Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107165941 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | putative folylpolyglutamate synthase, transcript variant X2 |
| Transcript id | XM_015514380.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107165941 |
| Genbank | XM_015514380.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107165941 | gene6754 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000302 252814..258200 - |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015369866.1 | cds9648 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000302 257828..257950 - |
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna9973 ID=rna9973|Name=XM_015514380.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=2176bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000302:252814..258200- (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
GCTGTGTACCTACCGGCCGATAATAAATTAGRGCATTTTATTTCAGATAG
ATACCCAAGTAAACACCRATTAACATGTATTAAGTTCCATAACCTATAAC
GTGTCCCGCCCTTTTTCTTCCGCGATTCAAGAGCAACCACTGTCGAATGA
ATCTCATATTTTTCTTTCGCAATAATATTACATTACCTGTTATTATTACT
GCTCTGATTTCCTATTAAGTGCATAATAATATTATATAGTATTGCGTATT
ATGTCCGCGGCGTAYGTCAACAATTGTAAACTTTTAAAAAGTATATGTTT
GAACGTTTCTGGTGCTATCGGCAGGAGAAAAATGAGCATTATCTTTAACG
ACATCGGTTCGCATTCGTATGACGATTCAGTCAAAATGTTGAATTCTTTG
CAAAGTCTTACTTCTAAGTTAACTCGTCATCCAGGAAATTTGAAATTAAG
ACAGGCTATAAATGAAAATAGATGCGGTTTGAGTAATGAAGATTTGGACA
AACTTTCAGTCATTCATGTTGCTGGAACAAAAGGTAAAGGATCCACATGT
GTATTTTGTGAACAATTGTTGCTATATAAAGGTTATCGCACTGGCTTATT
TACTTCACCACATTTAATCTCTGTCAAGGAAAGATTTAGAATTAATGGAA
AAGTCATTACTGATGAAAAGTTTGTGTTTTATTTTTGGAGTGTCTACAAT
ACACTATTATCTAAACGTGGTAACGAAGAAGAATTACCTGCCTATTTCAT
GTTTCTGACAGTTATGGCATTTAAAATGTTTGTCGATGAAAAAGTAGATG
TTGCTATCATAGAAACCGGAATTGGGGGCGAATATGACTCTACTAATATA
TTAAGAAAAACATCAATTGTTGGAATTTCATCACTAGGATTTGATCACAC
AACAGTACTAGGAAATACTTTACAAGAAATTGCTTGGCAAAAAAGTGGAA
TTATGAAGCCAAATTCTGTAACAATTGTTGCTAGTGATCAACCTAAAGAA
ACCCATCAAATATTAATTGAACGTAGTGTAGAAAAACAGACAACGTTATT
GGAAGCTCCATCATTTAACAAGTATAATTGGAATGAAAATACTTCAGAAT
TAGGAGTTCTAAATACAGCACAAGAGATAAATGCTTCACTTGCTATTCAA
CTTTCTAATGCGTGGATCAATCGTAACAATAAATATGATTGGATAAAAAA
ATGCCATGTTGGACTTAGTGGAATGAAACAAGCTCCAATTTGGGAAATTA
ACAAACTAGATAAACAAGCATTAAGGAATGTTAAATGGCTTGGCCGCAAT
CAAGTTTTAAACATAACACCCAATTTATCATATTTCTTGGATGGAGCTCA
TACAATTGAGAGTATTMAGTTATGCAGTAAATGGTACCAAAATGTTTGTC
