SFRICE004888-RA (mRNA) Spodoptera frugiperda rice

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Overview


Name	SFRICE004888-RA
Unique Name	SFRICE004888-RA
Type	mRNA
Organism	Spodoptera frugiperda rice (Fall armyworm - rice variant)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+
coding sequence from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+

spliced messenger RNA

>SFRICE004888-RA ID=SFRICE004888-RA|Name=SFRICE004888-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=834bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+ (Spodoptera frugiperda rice)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGAAGGATATAGATCTGAAGTTGCCCACGCGCAATGTGTTGACTGGCGC
TGTAGTGAATTGGGAGGATGACGAGATGGGTTTCGGGGACAGTCCAAGTA
ACCTGACCTTGGCGTGGAAGGACCTGTCAGTTTATAGGAAGAAGAAGACA
CAGACCAGTATATGGAGATCACCGGTTTATGAGGAGATCAGGGTCTTGCA
TGGAGTTAATGGAATCGTGTCTTCAGGCAACCTGGTTGCCTTAATGGGTT
CTAGTGGTGCCGGCAAAACGACATTACTAGCAGCCATAAGCAGAAGAGAC
AAGAGTGCTATGACCGGCTACCTGATGCTGAACGGCAGACTGGCTGGTGC
TGACCTGATATCCAGGATCTCCGGCTTCGTACCACAGGAGGACTTGGCTA
TCGAAGACCTGACTGTTGATGAACATATGACGTTTATGGCTCGTATGATG
ATGGACAAGAGGTCAACAAAAATAGTTCGAGCGAGGCGCGTGCAACAATT
GCTAAGCGAGCTTGGAGTAAACAACTGCACCAAAACCAAACTAAAGGCTC
TGTCTGGAGGAGAGAGAAAGAGAGTGTCTTTGGCTGTTCAGCTGCTAAAC
GACCCTCCAATTCTATTCTGCGACGAACCAACTACTGGGTTAGACAGTTG
GGGAGCTGCTGCAGTGGTCTCTCGCCTTAGGAAGCTGGCCATTGGAGGCA
AGCTGGTGGTATGCTCAGTGCACCAACCGGCTTCTGGAGTGTTCGAGCTG
TTCCACCAAGTTGTACTGCTGGCTAATGGAAGGATAGCGTTCCACGGCAC
TATTGAACAAGCTGATCAGTTCTTCGCATCGTGA

protein sequence of SFRICE004888-RA

>SFRICE004888-PA ID=SFRICE004888-PA|Name=SFRICE004888-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=polypeptide|length=278bp
MKDIDLKLPTRNVLTGAVVNWEDDEMGFGDSPSNLTLAWKDLSVYRKKKT
QTSIWRSPVYEEIRVLHGVNGIVSSGNLVALMGSSGAGKTTLLAAISRRD
KSAMTGYLMLNGRLAGADLISRISGFVPQEDLAIEDLTVDEHMTFMARMM
MDKRSTKIVRARRVQQLLSELGVNNCTKTKLKALSGGERKRVSLAVQLLN
DPPILFCDEPTTGLDSWGAAAVVSRLRKLAIGGKLVVCSVHQPASGVFEL
FHQVVLLANGRIAFHGTIEQADQFFAS.

