Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107164256 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 22 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | casein kinase I isoform gamma-3 |
| Transcript id | XM_015512012.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107164256 |
| Genbank | XM_015512012.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107164256 | gene5209 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000190 176547..187987 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015367498.1 | cds7511 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000190 176872..177076 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna7752 ID=rna7752|Name=XM_015512012.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=2107bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000190:176547..187987+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ttaatcagtcaCAAAAAAATGGAGAGTTTCAGCTGCAATTGTTtcgtttt
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GCATTTGGAATATCGCTTTTATAAATTACTGGGATCTCATgCTCCTGCTT
TCTTCTCAGATGGCATAccagaagtatttttttttggtccATGTGGCAAA
TATAATGCTTTAGTCATGGAACTCCTTGGTCCTAGTCTTGAGGACTTATT
TGATATGTGTGGGCGTGAGTTTTCGCTCAAAACTGTTCTCATGATTGCCA
CTCAATtgTTGCACAGGATAGAATATGTTCATGGTCGACATCTTATATAT
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AGATAaaactattcatattatagattttggTTTAGCTAAAGAATACATAG
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TCGGCGAGATGATTTAGAAGCTCTTGGACATATGTTTATGTACTTTTTAC
GAGGTTCATTACCATGGCAAGGCTTAAAAGCTGATACTCTTAAAGAAAGA
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TGATGGATATCCTGagGAAATGGCCCAGTATTTACGTTATGTTAGACGRT
TGGATTTTTTTGAGACACCAGATTATGAATATTTGCgtacattattcaat
aatttatttgagaaAAAAGGTTATGTTAACGACTCCGAATTTGATTGGAC
GGGAAAAACAATGtgcacATTAGTTAGTTCCATTCAGTCCAGTCAAGAAG
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CTTAACCCCTGCTGATCGTCATGGAAGTGTTCAAgtGGTAAGCTCGACTA
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ATTACAGCACAAGCTGAAACAGAAATTGTTGATGACACTAAatgttgttg
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TCGCACTCTAACTCGCGTGACAGTGCCCTAAATGTTCCCGTTCCGACCAT
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tacaaaaatgtgaTGCCAAGATGCTTCAATTGTTGACACTAGTCTTGACA
CTAGACAGTAAGacagtataatattcatttattgctttttttatttgtta
aaaataa back to topprotein sequence of XM_015512012.1 >rna7752 ID=rna7752|Name=XM_015512012.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=456bp
MQKRDREKEQNGKDDKRGGKSTGSRAMHSAVAGRHGLSSSANSSVLMVGP
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FGLAKEYIDLETNKHIPYREHKSLTGTARYMSINTHLGKEQSRRDDLEAL
GHMFMYFLRGSLPWQGLKADTLKERYQKIGDTKRATPIEVLCDGYPEEMA
QYLRYVRRLDFFETPDYEYLRTLFNNLFEKKGYVNDSEFDWTGKTMCTLV
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SVQVVSSTNGELANDDPTAGHSNTPITAQAETEIVDDTKCCCFFKRKKKK
NPRPK. back to topmRNA from alignment at JOTR01000190:176547..187987+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna7752 ID=rna7752|Name=XM_015512012.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=11441bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000190:176547..187987+ (Diuraphis noxia)