CTAAGTCACAATTGGGTGTTCGAAATATTTTAATATTCAATGTGACGGCG
TTCAGAGATTATAGTACATTTTTAAAAATACTATTAACTGAAAACAAAAT
AGATTTAGTTTTGTTATGTCCAATTATTACATCAATTGATAACCACCGTC
CAGATACGGTTGATTTGAATTTTAATTATGATGAGCAATTGGTCAAATGT
TATGATATGAAAAATGTTATAGATTTTTGTGATGTAAAAGTATTTAATTC
TATCCAAGAAACTATCAAGTATGTTAAAATGTGCAGCTCTTCTGAAAAAG
ATACAAGCTTTCAAGTTTTAGTAACTGGCTCATTAAAACTTGTTGGTGGA
GTTTTAGAGGTCCTCCAATTATGACATTTATTTTATAAATAAACCAATTC
CATAGGATTAGTTATTATAAATTACAAAATTTAATCTTTCTCTGTTTAGT
GTTACACTGTATGTTGAATTATATTTTGAACAAAAAATTGGTACTTTTCA
GTTAATTTAGGCATCAGCAGTACTATTGAATTATATATGGAATATTCAAA
TATTTACTACTCCAAAAGATTTTGATATACAATTATGTGTAAATTAATTT
GAAAATCAATAACAATTTTTTTTAAACTTATTTTTGTAAATCATAATAAA
TAAAGGCCATAATAAATTGCATTTAAATCTATGCACTAAATCACTCACTA
ATGTTATTGATTTTTATAATTATTTTACTATTACTTTTGCAGTTTTTGGA
TATTAGCTCTATCTTTTTGTATTGTA back to topprotein sequence of XM_015514380.1 >rna9973 ID=rna9973|Name=XM_015514380.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=508bp
MSAAYVNNCKLLKSICLNVSGAIGRRKMSIIFNDIGSHSYDDSVKMLNSL
QSLTSKLTRHPGNLKLRQAINENRCGLSNEDLDKLSVIHVAGTKGKGSTC
VFCEQLLLYKGYRTGLFTSPHLISVKERFRINGKVITDEKFVFYFWSVYN
TLLSKRGNEEELPAYFMFLTVMAFKMFVDEKVDVAIIETGIGGEYDSTNI
LRKTSIVGISSLGFDHTTVLGNTLQEIAWQKSGIMKPNSVTIVASDQPKE
THQILIERSVEKQTTLLEAPSFNKYNWNENTSELGVLNTAQEINASLAIQ
LSNAWINRNNKYDWIKKCHVGLSGMKQAPIWEINKLDKQALRNVKWLGRN
QVLNITPNLSYFLDGAHTIESIXLCSKWYQNVCPKSQLGVRNILIFNVTA
FRDYSTFLKILLTENKIDLVLLCPIITSIDNHRPDTVDLNFNYDEQLVKC
YDMKNVIDFCDVKVFNSIQETIKYVKMCSSSEKDTSFQVLVTGSLKLVGG
VLEVLQL. back to topmRNA from alignment at JOTR01000302:252814..258200- Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna9973 ID=rna9973|Name=XM_015514380.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=5387bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000302:252814..258200- (Diuraphis noxia)
GCTGTGTACCTACCGGCCGATAATAAATTAGRGCATTTTATTTCAGATAG
ATACCCAAGTAAACACCRATTAACATGTATTAAGTTCCATAACCTATAAC
GTGTCCCGCCCTTTTTCTTCCGCGATTCAAGAGCAACCACTGTCGAATGA
ATCTCATATTTTTCTTTCGCAATAATATTACATTACCTGTTATTATTACT
GCTCTGATTTCCTATTAAGTGCATAATAATATTATATAGTATTGCGTATT
ATGTCCGCGGCGTAYGTCAACAATTGTAAACTTTTAAAAAGTATATGTTT
GAACGTTTCTGGTGCTATCGGCAGGAGAAAAATGAGCATTATCTTTAACG
ACATCGGTTCGCATTCGTATGACGTAAGAAACACAATTTTTACTCCATTT
ATATATATTTTATATTTGTATTATAAATATGTACTGCAGTTGTGGGTACT
GGGTAGCATGTGATATTTTAGTAGCAAGTAGTTTAAACATATTGTGTTAT
