Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Gbkey | mRNA |
Gene | LOC115874625 |
Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 6 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 22 samples with support for all annotated introns |
Product | choline/ethanolaminephosphotransferase 1, transcript variant X1 |
Transcript id | XM_030889832.1 |
Cross References
External references for this mRNA
Database | Accession |
GeneID | 115874625 |
Genbank | XM_030889832.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
LOC115874625 | gene-LOC115874625 | Sitophilus oryzae | gene | NW_022145945.1 4768728..4793155 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
exon-XM_030889832.1-1 | exon-XM_030889832.1-1 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4768728..4768958 + |
exon-XM_030889832.1-2 | exon-XM_030889832.1-2 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4769031..4769259 + |
exon-XM_030889832.1-3 | exon-XM_030889832.1-3 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4769315..4769555 + |
exon-XM_030889832.1-4 | exon-XM_030889832.1-4 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4769609..4769767 + |
exon-XM_030889832.1-5 | exon-XM_030889832.1-5 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4770648..4770779 + |
exon-XM_030889832.1-6 | exon-XM_030889832.1-6 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4785543..4785701 + |
exon-XM_030889832.1-7 | exon-XM_030889832.1-7 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4785757..4785882 + |
exon-XM_030889832.1-8 | exon-XM_030889832.1-8 | Sitophilus oryzae | exon | NW_022145945.1 4786559..4789344 + |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
XP_030745692.1 | cds-XP_030745692.1 | Sitophilus oryzae | CDS | NW_022145945.1 4769048..4769259 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna-XM_030889832.1 ID=rna-XM_030889832.1|Name=XM_030889832.1|organism=Sitophilus oryzae|type=mRNA|length=4063bp|location=Sequence derived from alignment at NW_022145945.1:4768728..4789344+ (Sitophilus oryzae)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATAGTCATAGTCATAAGTCATACTCTGTGgccaaaaagaaaataattaac ttttattattatttgaaattatttttatgtatctaAATAAATTACAAGGG ATTTTGTTATTGAGTGATactctatatttactataaagtTGTTTTCTAAA CTAACCTTTTGGTccacaaacatatttattagcATCAGAAATAATCCCAT CTTAAATGTGCGGTTAGGACTCATATATATGTTCTAGActgataaaaaat gaaattcttTAAATCTCGAATTCTATCCGAATCTCAGCTGAAGAGATTAA AAGAGCATAAATATGCTTGCCAGAGTGTTAGTATTTGTGATCAGATTTTG CAGCCTTATTGGAGCTGGCTCGTCTTAAGAATTCCGTTATGGTTTGCTCC AAATCTACTTACAATAATGGGCTTAGTTGTAAACATCTTTACCGCACTAT TATTGGTTGCATTTTCACCTGATGCAAAACAAGAAGCACCACGATGGACG TGCGCATTGTGCGCGCTtggtttatttatatatcagaGTCTTGATGCTAT CGATGGTAAACAAGCCAGAAGAACGAATAGTGCTAATCCTTTGGGTGAAC TTTTTGATCACGGCTGTGATTCGTTATCCACAGTATTTGTTGCAATATCA GCATGTACGGCAGTGCAGTTAGGCAATTACCCTGCTTGGATGTTTTTCCA GagtttttgTGCTATGACACTTTTTTATTGTGCTCATTGGCAGACATATG TATCGGGAACTTTAAGGTTTGGAAAAATTGATGTTACTGAAGCTCAAATT ACTATTATGGGTATTTTATTAACATCTGCTATTTTTGGAACTCAAATTTG GTCTATTAAGTTTTTTAGCGACACATTTATTCTTTGGTACTTGATTCCAC TCAGTACCTTGTTTTGCGGTGGTTGGTCTCTCTACAGGAGCCTAGTAGTC GTATTTACGGGAGGTGTAGGCAAGAATGGATCTACAGTTGCCGGCACAAG TGTTTTATCTCCAGTTATACCAATTATATTAGTGGTTCTACCCGCCTTCA TAATCTACAAAAAGTCTGAACAAGCTATTTATGAAACCCATCCAGTATTG TACATTCTTACTTTTGGATTGGTTGCAGCCAAAGTAACAAATAGATTAGT GGTTGCACACATGACGAAAAGTGAGATGCAAATGTGGGACTATTCCTTGG TAGGACCTGCGATGCTGTTCTTTAATCagtattttaatacatttattaac GAATATGTCGTGTTATGGATGGCTTTGATATGGGTCCTTTTGGATCTGTT CATCTACTGCAACAGGGTCTGTCAGGAAATCTGTACTCACCTTGGAATAG AATTGTTTAGGATACCCTATCCTCCAGGGGTGCCTCAAAAAGTATACGAA CCGCCTTCTGTGGCCGAAAAAAACGGTACGAAATCTCACAATAGAGTTAA AACACGTAGTAACAAAAGTGCAAAACTGTGAATATGGGGCAAGTCAACCT