ttaatcagtcaCAAAAAAATGGAGAGTTTCAGCTGCAATTGTTtcgtttt
caattttattcaatttcaacACGGTTAACcgtatgttttaataaaactat
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GCAATGCATTCAGCAGTTGCTGGACGACATGGCTTGTCATCATCAGCCAA
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TTATCTTATCTAATATTGTGCagagaaaaaattatagttaataataaaat
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Gctctattagtttaaaatttagagtgaattgacctcttataaaaattaaa
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ttatgaatattttaaaattgtaaatttttgtgtatcttaaaatactcata
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TAAAAGGATTGTTTTATTAATCCTTTTAAAAATTAGCAAAGTGACccgta
acattttttttttgtcaagttTTGtagtaattattgattttatttcaatt
ttaatgtcTAATGccattttatataacttaaatatggttattatttattt
tatgaattttactaTACCcaattataagatatatttaatacaaatattct
tattaaataaataaattactaaattattWaaaaaaaatatattatgttaa
ttttttaagaactatATCTGATAaaactattactattaattataattatg
gtatttattgtatgaatgtacatactaaaatatttagaatacatGGGGTA
TTTGGGTTTTAATATGATTCAGTATTAAATTTATCCTTGGCTTTCAggtg
attttaaatttgatgaccatatatttaaataattaaaaataaaatattct
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attatatattattattattattattatattatacattttgaacacATAGT
TGTTAGCTAGTTGCTACAAattaagaataagaataatgCGTCATTGATAT
ATTGAtttcaacaaatttataaaatccaatgtggtatttttaattttttt
tcgatcaaggtctttaatttaaactatttttgttMATTTGTGtatcatat
gaaaaaaaaactcaacaaaattgatcattatttaatatttatgtcttGTT
TGGacatatattttactgaaaCTCTTGTTTACCAACTGACCCTAAGACCC
TTTGCCAggtaaatacattattgtttggtcaataatatttaagccCATTT
TACTGTtactataattttcatttttacttaattgaaGTTACTGCCaactt
tttatactaaaatatttagtaaaatatttagttttatataattttttaaa
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TAACTGTTAAGTTAGATATAAGGTCATCTTTTTCAATCAATGTCTACCAA
GGTTTTCGAACCAGCCATCCAAGCTCATTTCAAATTATAAGAtcctaatt
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AAATCCTTTGACTtagattaatagtttttatttgttagaatattatagaa
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TAGTTATTAGTACCTTGGTAAAGACTTCATTCTTCAAAAACtcatttgat
attttcattgCTATACTATTTACGCTCTTCAACCTGTGtatgatacataa
aatattttataatttttattttttttttttaaattctattcttgatattt
atattatgatctaataatttatgtttaaaattagtttCTTAAAATTCTAC
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GTAGTGAATGGGTTAATCACATTTAAGATTCATCTATACCTTTGAATatc
aaatatactataattgatGTCTAGTATGtctataatacatgtataatata
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ttaatatttttaaatggaatgttaataaaaaaatgtttacttattaGTAA
TCTCTAAACCTCcctttaaaactaattttaaaaggaCGCTACACTcccat
gtgttgtcttcgtcttacaagcgTGTAACATGGCAAATGTTATGCTCTga
agatcacgtttagctccattaacttaaaatttagagtggaatgtcctctt
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GTTTTCTTAAGAATTAATGTGATGATGTAAATATTTGTGATGCTGTGGAC
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TAAAATGGtaagaatcatattattataactaataaagcATCATATTTAAA
TGATGGACATATGTTGATATTtgtgtaatacaataattttaataggtagg
tttatgattaaataattttctatttttaatattttaggagccAATGAAAT
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TCTCATggtaaagataaatatatatttttattaagtgttGAAACACAGGt
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GGAAAaggtatttacatttatttttcagagCCTAACCCTAAATTATGTAT
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TTATATCTTAATCTGTAGTATCACTTGTTTTTAATCTGaacaaattaaaa
