Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107164983 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | bromodomain-containing protein DDB_G0270170-like, transcript variant X1 |
| Transcript id | XM_015513025.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107164983 |
| Genbank | XM_015513025.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107164983 | gene5877 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000235 267675..316134 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015368511.1 | cds8429 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000235 279331..279393 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna8699 ID=rna8699|Name=XM_015513025.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=8089bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:267675..316134+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
CAGACGGTGGTCATACGCTGCGcgaatatttactaatattttatcataat
tcatcRTTCAAATGCTATtaaatcttttcttttttttttaaattgttttg
tattattttttgaaatttactgAACGAAATCGAATAACCGATCCCTGCGA
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TACATTGCAAACATCCACGTCTAGCTCTTCGTCAACTAAATGGGAATCAT
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GACATTTgatatgtcatataataattcAGACAGctcaaatattgataata
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TCTAGTCCATCACCTTCCAGAGAACGTATAAGTCCAGAGCGTAGGTTTAA
ATCCGCGAGTCCTGAAAAGTATAGAGGATCGCCAGAGAAATCAGGAAGTC
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CCCAATACGAAGAGAAAAATCTCCTGGATACAGCAGTGAAGGTTCAGTTG
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TAAAACCCAACAAGTTACTCttagtagtaaaataaatcacataacACAGG
AAGATAATGTAAACATAAACAGTaataattcgaaaaataaaataaatgag
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TCTCGAGAAAAAAGACTCAAAAAAAAAGCTTAAACCTTCAATTAGTCCAC
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GACTTAGACGATTCTACcaataaaccaaaatatattaaaaatacatcatc
CAATTTATCAACGTCTTCTTCATTTTCGGAAGAAGAGGATGAAGACAGGG
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cAGTAACAGGTATGATGTCGTAACAGATTTAGATGAGGAATGTAGCGTTA
CAGTTGCTGACAGAGTTACAAAGTTTTTGAATAATGTCAACAAGCAAGAA
GAAatacaaaaaactgaaaaaactaCGGAAATACCTCAGAGTCCTCAAGc
agtaaaaaaaaccaaacaaatatttgaatccATTGCAAAAGGCGAAATTG
AGGAAACCGAAAAAAATGACGTAATCAAATCAGAAACAATGAATATTGAA
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ATCAAAACtccaataaaaataagcaaGACAGAAACATTCGACGTTAATAA