ATTGTATTTCTTGTATATTTGGACGTATTCACTCAAGGCACACAATCTCG
TGATATATAATATATATATCATACATGGCATCATTAATATGATTATTGAT
TGCTCAAATGATAAGTGTGACACACTGACACCTGTTGGAAACGTTCCTCT
ATAGCCAAAATGTCCTTGTGTACATAATAATAATATTTTATCAATATTTT
TTTATTTGCGTAGCTGTTCGTTCAAAGAGACCAAGAATAGAGATGATGAG
TATCTATTATTTTCAAATGCAGTGATATAATAATAATAATATAGCTTTTA
AGTATCCAGTACTTATTGTAACTTGTTAAAATAAAAAAATCTTTAGTTTA
TTTTATTATTTGTACCTATTATTACAAATTTTTAAAACTGGTTATTGCAT
AAATTTCTAAATTTTTCAAACACTTGAATTTGGATTTGTTTATACCATTA
TTTTCAATAATAAAAAAAGTTATTTCATACATTTTTATTAAAACAAATTA
ATATTTTGTTCAAATACAAAAAAAAAAAAAATGTAATAGTTACAAAATGG
TACTCCCTTAACAAATAGATAATATTTAGAAATATAGGTATGTAATGTAT
TTGTTTTATGAGCTGTATTAAAAATTTACAGATATGTATATTTATTATGA
ATAATATCTTAGTATATTATAAATAGAAGCAATTCAATGGTTTAAATTTA
ATTTTGGTTCATGAATTATTAGTTGAGTTGGATACATGTTGTATGGATTT
TAAGCTAACAGGAAATTTGAACTTTAATATGGCAGGAAAAATAGAGGCAT
ACAAATATCTAAGTTTATCAGAGTTATTTATTTTTGTATTTGAATAATAG
TGTTTTTTTATAGAATTATTGGAAGTGCTAGTAAAATATAAAGCTATTAT
TTTTGAATTAATTGTATGGATGTTTGTTAAACTCTCCAAAATTATATACC
ATATAATTATGTACCTGGTTATATTGAAAATATTAAATGAATCGCTTAGA
TTTAAGCGATCGACTAAGCAAATATCAAATAACTATATCAAGCAGTGGAG
TGACGAGGACTATATTTGAGGCACATGTCTCAGTTTGAGGGGTGGTGGGT
GTCCTCAAAGATCATATGATGTGTTAAAAAAAACATTATTATTTAAATGA
ATAAATATGTCTTATCTTGAAAAATTTTTTTAATGTTTTTTGTGATGGGT
GGGGTGGGTGGTGGGTCTGACAATATAACTGTGCCTCATAACTTAATAAT
GTTCGCCACGCCACTGATATCAAGTATGGTTTAAACAGTTAATTAAATAT
TATATAATTAAAATTAAAAATTCTTATAGGATTCAGTCAAAATGTTGAAT
TCTTTGCAAAGTCTTACTTCTAAGTTAACTCGTCATCCAGGAAATTTGAA
ATTAAGACAGGTGAACACATTTTTAAATAGGTAACTATAGTTAAAACTAT
TAAAATGTTTAAGAACAATTTAATAGATTTACTCTTGGTGTTGGTAGCTA
ATATAAATTGTTCTGAAGGCTATAAATGAAAATAGATGCGGTTTGAGTAA
TGAAGATTTGGACAAACTTTCAGTCATTCATGTTGCTGGAACAAAAGGTA
AAGGATCCACATGTGTATTTTGTGAACAATTGTTGCTATATAAAGGTTAT
CGCACTGGCTTATTTACTTCACCACATTTAATCTCTGTCAAGGAAAGATT
TAGAATTAATGGAAAAGTCATTACTGATGAAAAGTTTGTGTTTTATTTTT
GGAGTGTCTACAATACACTATTATCTAAACGTGTAAGTTATTATTTATTT
TGTCTAAAAAACTATTTATGTACTGTATGTTAGTAAAGTAAATTTAATCT
AAATTTTCAGCATAAAACTTAACTAAATTATATCTCACTAATTCATTTTA
AAAACATTATTTCAACAACATGTTGAGAAGAATAATTGTTTTTATTATTT
TATGAATTAATACTTCTTATTATTTTAGGGTAACGAAGAAGAATTACCTG
CCTATTTCATGTTTCTGACAGTTATGGCATTTAAAATGTTTGTCGATGAA
AAAGTAGATGTTGCTATCATAGAAACCGGAATTGGGGGCGAATATGACTC
TACTAATATATTAAGGTATGTTTCATTTTTCCTTAAATATAATTTTTCGA
AAAATAATACTTGAATAATTATAGAAAAACATCAATTGTTGGAATTTCAT
CACTAGGATTTGATCACACAACAGTACTAGGAAATACTTTACAAGAAATT
