Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Gbkey | mRNA |
Gene | LOC107161763 |
Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 99% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
Product | ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor, transcript variant X1 |
Transcript id | XM_015508297.1 |
Cross References
External references for this mRNA
Database | Accession |
GeneID | 107161763 |
Genbank | XM_015508297.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
LOC107161763 | gene2923 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000081 395289..408169 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
XP_015363783.1 | cds4138 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000081 395880..395913 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1435bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
TCGTGTCAGGCGCCCACGCGtgtttattaatcaaaattattcataataat ataataccagcagtgtgtacattataatatagtatagatacGATACTACG AAGGGATGGCTTGGcgagtaatattatgtgttataatgtgtattgaaatt gtgtgaaataaaatattttatacggatTAATCGTCGTCGTGTAATACTTG CTCACCAACTATAGGcacatattaacaataataattaatggggTCGGTGC GCGTATAAATGTTTTACCTTCctttatggtaataataatattattatatt atgtttatacttaaCAGAATCCGCACGATATAATAATAGAGGCACGAAAT CAACGTTCTTCCGCGATCCCGTcgtgtgtacctatactatacgaCGCCga aattgtacgcgcACAGCATTATAAAAACTTGGGCCGAACGTTGTCATGTC CAACAAGGTCGCTGTTACTGAAGATCAAGttttttttttactcgttaTTA TAAAGGGGTTGTCCGTGAACTTCACATATTTGCATTTCCccgtatatttt tgttttaacattaaaataatacccaGACGCGTTGTCCAGCCGCCGTTTGC CATGACATCTACACTGTACAATAAAATTGGACTTATACCTAAACAGAAAC CGATTAGAGTAATGATTATGGGACAACCCGGCGTGGGGAAAACTgCGCTA TTGGTGAggtttgtaacaaaaaaattcatCGGTGATTACGACCCCAACCT AGAGAAAATGTACACGCACCAAGTGTCCATGGAATCGGAAATGGTCAACT TCGAGATATTGGACACCGCTGGATACGTACAAGACAAATCTTGCAACTTA GAAATGAATATGCGCTGGGCTGACGTGTTCATATTGGTATACTCCATTAC GGATAAATGTTCGTTTGATGATTGCAGTAGACTCAAGTTTTTGATTAACT ACAACAAAAAGAAACGTCGTCTCTCCACTAAAGATCATCCATTTGATGTG CCAGTGATACTGGTAGGTAACAAAGTGGATCAACAGTATGATCGGATGGT GACGTACGCAGAAGGTCGGAAACGGTGCCAGGAACTTGGATGCGTGGCTT TTCATGAGATTTCAGTGAGGGAAGATGTCGACCAGgcgTATGCAGTGTTT AAGGAAGCGTATACATGCTGGAAAGCAATGTCTAAAAATCCAAAACTAAA ACGCTCTTCTTCTGATCACGGTGCAGAAGCACTCTTCAATTCAGCTTCTA GAttcataaGTTGGCCGTTAGTGTTCGGAGATAGCGCGTGTAGTTCATCA AATCGTACGGAAGACACTCCCGAGTTCCGTGCCAGGGCTTCGACGGAAGG ACACATTCGATCAGGCACGACGGCTTGTCGGTACCTGCCCACGTTGTCAG CCAGAGGAAGTATTTGCTGctatttgaagaaataa back to topprotein sequence of XM_015508297.1 >rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=330bp
MSNKVAVTEDQVFFLLVIIKGLSVNFTYLHFPVYFCFNIKIIPRRVVQPP FAMTSTLYNKIGLIPKQKPIRVMIMGQPGVGKTALLVRFVTKKFIGDYDP NLEKMYTHQVSMESEMVNFEILDTAGYVQDKSCNLEMNMRWADVFILVYS ITDKCSFDDCSRLKFLINYNKKKRRLSTKDHPFDVPVILVGNKVDQQYDR MVTYAEGRKRCQELGCVAFHEISVREDVDQAYAVFKEAYTCWKAMSKNPK LKRSSSDHGAEALFNSASRFISWPLVFGDSACSSSNRTEDTPEFRARAST EGHIRSGTTACRYLPTLSARGSICCYLKK. back to topmRNA from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=12737bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia) TCGTGTCAGGCGCCCACGCGtgtttattaatcaaaattattcataataat
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AGCCAGAGGAAGTATTTGCTGctatttgaagaaataa back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ >rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=990bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia) ATGTCCAACAAGGTCGCTGTTACTGAAGATCAAGttttttttttactcgt taTTATAAAGGGGTTGTCCGTGAACTTCACATATTTGCATTTCCccgtat atttttgttttaacattaaaataatacccaGACGCGTTGTCCAGCCGCCG TTTGCCATGACATCTACACTGTACAATAAAATTGGACTTATACCTAAACA GAAACCGATTAGAGTAATGATTATGGGACAACCCGGCGTGGGGAAAACTg CGCTATTGGTGAggtttgtaacaaaaaaattcatCGGTGATTACGACCCC AACCTAGAGAAAATGTACACGCACCAAGTGTCCATGGAATCGGAAATGGT CAACTTCGAGATATTGGACACCGCTGGATACGTACAAGACAAATCTTGCA ACTTAGAAATGAATATGCGCTGGGCTGACGTGTTCATATTGGTATACTCC ATTACGGATAAATGTTCGTTTGATGATTGCAGTAGACTCAAGTTTTTGAT TAACTACAACAAAAAGAAACGTCGTCTCTCCACTAAAGATCATCCATTTG ATGTGCCAGTGATACTGGTAGGTAACAAAGTGGATCAACAGTATGATCGG ATGGTGACGTACGCAGAAGGTCGGAAACGGTGCCAGGAACTTGGATGCGT GGCTTTTCATGAGATTTCAGTGAGGGAAGATGTCGACCAGgcgTATGCAG TGTTTAAGGAAGCGTATACATGCTGGAAAGCAATGTCTAAAAATCCAAAA CTAAAACGCTCTTCTTCTGATCACGGTGCAGAAGCACTCTTCAATTCAGC TTCTAGAttcataaGTTGGCCGTTAGTGTTCGGAGATAGCGCGTGTAGTT CATCAAATCGTACGGAAGACACTCCCGAGTTCCGTGCCAGGGCTTCGACG GAAGGACACATTCGATCAGGCACGACGGCTTGTCGGTACCTGCCCACGTT GTCAGCCAGAGGAAGTATTTGCTGctatttgaagaaataa back to top
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