TAATGTACATCTTAAATGTCTACTGCTTCTTTTTGATATAAGTCTTATGT TTATGGTTTCATTTTCCTTTCATACTtaaaaagcttcattcagaacctcg caattagtggaataaattagtggtttcagttacactttatactttttagt ttaccatcatttacaatgtctaaaaaacacaattaaaattaatattctag caacagcttgcggtagtcagttgtatccatagagaaagcctaatatttag cttataaaacaataaacttttgatttctaaccacaaattCTCTTGACCGA TGATTATCAAacgccaaaatgacattccccgcaacttttgaagtataatt aatggaaaagtttaaagtttttttaacttctTCCACTCATTGAAGATCAC TACCACTAATTTGAACGTTGTGAGTGCTTACTTTgatattagaggaacaa acttctacgctaatagAAACCATTGAATAAGTCCACTAATTTtgaagttc tgaatgaagcttaatgaTCAAAAATGCCACGTTCTACAAATTATAGGCTT GATTGTTTGGATAGTATCACTGATTAAGGTAAAGAAGTTTATCACAAATT ATCACCTTTTAGAACTTCTATATGAAATCTTCAGCAAAGTCGGTGCCAGA TCCATTTAAAAACGTTTCGTAGCTCTACGGTTGTCAGATACAATAGTTCT TAATGTTTGAGTTAGCATTAAACTTAAATGAAACGTTAAAGATAGTCTGC ACGACATCCATTTTCCGTAGGCTCATTGATTCATAGGTCTATGattgtat aaaaaaacaatGCCGAGGGTGGCCGTTTGGAGTCCCTACAAATAGTGGCA GGTGAGGCCGTAGAGCTGCGAAGATGTCTGGTGGGAAGTAGCGTGAagga tttgaaattattttcaaaaaagagTCCATTTGAGATTGTTAACAGTTAAA TCTATTAATATTAACTAATTGcttaaaatttacaatttttctttattgaa aTTCGAAACGAACAAGCCTTATAACAGTATTGTTTTGGGTTAATGTATAT AAAATTGAGTTCCtatcatatatttactataactctttcttatttttcgt tTGCTACAGTCGAAAAAAGATTTACTTCTTGTATGTTTTTTACATTACAT AGaaagaataattttataataaagttattttgaattgaaatatttataat ttttagtattGTTCCTATAATTAAGTTATAGCAAGAATCCAACTTTTTAG AAATATCTCTTAAAAGTGACTAAAACcagcaaatatattttataaatcat aAATTCCTGGATTAGACACCAACAAAGAATACCATCCATCCtgtctcggt taattttgatttgagccaaaagagatcatttctatgtaaaatttgatgct ccacaacttttatttgaactttaaaaaaaagtataaagaccatttttatg taaaattggacgttctacaacttttatttacaaccaaactcactaaaata tttgtttcatcTTATATACTTATCTTTCTTTTTTGTACATTCTATCCTTA TCTGattgaataaaaaatgtttcaagCCGATCGACTGAATCGGATTACAA GTTGCTGATATACTCGTAATCATTATTGTCTTTTTCTGGAAgatacacac tgtatatttgtGCGTGTTTTAGTCGCTTGAAGCCCAAATAGATTGGAATA CCAAGATTACAATATATCTAAagaatatttaacttttttaaagagATATG TAGTCTATATCaaggactataataaaaaatagttaactgtttctaaaaat aatggaattctcgatataattttttaaaaatacaagtgAAAGCTCAAAAA TTTAGTGGcttgtttataaatatttatgtaggaacaaagctttaaaaaca aatttaacaTACATTTTTTGGCCTTGTGCTATTTTATTAACGGTTAAGAA GCTTTAATTTATTGCTAAGATAGTCAATTAGTGAATGTAGACAAAcctat ttttgcttaaaatattaaatcaCCTCATCTCACAAAATATACAAACTGTG TTCTCAATGTTCTAGTAAATTTGAAAACAACTACTTgtttataaagttat tttgaTAGAAGTCAATATTTTTACCCTCGATTGACAGTAGAATACTCAGa gcacatcctgtatattaaaacGCTTCATTGATGATTATGTATTATTTCGA TGTAAAAAATGTACGCTATTTTAGATAAGAATCATATACAAGACATTAGT AGGTAATATATAAATGCTGTAAAAATGTCAGTTATTCAACGTAAATATTT CATGATACAAAGGTGCCAaagaatatctactttatttactaatttattta aattcataaAAAAGATTTGGTTATTAATATCCTAGTTGTTATAGCGTTAA GTAATACAACGAATTAGTTTGATGGTTTTGTGGCCAGACAGTACCTTTCa tacatagataaatgaaacacgtttagattggaaagtgtccataaggacaa tgtaaacattatttggcgctattcttgtaacggtcgcgacccaaagcttt ttatattttcgga back to topprotein sequence of XM_030889832.1 >XP_030745692.1 ID=XP_030745692.1|Name=XM_030889832.1|organism=Sitophilus oryzae|type=polypeptide|length=410bp
MKFFKSRILSESQLKRLKEHKYACQSVSICDQILQPYWSWLVLRIPLWFA PNLLTIMGLVVNIFTALLLVAFSPDAKQEAPRWTCALCALGLFIYQSLDA IDGKQARRTNSANPLGELFDHGCDSLSTVFVAISACTAVQLGNYPAWMFF QSFCAMTLFYCAHWQTYVSGTLRFGKIDVTEAQITIMGILLTSAIFGTQI WSIKFFSDTFILWYLIPLSTLFCGGWSLYRSLVVVFTGGVGKNGSTVAGT SVLSPVIPIILVVLPAFIIYKKSEQAIYETHPVLYILTFGLVAAKVTNRL VVAHMTKSEMQMWDYSLVGPAMLFFNQYFNTFINEYVVLWMALIWVLLDL FIYCNRVCQEICTHLGIELFRIPYPPGVPQKVYEPPSVAEKNGTKSHNRV KTRSNKSAKL back to topmRNA from alignment at NW_022145945.1:4768728..4789344+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna-XM_030889832.1 ID=rna-XM_030889832.1|Name=XM_030889832.1|organism=Sitophilus oryzae|type=mRNA|length=20617bp|location=Sequence derived from alignment at NW_022145945.1:4768728..4789344+ (Sitophilus oryzae) ATAGTCATAGTCATAAGTCATACTCTGTGgccaaaaagaaaataattaac
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