GCTTGGCAAAAAAGTGGAATTATGAAGCCAAATTCTGTAACAATTGTTGC
TAGTGATCAACCTAAAGAAACCCATCAAATATTAATTGAACGTAGTGTAG
AAAAACAGGCAAGTAAATAATATCAATTATTTATAGTAATTTTATTTATT
CAAATTAACTAATATTTTATTAGATTTATTGCCAATAACAATCTGATATA
ATGTTTATATGTACTTGCTATAATTTTAGACAACGTTATTGGAAGCTCCA
TCATTTAACAAGTATAATTGGAATGAAAATACTTCAGAATTAGGAGTTCT
AAATACAGCACAAGAGATAAATGCTTCACTTGCTATTCAACTTTCTAATG
CGTGGATCAATCGTAACAATAAATATGGTTAGTATTTACATATTTTGTAT
ATAATATGTCAACATTATTTACTGTTAGGGTTTTTTTAATAATGGTTAAA
TTTGTTTGACTTAGAAAGTAGATGACTAGATGACTATAGTGTATCAGAAA
AAATGTATCYCTTCTAAAAAAAAAAAACTTAATAATATTATTATATTATA
ATTGGAATACATTGAGTTAGCTTTTGTTTTTGTTTGTTTTACATTCATGT
AAATTATTTAATTACCAATAAATTTTAAAATTTTAAAATTTTAAAATTAT
TAATCATTATATTGTAAAAATAATTATTTGATTTGTGATTACGAATAGTT
TGATGAAAAAAAAAATTATGATAACTATTTTAAATTTGTTCTAGATTGGA
TAAAAAAATGCCATGTTGGACTTAGTGGAATGAAACAAGCTCCAATTTGG
GAAATTAACAAACTAGATAAACAAGCATTAAGGAATGTTAAATGGCTTGG
CCGCAATCAAGTTTTAAACATAACACCCAATTTATCATATTTCTTGGATG
GAGCTCATACAATTGAGAGTATTMAGTTATGCAGTAAATGGTACCAAAAT
GTTTGTCCTAAGTCACAATTGTAAGTTAAAAAACGGGTAAAATAAAATAT
CCCAAAATATGTAATGAGAATCATATTTTAGGGGGAAAATATATTGTAAG
AAAAATTTTTTTCCCAAACTGCGTTTAATCACAAAAATTATACATTAGAA
CCGTATTTTGGCTAAATATATGTACCAAATGTAAAACAGAAAATATATTC
TACAAAACATATTTTATCCAAAAATTATCTTAACTAAAAGATTTTAACCA
AAACCTAAGTTAATTTTCATAATATAATTTATGTATTGAGAACATTATTT
TCTGCTGCACCATTTACTGACGTATATATTAATTTTGTATTGAATATTTT
TGGATATTTTGTAAGTTAAATACTACTTGTTATATTTAAATAAATTTTTA
TTTTTTTATTTCTTTTGTTCAGGGGTGTTCGAAATATTTTAATATTCAAT
GTGACGGCGTTCAGAGATTATAGTACATTTTTAAAAATACTATTAACTGA
AAACAAAATAGATTTAGTTTTGTTATGTCCAATTATTACATCAATTGATA
ACCACCGTCCAGGTAACCACCATTAATCATAATTCATAATATTTATAATG
CATTGTTATAATAATTAACTATTAAAGTTTGCTAATAAAAGTATGATGGT
TTAGAAATAAACTAAAATGGAATATTTTTTTTTTACTAATCATATATTAT
TTTAAAGCTTTCTACCTAAAATGATATCAATTAAATTTGCTTATCTGGTC
AATAGCTTAGCTTAGTGATGCTGTCAGCTCCGACTACTAATTTAACTTTA
TTCTTATTCAGTCGATACTCTAGATACTCTTGTTGCTGGGTCCAGAAACT
ATTACTAAATATTCAATGAACGAATAATGCACAATTGATTAAATTAATAA
ATTGTTTTTGTAAACCATTATGAGTCTTTCAGTAGAAATTAAAAATTTTT
TTTGTATAGTTTATTCATTCAAAAGACACATGGGTATATTAAAATTTAAA
ACTATGAATAATTTGATGACTCACTTATATTTTTGTTTTTATTATTATCA
TTATTTTTTTTCAGATACGGTTGATTTGAATTTTAATTATGATGAGCAAT
TGGTCAAATGTTATGATATGAAAAATGTTATAGATTTTTGTGATGTAAAA
GTATTTAATTCTATCCAAGAAACTATCAAGTATGTTAAAATGTGCAGCTC
TTCTGAAAAAGATACAAGCTTTCAAGTTTTAGTAACTGGCTCATTAAAAC
TTGTTGGTGGAGTTTTAGAGGTCCTCCAATTATGACATTTATTTTATAAA