AGTTGAAGAATTAAATAGAGCTAGAAGACTATCGGGATCAAAAAGTGTGA
AAGATAGAACAGCTACTTTTGAAAAGAATGAACCAACTCAAAACTCGTAC
AAGGAAAATAAAACTACTTTTAGACACCATGTGTCAAGCACACCTTTAAA
TACAAGTAAAAGATCAGAAACACGCATTAGGTCAGCCACGGTAGCTGATA
CTAAAACTGAAGATCGTGTGTTAACTAAAAGAGTCAGAAGTCCAGAAAAA
CCATCAACTACGGATTCAATAGTTAAAGCCAATGAGAGTACAATCAGAAC
AGTGCCATCAAAAAGTCCCGATAGAAAAATCAATGAAACTCCAAAAAGAA
ATAGCACGGCTAAAAGCCCAGATAGAAAAATCACTGAAACTCCAAAAAGA
AATAGCACGGCTAAAAGCCCAGATAGAAAAATCACTGAAACTCCAAAATC
GAATAGGACCGCTAAAAGTCCTGAGAGAAATGTATTAATCAATACAATAG
ATGAGACTAGTGGAAATCAATTTTCACGAGATACGATTTCATCATCATCC
AGACAGCGAGCCACTATCACCACTGCTAAAACTGAATTTGGAGtaacaat
gaaaaatacaacAACGCCAAAAACTACATTAACAACAACTAAATCAATTT
CCGTCCATAACGCTGATGACGAAAATCAGATAgaagaaatatttgattta
caCATTTTAGAGattatgCTTGAAAAAGCAGTTGGTTACGACCGCAGAAG
ACGAATAAGAGCACAAATTCGAATAGTGAAACGTCAGTTAGAGACAAATA
CCGGAAAGGCAACCAATACTACaacaaaaAACTTTCAAGATGTTTTGCCA
ACCAAGacccaaaaacaaaataacgttACTGCACAAAAAACCGAGTACGT
TAAAAAGGCTGAAACTAAAAAGGAAAGAAGTGTTTCACCACAAAAATCGT
ATGCAAATCCAATAGGTAATTACAGATCTCCTTCGCCTCAAAAGACTCTT
AGGTCAGTTGTGGAAACTCAAACACCATTACCtacacaaaaaaatgaaaa
aactgttCGAGCAATTGAAAATGAACGATCTCCTTCGCCTCAAAAAACTG
TGAAATCAGTCGAAAAAGTTCAATCTCTTTCATCTCAAAAAATAACTCCA
ATTGAAAAAGTCCGATCTCCTTCACCTCAAAAGAGTTCTTCAAATGAAAA
AGTCAGATCTCCTTCTCCAAAAAAGAAGTCTGTGGTCCAGCAACAACAAG
ATTCACGAATCGACCAAAATGAAAAGTTTTCTCGAAACACAACTATCACC
TCAACGACAGTCACTAAAACTACAAaagTCAAAAGTGAACAAGTCAGCAG
CAGAACAAACCTTTATCAAGAACAAAACGTTACTGATTCAATTACTTCTA
GCTACGGTGTAGGTCCCACCGACGACAATGGTAGACCGTTGTTCGGATTG
AGAGCTCTCAGGAAAACAAATAATGCCAATCAATCGGTTGTGAGTGAGAA
CGATTCGTCGTCATCCGTCCGCTGCGAAGCTGAATCACTCAACACTCAGA
TTTCTGACCAAAAACATAGATCGTTCGGTCTCAAAGCTCTACAATCCGAG
AACACATATACGGTTCATGAGTCATCGAGCACTGTGCACCAAACAGTGTC
CGGTCAAAAAGGCGGTGTCGATCAGTTGATCACCGACCATAAGGGTAAAC
CGCTGTTCGGCCTGAAAGCGTTGCAAAGCATCGGCAAAAACGAAGAACCT
ATTTACGACGACATGCCGGAACCGCCGGTATCCCCACAGCTAAAGGATCT
GGTGCTCAAGCACGAAAAACACGCAAAAGAGAGTTCCAAATTAGACTCAC
AACCTAGGCAAAAACCAAAAGCAAAATTTAGAGATAGTTTTATACTTGAT
ACGAAAGATGAGGGTTTGTATTCAACTTTTGAAGAAAATGGATTTACAGA
CCCCAACGAAATTACTTCGTTGCGTTCGACTATTAAAAAAACAGAAGATG
ATCAAAACAATgaaactataattaaaagtaaaagtcAATCGACAGTTTTT
CAATCAAAGAGTGTAATGCGTTCCGATGGATCTGGAAATGTTTCAGTCAC
ACAAGATTTCTTGAAAGgTGAATTGTCATCTGTGAATGAACAAGAACCAA
CAGGAAAACTGACTCGAGGACATTACACCTATCAGAGCCCAGATAATTTA
GATCCCAAAAAAGGCATTGCTAAAGTCACAACAGTCACAACAGATATTGG
AAAAGACACTGGTCCCCAAATTACTGAAATTACCGAAGAGTTCAGTGACA
ATGATCGAGTTGACGGAAACAAAGTAGTAAAAAGGAGCCGAACCAAtgac
