Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107164989 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | lysosomal-associated transmembrane protein 4A, transcript variant X2 |
| Transcript id | XM_015513035.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107164989 |
| Genbank | XM_015513035.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107164989 | gene5876 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000235 218820..227580 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015368521.1 | cds8428 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000235 224724..224849 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna8697 ID=rna8697|Name=XM_015513035.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1905bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:218820..227580+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
GTCGCGTTTATCAATCAATACCAAGTCTCGAACTCCCAAATACCGGAGTC
CAGACGTCCATTGCGTCTCTGCTCAATGCTCATAGCGTCATAGTTCATTC
TATATTCACGGTCCGTACATTACATACGATTCGGTAATCGCATTTCACCC
GTTCACCGTACCTTCGCCTGACAGTGACGATCTTGTGTCGTTGCTCTTGC
CGAGCTTTCTTCGTTGTCGtcgaatattgaaataaatgtcATTGTTGCCG
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ttaaa back to topprotein sequence of XM_015513035.1 >rna8697 ID=rna8697|Name=XM_015513035.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=315bp
MQTQQPPTNSTFKFIERRKNEWRCLLCCHVRTGTIFLGLWHLMLQLLALS
TIGVFLRHPELLKPVQITRTSIEHNELPTALAERNIPTFNVNYVSTDGSS
ALSNYDQDDMIEPTIGSTKGGKYYTFGMFMGRPLQMDDLNYGVFVIFFTI
IITISMIYGAIKGKPKMLIPFFCMQLFDLFVTILSAFGYLCYLPDFHRLM
IRTESEYMSNGITSLNPRFISFIVIFSLCVSIISKGYFVGVVWSCYKYLT
LKRSSAQPTIHYIESNFVVQNLLRPDYDFNMKKFPPPPPSYAVAVGEDNA
THPDVPPPSYNTTH. back to topmRNA from alignment at JOTR01000235:218820..227580+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna8697 ID=rna8697|Name=XM_015513035.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=8761bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:218820..227580+ (Diuraphis noxia)
GTCGCGTTTATCAATCAATACCAAGTCTCGAACTCCCAAATACCGGAGTC
CAGACGTCCATTGCGTCTCTGCTCAATGCTCATAGCGTCATAGTTCATTC
TATATTCACGGTCCGTACATTACATACGATTCGGTAATCGCATTTCACCC
GTTCACCGTACCTTCGCCTGACAGTGACGATCTTGTGTCGTTGCTCTTGC
CGAGCTTTCTTCGTTGTCGtcgaatattgaaataaatgtcATTGTTGCCG
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TCCCCTTTTAACTTACAATATTACTCCCTGTCCCTTATACCTAAGCTTCT
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GCTATTTAGAAAATTCTCTAATACTAGCTAGATTTCCCGAGAAAGCGAAA
TAACTCCATTTCTTTACCCTGTTTAATATACCCATGATCCTCCAAAAcct
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GTAAgtctatgtaaaaaataaatagtagggGAGCTCTGCCCCTCTACATA
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TCTGTTTCTTTGGAAAATACCACCATAACATtggtttgtttatttaattt
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TGTGTTCTTCTTCATACTTGCGTTTCTTatacatgataattattttatta
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ATATCCATTATCCATGAGTGTCAATGTctatgatattttgatatttatgg
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CTTCTTAAGTGTAtttgtcttattatttttttaataatcacaattttaat
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tatttgttaaa back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000235:218820..227580+ >rna8697 ID=rna8697|Name=XM_015513035.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=945bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:218820..227580+ (Diuraphis noxia)
ATGCAAACTCAACAACCTCCTACTAactcaacatttaaatttattgagcG
TCGTAAAAATGAATGGCGTTGTCTACTCTGTTGTCACGTCAGAACGGGAA
CCATTTTTCTTGGATTATGgcatttaatGTTGCAATTGCTTGCATTAAGT
ACGATTGGAGTATTTTTGCGACACCCAGAATTATTAAAACCTGTTCAGAT
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GCATTATCAAACTATGATCAAGATGATATGATTGAACCGACAATTGGAAG
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TGCAAATGGATGATTTAAACTATGgagtttttgtaatatttttcacaata
attattactatttccaTGATTTATGGTGCCATCAAAGGAAAACCTAAAAT
GTTAATTCCATTTTTTTGTATGcaattgtttgatttatttgtGACTAtat
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ATCCGCACCGAATCAGAATATATGTCTAATGGAATTACTTCATTAAATCC
TcgatttatatcatttatagtCATTTTTTCTTTGTGTGTTTCAATAATAT
CTAAGggATATTTTGTTGGTGTAGTTTGGAGTTGTTACAAGTATCTGACT
TTAAAAAGAAGTTCAGCTCAacctactatacattatatagaatCAAACTT
TGTCGTTCAGAATCTTTTACGCCCGGACTATGATTTTAACATGAAAAAGT
TCCCTCCTCCACCACCTTCTTACGCTGTTGCTGTTGGAGAAGATAATGCT
ACCCATCCTGATGTACCCCCACCTTCATACAATACTACTCATTAG back to top
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