TAAACCAATTCCATAGGATTAGTTATTATAAATTACAAAATTTAATCTTT
CTCTGTTTAGTGTTACACTGTATGTTGAATTATATTTTGAACAAAAAATT
GGTACTTTTCAGTTAATTTAGGCATCAGCAGTACTATTGAATTATATATG
GAATATTCAAATATTTACTACTCCAAAAGATTTTGATATACAATTATGTG
TAAATTAATTTGAAAATCAATAACAATTTTTTTTAAACTTATTTTTGTAA
ATCATAATAAATAAAGGCCATAATAAATTGCATTTAAATCTATGCACTAA
ATCACTCACTAATGTTATTGATTTTTATAATTATTTTACTATTACTTTTG
CAGTTTTTGGATATTAGCTCTATCTTTTTGTATTGTA back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000302:252814..258200- >rna9973 ID=rna9973|Name=XM_015514380.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=1524bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000302:252814..258200- (Diuraphis noxia)
ATGTCCGCGGCGTAYGTCAACAATTGTAAACTTTTAAAAAGTATATGTTT
GAACGTTTCTGGTGCTATCGGCAGGAGAAAAATGAGCATTATCTTTAACG
ACATCGGTTCGCATTCGTATGACGATTCAGTCAAAATGTTGAATTCTTTG
CAAAGTCTTACTTCTAAGTTAACTCGTCATCCAGGAAATTTGAAATTAAG
ACAGGCTATAAATGAAAATAGATGCGGTTTGAGTAATGAAGATTTGGACA
AACTTTCAGTCATTCATGTTGCTGGAACAAAAGGTAAAGGATCCACATGT
GTATTTTGTGAACAATTGTTGCTATATAAAGGTTATCGCACTGGCTTATT
TACTTCACCACATTTAATCTCTGTCAAGGAAAGATTTAGAATTAATGGAA
AAGTCATTACTGATGAAAAGTTTGTGTTTTATTTTTGGAGTGTCTACAAT
ACACTATTATCTAAACGTGGTAACGAAGAAGAATTACCTGCCTATTTCAT
GTTTCTGACAGTTATGGCATTTAAAATGTTTGTCGATGAAAAAGTAGATG
TTGCTATCATAGAAACCGGAATTGGGGGCGAATATGACTCTACTAATATA
TTAAGAAAAACATCAATTGTTGGAATTTCATCACTAGGATTTGATCACAC
AACAGTACTAGGAAATACTTTACAAGAAATTGCTTGGCAAAAAAGTGGAA
TTATGAAGCCAAATTCTGTAACAATTGTTGCTAGTGATCAACCTAAAGAA
ACCCATCAAATATTAATTGAACGTAGTGTAGAAAAACAGACAACGTTATT
GGAAGCTCCATCATTTAACAAGTATAATTGGAATGAAAATACTTCAGAAT
TAGGAGTTCTAAATACAGCACAAGAGATAAATGCTTCACTTGCTATTCAA
CTTTCTAATGCGTGGATCAATCGTAACAATAAATATGATTGGATAAAAAA
ATGCCATGTTGGACTTAGTGGAATGAAACAAGCTCCAATTTGGGAAATTA
ACAAACTAGATAAACAAGCATTAAGGAATGTTAAATGGCTTGGCCGCAAT
CAAGTTTTAAACATAACACCCAATTTATCATATTTCTTGGATGGAGCTCA
TACAATTGAGAGTATTMAGTTATGCAGTAAATGGTACCAAAATGTTTGTC
CTAAGTCACAATTGGGTGTTCGAAATATTTTAATATTCAATGTGACGGCG
TTCAGAGATTATAGTACATTTTTAAAAATACTATTAACTGAAAACAAAAT
AGATTTAGTTTTGTTATGTCCAATTATTACATCAATTGATAACCACCGTC
CAGATACGGTTGATTTGAATTTTAATTATGATGAGCAATTGGTCAAATGT
TATGATATGAAAAATGTTATAGATTTTTGTGATGTAAAAGTATTTAATTC
TATCCAAGAAACTATCAAGTATGTTAAAATGTGCAGCTCTTCTGAAAAAG
ATACAAGCTTTCAAGTTTTAGTAACTGGCTCATTAAAACTTGTTGGTGGA
GTTTTAGAGGTCCTCCAATTATGA back to top
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