aaatttgaaaatatccaGAAAAGGTTTAGCCAAGAAAGTTTTAATCAAGA
CAGCAGGCGTTCATCCAAAGAACTGAATGGAAATGAAAAACCTGAAGAAT
CGCCACAGTCTACTCCAAGATCAAGTTTGGTGCGCGGAGATTCAATCAAG
GCGCTTCAACATAAATTTCAACAAGCCAccgtttCATCTAGTTTGAAACA
GAACAGAACTACTAAATCTGATGTGTCTAGTAGTTCACGAAAAGTTGAAG
AAAAAACAGTAACAACTAAAGtgaattcaacaaaaaataGTGGAACTACT
ACATCCTTCCTCGACAATAACTCAAGAGTGACTGGTGTACAAGATGTCTT
AACCAGAATGCGAAATGCTGATCTTGttgtagaaAATGGTGATACCAATG
AAGACATTGAAGCCCGAGCTCTGCTTAACAAATTTTTAGGTGCTTCAGTC
ATCCTTCATGGAATGGAACAAGGAAACAAATCCCCTACTTCCAATAATTC
TACTACAAGTAGTGCTGCACTTGTTAACCAAGTTGAAAAACAAAGAGCAC
AGaaaTCTCCTGTGATTAGGAAGAACCTTAACGAACAAGAACTCGATAAT
ATTTGGGAcgaaaaacaattacaaattttGttggaATCTTGCCCAGACTA
CGATCAAAGAAGAAAAATCAGAGCCAGGTTAAGGCAAATCATGGCAGAAC
ATAAAGCGTGTACGGACGTCGTCGAACTGGCTGCCCTAACGGACAACACC
ACGAGCAACGGAAAAAACGAAGTTACTGAGACGAATTCGACGAGCGTGTC
CAGCAAAACCGGAAATGGATCGTATGTAAAAACTGAAGTGCATACTAGGA
CAACAACTTCTAGTAACCGTCTGACTAAAgCAAATAGCGTTAGTTCTTCA
CCGTTTGCCAAGTTCCAGCAACTCGAGCGCCAGAACTCGGCTCCAAACTC
ACAAACGCGTCCTTGCTATAAATTCACCGATCCCGCCCTGGCGCGGAGCG
CTTCGTCAATCAAAGATCGCCTACTCAACTGGGTTAAAGCTCAGACGAAG
GAATAtaagAACCTCCAAATAACTAATTTCTCAACGTGTTGGAGTGATGG
CCTTGCGTTCTGCGCCCTCATCCACCATTTTTACCCGGAAGCATTCGACT
ACGATAAACTAACACCCGAAAAGCGAAGAGAAAACTTCGAAATTGCATTC
AAAGTAGCCGAGGACGAAGCCGGCATCGCGCCGCTTTTGGACGTCGAAGA
CATGGTCGTCATGCGAAAACCCGACTGGAAGTGCGTTTTCACATATGTGC
AGACGTTCTACCGGAGGTTCCACAATGATCCTCGATCTGTCAAACCTTCG
TACTTCGAATGATAATAACGCGTCCTGTTTAATCATGCAGCTACGTTTTT
GAATGCAGTTCGCTAAAATTCtttactattttatagtttttattcaaatt
tttattataaaaaaaattatcattaatcgTCTCGTACCCCTTTTAATACT
TGGTTGATTCGTCTATTCGATTGATCAACGTATAGGAACgattcgtacct
atataatatttatatatgttacatgttaaatttttattttttatttttgc
tgtaCCTACGATGTTGTACCTACCGATCTAAAATTAGGTATTTTCTGTTA
TACCcacatattttaactatattttggTAGATTACTAAC back to topprotein sequence of XM_015513025.1 >rna8699 ID=rna8699|Name=XM_015513025.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=2527bp
MATEVGSDIALIQDEDMLRKMWQQTEDFGKKKEIRMRMYKLREQRLKEFY
TTGEMIQTETTSKRSSTRTHTESITDQGFMTMKTKEIRDSESPTEDYQRQ
SNTNKNYYVSSKIDESSGNRGIVEIEQTSSLKPNEEYSQNTLQTSTSSSS
STKWESSQTTISVSEEVQKSDVNLSSKFIVNEQNNEDGQLTFDMSYNNSD
SSNIDNKVTKSISTTNLDNIKRSDNNQYSNNHQKVVETYTSNVEQFEPVS
ENISNKDSNSIENTYISNISSNKSENVEMVTDNKIISELHKLDSYLSTQQ
STTDSSTKSNSIVSNDDNIAKKVDDKIIDTSKENIEGQYITTHQHSYQPP
RISVDLSPSHDAFARSLRSTPERSSPSPSRERISPERRFKSASPEKYRGS
PEKSGSPSRSLNYSTRRRLSSTHTKGLSKKRSITPTRGEKYDSSDDSDCS
