttgaccttaattattttttctca back to topprotein sequence of XM_015522323.1 >rna125 ID=rna125|Name=XM_015522323.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=1634bp
MSNTAQMPQMMLPYQPFHPPSVGPSPAIPTQIPAPSTMQSTMGATGMLWK
PPTPTVGNGNNNSTVANSYYHHHRTNEQQKLNNRGNAEKDVYKEMKRAKQ
PPYVQGPSGGGKTRSGGVLIENGSNNEYGQVEIERLVNRHQRGNREHTEK
QQAEAAVHQHFEESLKLAQQQRRTNWISNLPSPPKNVYPSQGTKTQDTSK
QMHPSLSGANQTANHRGVDDWKEKKNKYAPPRSTPVDSSSSRPSTQQAHY
RNRTVPISNFDHENALINTNDGGNYNNMISYAPYMNTNHVYAPPSNSSVI
VRNESSYKNSSMPVPEAYSYNGTPTILTVPAVKLGYNKESKQAKPMHYSR
TSSSSVNTSQSKGHTSSPEPHHPGPLLNTHGRYALYPPLTDNSQRDLDMP
PPAHLNAIISSALPKFVPVAVPVDDLQTEALDLVMICNKATPETDVPLYL
NSNYKHTKPDPQDTRNTHDVNVYVKSKKHNYLEMLPNNENMSSPLITLSN
STTTSAIITTALSSSNSIMVPSTSLASNSSSKIITNLMAVPTSIPATISL
IDPNTIPTSISSTILTNNLTIIPTSISKTPFATSTEIPIVTPASIPEIIS
TTASSTNVTTEGLVTTSSNVPVTNSTSYDSSPSTPPPVLMPATYTEMSSG
IKTHHHKLKKAWLQRHVWAEDLKEAGVNIDQNASHSFSQMDDTPPVLQCE
ITKKRKSSKSSLDDNIEETSPQEMLPCSSHSEPSTSSGSGTKKYKKRKVS
NPTIPPENKSTTDNSKALEIEKKVLPIKIPKKRGRKPKVVVSIPLKKGKN
NDGEVRFFQSGPCLNAGPKIHKCRECRIFLNNKKNDKMTQDEIDNIFCRF
YAFRRLFTNKSGQLMNAGFPDPFLDITEEDANLWLPNPKCPPSSLNVEVA
KKVLIEAGRQFCYLVKEENKALTLSPYFQGKPIAWKKAANGVREMCDVCL
TTIFNYHWACAKCGFGVCIDCVKARLNGWSELPNAATMTKKDLREKDKFT
WMTCNSKHNHDVERLMLTQIVASDSMDVVFSDLHKISTLWNLPIECGCPG
HPFPEVQGDASTDDDDDDVPLISRASTSNTDNFQNSSAENSEISSTENSK
NESAEDSNNIPVEESKNNAAENLENITAENSEKNSAKSSSDSLAEGSKSM
XLSQNAINIEPQIAGCSNDRRASVQSNPRRREHILKHFVRKKNKYLRTIP
REPLPPRVMTLAESREFFPNNPHTWLCDGKLLRLLDPEDPTNYEIFQEQW
KRGQPVMVSDVGQRLNPELWSPNSFIRDFGEFTNDLIDCATGFLVEGKTM
KQFWDGFEDESKRLKGLDGKQMLLKLKDWPVGTDFADTLPESVFRYRFDD
LMRVLPLKEYTLRDGSLNLAARLPACFVRPDLGPKMYSAYGNIGNRDSGK
QFMSTTNLHLDVSDAVNVMVYVAISHKSENQNDEADHEWHVKEAYRAIDE
AGCDMASRRRARESKELPGAVWHIYHAKDADSIRDLLNKVSAERGEPLEP
NHDPIHDQSSYLDADLRARLLTEYGVQGYAVVQCLGDAIFIPAGAPHQVR
NLHSCIKVAGDFVSPENVSQCFRLMNEFRDLSNSHSNHEDKLQIKNIMFH
AVKDSISVLLHEHLEVPQEQQEPEPEPEEEVEK. back to topmRNA from alignment at JOTR01000002:110596..181296+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna125 ID=rna125|Name=XM_015522323.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=70701bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000002:110596..181296+ (Diuraphis noxia)
CACGCGTCCGCTGCGTCCAGCTGCCGAACACACGCACACTCGCCCAGTCC
CCCCACTACCCTCCCCACACGTATCCATCAAACGGTCGCGCGGCGCCGCG
CTGCTCGCCCCTTATCAGCGCCGCCGACGTCTCTCCCGGTGGGCACTTCG
TCGTCATTGGTTTCAGTTTTTTTGACTCGTCAACACGAATCTTCTCCCCG
TTGACCGTTTCCGCTTCGTCGATGCCATAATCTCCGGACGTTTCCCGTGC
AGCCTTACGGGTGTCCTCACCGTGTGCCCACAACACTGTCGGTACTTATA
acgttattactatattatatcatatcccGACCGTCGTCCATTTATCGCac
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gtcaatggtaatttattattatttaattttgaccttaattattttttctc
a back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000002:110596..181296+ >rna125 ID=rna125|Name=XM_015522323.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=4902bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000002:110596..181296+ (Diuraphis noxia)
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