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ATGGttaaaacaatttcattataattgttagttttcttcagttttttatt
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TGAGGAGAACTCGCTGCATATACAAAACCTAtccataaactaaaaaaatt
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GTATatgtgagtctaataaaaacagatttataatttatagtatatttatt
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agaaATTTGGCCACTTAATGTTTTATGCccaaattctattaaaaaaatct
tttattatatattataatattgtatacaaaataaatcatacaaattGTGA
ACTTCRATTATTTTTAGACCTAACTCAGATACAGCCATTGTTTTCTATAT
TCATCATAGGAGCTTTAGGTTGTATACAGcttaccatatttttaattatt
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TTTTTGAGACACCAGATTATGAATATTTGCgtacattattcaataattta
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ACTTCGCGTTATACGCAACATATCCAATGAAAGTCCTCGAACATCTGAAA
GYAATCTGGTAAGTCACACGGATAGCATTTATAGTGgtcattaataattg
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TTAGTTCCATTCAGTCCAGTCAAGAAGTTATTTTATCACCAAATAGAGAA
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GGAAACTTAACCCCTGCTGATCGTCATGGAAGTGTTCAAGTAATTTAatc
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TTGATGACACTAAGTATGATTAAAagttttgtatatacattttaatgttt
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atccaataaattaaatattattttgtatttaattttgaaacatctttcct
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CAAGATGCTTCAATTGTTGACACTAGTCTTGACACTAGACAGTAAGacag
tataatattcatttattgctttttttatttgttaaaaataa back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000190:176547..187987+ >rna7752 ID=rna7752|Name=XM_015512012.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=1368bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000190:176547..187987+ (Diuraphis noxia)
ATGCAGAAAAGGGACCGGGAGAAGGAGCAAAACGGTAAAGATGACAAGCG
CGGCGGAAAATCCACCGGATCGAGGGCAATGCATTCAGCAGTTGCTGGAC
GACATGGCTTGTCATCATCAGCCAACTCTAGTGTACTCATGGTTGGCCCG
AATTTCCGTGTTGGCAAGAAGATTGGCTGTGGAAATTTCGGGGAACTAAG
ACTTggaAAAAACTTATACACTAATGAACACGTGGCAATTAAAATGgagc
cAATGAAATCTAAAGCACCTCAATTGCATTTGGAATATCGCTTTTATAAA
TTACTGGGATCTCATgCTCCTGCTTTCTTCTCAGATGGCATAccagaagt
atttttttttggtccATGTGGCAAATATAATGCTTTAGTCATGGAACTCC
TTGGTCCTAGTCTTGAGGACTTATTTGATATGTGTGGGCGTGAGTTTTCG
CTCAAAACTGTTCTCATGATTGCCACTCAATtgTTGCACAGGATAGAATA
TGTTCATGGTCGACATCTTATATATAGAGATGTTAAACCAGAAAATTTTC
TCATTGGTCGCACTTCAACGAAAAAAGATAaaactattcatattatagat
tttggTTTAGCTAAAGAATACATAGATTTAgaaacaaataaacatatacc
ATACCGGGAACATAAAAGTTTAACTGGTACAGCAAGATATATGAGCATAA
ACACACATTTAGGAAAagAACAAAGTCGGCGAGATGATTTAGAAGCTCTT
GGACATATGTTTATGTACTTTTTACGAGGTTCATTACCATGGCAAGGCTT
AAAAGCTGATACTCTTAAAGAAAGATATCAAAAAATTGGTGATACAAAAC
GAGCAACTCCTATAGAAGTTTTGTGTGATGGATATCCTGagGAAATGGCC
CAGTATTTACGTTATGTTAGACGRTTGGATTTTTTTGAGACACCAGATTA
TGAATATTTGCgtacattattcaataatttatttgagaaAAAAGGTTATG
TTAACGACTCCGAATTTGATTGGACGGGAAAAACAATGtgcacATTAGTT
AGTTCCATTCAGTCCAGTCAAGAAGTTATTTTATCACCAAATAGAGAAAG
ACAAGTTGCAGGCAAcaagtctgGAACAAAAGGTTGGCAAGATGGGTCTA
AGCTTCCAGGTCACACATTAGGAAACTTAACCCCTGCTGATCGTCATGGA
AGTGTTCAAgtGGTAAGCTCGACTAATGGTGAATTGGCAAATGATGATCC
AACTGCTGGCCATTCCAATACTCCTATTACAGCACAAGCTGAAACAGAAA
TTGTTGATGACACTAAatgttgttgtttttttaaacgtaaaaagaagaaa
aatccTCGTCCTAAATGA back to top
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