GATHGTYDKYKDCDAKKSLFKDEKKITSTSKYGQKSSSTSPIRREKSPGY
SSEGSVGKEVRKSSSKEKNSSHESSPERSAFKPVNNYKTLKTQQVTLSSK
INHITQEDNVNINSNNSKNKINEEKKLIKVIKPEIDNDLNEKENENTERV
TKNTENNILNSKNKSIQEKFITEEQARTSFERVNTEKITTSPREKSPPKS
IKKENKTHQEEFIENEKSKVANQSKIINDVITIQSKEKSPVKEVTKDTKT
YPNVKSPENISYVSDIKSVTPSKKTISALPSSIPSSIKKVVPSTLEKTPS
KKALLHKDSKDSLSNKTVKKDLSREKMDIKITRTDSKTLIHKNSKERITP
KTVVKKPSQELLVDKKTTISSRQKITSPETNTKALDTIKVLEKKDSKKKL
KPSISPQSSQKKLGVVKSITETRTVIDSKKTTGNINSKRIHSSNVTKPQT
HTSQKPDLNETPSKVTKPYTKTISTSTISKPQIKKTTYSNSNRNTKVEIT
KNVEQKSKDLEDELPPDNFESDTDLDDSTNKPKYIKNTSSNLSTSSSFSE
EEDEDREDLRKIQDIDSIRIEAEEEYGKKMTNKDTSLNVIVQLPPSSRES
SPEYSARFGQPYCSVSDDASLPRYADVVSEPEDTNDYNLHSNRYDVVTDL
DEECSVTVADRVTKFLNNVNKQEEIQKTEKTTEIPQSPQAVKKTKQIFES
IAKGEIEETEKNDVIKSETMNIETEEIHDLPKTNNTSSSLLTRKISGASD
YKTRKDFFENKKSNGVSEKVTHLTPTKITRSSSIKDRRASFETKIDKKIP
LKDKTNVPRSKSPESKSSSPDQTIKTPIKISKTETFDVNKVEELNRARRL
SGSKSVKDRTATFEKNEPTQNSYKENKTTFRHHVSSTPLNTSKRSETRIR
SATVADTKTEDRVLTKRVRSPEKPSTTDSIVKANESTIRTVPSKSPDRKI
NETPKRNSTAKSPDRKITETPKRNSTAKSPDRKITETPKSNRTAKSPERN
VLINTIDETSGNQFSRDTISSSSRQRATITTAKTEFGVTMKNTTTPKTTL
TTTKSISVHNADDENQIEEIFDLHILEIMLEKAVGYDRRRRIRAQIRIVK
RQLETNTGKATNTTTKNFQDVLPTKTQKQNNVTAQKTEYVKKAETKKERS
VSPQKSYANPIGNYRSPSPQKTLRSVVETQTPLPTQKNEKTVRAIENERS
PSPQKTVKSVEKVQSLSSQKITPIEKVRSPSPQKSSSNEKVRSPSPKKKS
VVQQQQDSRIDQNEKFSRNTTITSTTVTKTTKVKSEQVSSRTNLYQEQNV
TDSITSSYGVGPTDDNGRPLFGLRALRKTNNANQSVVSENDSSSSVRCEA
ESLNTQISDQKHRSFGLKALQSENTYTVHESSSTVHQTVSGQKGGVDQLI
TDHKGKPLFGLKALQSIGKNEEPIYDDMPEPPVSPQLKDLVLKHEKHAKE
SSKLDSQPRQKPKAKFRDSFILDTKDEGLYSTFEENGFTDPNEITSLRST
IKKTEDDQNNETIIKSKSQSTVFQSKSVMRSDGSGNVSVTQDFLKGELSS
VNEQEPTGKLTRGHYTYQSPDNLDPKKGIAKVTTVTTDIGKDTGPQITEI
TEEFSDNDRVDGNKVVKRSRTNDKFENIQKRFSQESFNQDSRRSSKELNG
NEKPEESPQSTPRSSLVRGDSIKALQHKFQQATVSSSLKQNRTTKSDVSS
SSRKVEEKTVTTKVNSTKNSGTTTSFLDNNSRVTGVQDVLTRMRNADLVV
ENGDTNEDIEARALLNKFLGASVILHGMEQGNKSPTSNNSTTSSAALVNQ
VEKQRAQKSPVIRKNLNEQELDNIWDEKQLQILLESCPDYDQRRKIRARL
RQIMAEHKACTDVVELAALTDNTTSNGKNEVTETNSTSVSSKTGNGSYVK
TEVHTRTTTSSNRLTKANSVSSSPFAKFQQLERQNSAPNSQTRPCYKFTD
PALARSASSIKDRLLNWVKAQTKEYKNLQITNFSTCWSDGLAFCALIHHF
YPEAFDYDKLTPEKRRENFEIAFKVAEDEAGIAPLLDVEDMVVMRKPDWK
CVFTYVQTFYRRFHNDPRSVKPSYFE. back to topmRNA from alignment at JOTR01000235:267675..316134+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna8699 ID=rna8699|Name=XM_015513025.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=48460bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:267675..316134+ (Diuraphis noxia)
CAGACGGTGGTCATACGCTGCGcgaatatttactaatattttatcataat
tcatcRTTCAAATGCTATtaaatcttttcttttttttttaaattgttttg
tattattttttgaaatttactgAACGAAATCGAATAACCGATCCCTGCGA
GTCAGGTATATTAGAAGTATTGCATGATCCTATTATGTCGCTTTAActta
accatatattatatgatattagtttgtgttttttttttttattaacatgt
tATAACATAATGATCAATCCGTGATTTATAACAATTGGATTTTCAATTAA
CAACATgaacttatatttaattgttgttaAACGTGCTTCTTCATACAAAT
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TGATGCATggaactatataggtatattttcagAGTTTATAGTCTGTGTAC
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GATGGTACAGGGGGGAGGGTCCCTCTTCTTctatttgttgatatttttat
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AAAATTAGGTATTTTCTGTTATACCcacatattttaactatattttggTA
GATTACTAAC back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000235:267675..316134+ >rna8699 ID=rna8699|Name=XM_015513025.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=7581bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000235:267675..316134+ (Diuraphis noxia)
ATGGCGACCGAAGTAGGATCGGACATCGCACTTATACAAGATGAGGATAT
GTTACGGAAaatgtggcAACAAACCGAGGATTTCGGTAAGAAGAAAGAGA
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CCCCACAGCTAAAGGATCTGGTGCTCAAGCACGAAAAACACGCAAAAGAG
AGTTCCAAATTAGACTCACAACCTAGGCAAAAACCAAAAGCAAAATTTAG
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AAGAAAATGGATTTACAGACCCCAACGAAATTACTTCGTTGCGTTCGACT
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TCAGAGCCCAGATAATTTAGATCCCAAAAAAGGCATTGCTAAAGTCACAA
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ACCGAAGAGTTCAGTGACAATGATCGAGTTGACGGAAACAAAGTAGTAAA
AAGGAGCCGAACCAAtgacaaatttgaaaatatccaGAAAAGGTTTAGCC
AAGAAAGTTTTAATCAAGACAGCAGGCGTTCATCCAAAGAACTGAATGGA
AATGAAAAACCTGAAGAATCGCCACAGTCTACTCCAAGATCAAGTTTGGT
GCGCGGAGATTCAATCAAGGCGCTTCAACATAAATTTCAACAAGCCAccg
tttCATCTAGTTTGAAACAGAACAGAACTACTAAATCTGATGTGTCTAGT
AGTTCACGAAAAGTTGAAGAAAAAACAGTAACAACTAAAGtgaattcaac
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CTGGTGTACAAGATGTCTTAACCAGAATGCGAAATGCTGATCTTGttgta
gaaAATGGTGATACCAATGAAGACATTGAAGCCCGAGCTCTGCTTAACAA
ATTTTTAGGTGCTTCAGTCATCCTTCATGGAATGGAACAAGGAAACAAAT
CCCCTACTTCCAATAATTCTACTACAAGTAGTGCTGCACTTGTTAACCAA
GTTGAAAAACAAAGAGCACAGaaaTCTCCTGTGATTAGGAAGAACCTTAA
CGAACAAGAACTCGATAATATTTGGGAcgaaaaacaattacaaattttGt
tggaATCTTGCCCAGACTACGATCAAAGAAGAAAAATCAGAGCCAGGTTA
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