mRNA from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>SFRICE004888-RA ID=SFRICE004888-RA|Name=SFRICE004888-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=6290bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+ (Spodoptera frugiperda rice)
ATGAAGGATATAGATCTGAAGTTGCCCACGCGCAATGTGTTGACTGGCGC
TGTAGTGAATTGGGAGGATGACGAGATGGGTTTCGGGGACAGTCCAAGTA
ACCTGACCTTGGCGTGGAAGGACCTGTCAGTTTATAGGAAGAAGAAGACA
CAGACCAGTATATGGAGATCACCGGTTTATGAGGAGATCAGGGTCTTGCA
TGGAGGTTTGTATGACATTGTATTCATATATGTAATTGATTTGATGTGAA
ACAGGGAGCGGTTGCGATTCCCGCACGGAGCAACTCTTTGTGTGATCCAC
AAATTGTTGTTCCGGATCTGGGGTATGTGAAATTGTTTGTTTGTAAACGC
ACTTATGACTCAGGAGAAAATCCTAGTACATGGCAACGTTTAAAAAAAAT
ACAATAAATAATTGCCTAGTTTAGTTTAGCCGTATCTTGAAAACTAAATA
GGACCTGGCCTTTCTTTCAGTTATAACTTAAATATGATAACTAGTATGAA
ATTGATCTAATTAAGGTAAGTACGTAGACAAGAATAATACCTTTTGTATA
TTAGTTAGAGAATTTGATACTTAAAACTTTATTCCTTTACCTATGGTTAC
ACCTAAATCATAACTTTACAAAGCGACTTTACAAAGATGTACATATTTTA
ACGAAGTGATGAAGTTATTACCTGACAATTATTATGTGTTTTCCTTCATT
AATTATTAATTTATCGACCTTACATCTTTATTATACATGTCTTGCAACAG
ATTTATATGCAGATTATTTTATTTTATGACACTCCTTTATATGACAGCGA
GTCAATCAATTTTCGGACCATAAATTCATGTCAATTTGATCTGTAGCAGG
TGGCTTTATTATAGGTACTTACTATTATTAATGACTTATTAATCATAATA
AATAACTAATTTGAGTTCACCTAGGTTTTATATTTAATGCTAAAAATGTA
TAATTATAATTTATCTTTTGTCAACCGGTTGTTTTCGTATAGGATGTATT
TTTGGAAGTAGTTTTTTTATATTTTGGGAAAACTTTCTTGATGTTTTCAA
ATGCTTACATACATTAACATTGCTCATGTTTGTCAACCAAAGAGATTTCT
CTCCTGATTCGCTGTTTTACCATTAAAGATAGAATAATAAATTTAATTTT
TTTGATCATTTACATAGATCAAAATGCAATATACAGAACTTTATTATAAT
AACGACCAATAATACAAATAATTATCGTAAAAATACACTCTAATACAAAT
TATTTTGTTAATAATAACTTGTTATTAGTTCTTTTCTAGAACACAAATGT
GAATTAGAAAAAACAGGATTTCAATATAATACAAATTTTCCTTAATGTAG
ACAATTAAATTAAAGTGTAACAATAAAATATTACAATTAAAATGGGTTGA
TAAATAATTCATTTCTCTAATAATCGATATATTGCACAATAATTATAATA
AAAATGTCACGTGAACTTGTTTAATGGATGTAACGTTTTATTATTTAATA
AATATGTTACTTAGAATTGATTAGAATATATGGCTCACTCACGTGATTGT
TCGAAAATGTTCGATTAGTTTTAAGCCCCCGGCGTAACTTGAAACTAGTC
GGCCACACTCGAATAGTTACAGTTAGTACATTTTACAGTAGTTAATAAAT
AAACATATTGCTTGGAACGCTCGCCCAAATAATGCTAAGTAACTTTTACA
CAAAAATGTTTTTTTATGACCCAATTATTACGTTTTTTCACATATTTAAA
TAAAATGGCCGTATTGACAAACTGGTATTGAAATGAATTATTTCATAAGC
AGCCCAATTAAATTGTTGTTATTTTAAATACAGTTTTGATATCGTGGGTT
TAAAGTTTCGATTTGTTTGTAGATCATGGTGTTTATTCTAATTTATGTAA
ATATAGTTACTTATGTCGTATGAAATTATGTATTCGGTTGTGTACCGGAT
TTTATTCTCTTTGTGAGGAAAAGTCACAGATTGGTAGAATTCGACTGCCA
CGTTGGCCGAGTGGTTGCAAATGCGACTGCCGGGCAAGGGGTCTCGGGTT
CGATTCCCGAATCGGGCGAAGGTTTACTGGGCTTTTTTCGGTTTTTCGAA
AATTTCTCAGTGGTAGCACGGAGTCTGGAAATGTTCCCGGTAAATGGCAA
TAGGCTCACCACCTATTACATGGGACTTGCAATATAAATTGTGAAAAGTG
GATGTACACAGTGGCATTACGTGCCATAATGTGCCCTGCCAACCCCTTCG
GGGATTAAAGGCGTGACGATAAGTATGTATGTATGGTAGAACTTTAGAAA
ATATAAACGGAGATCAATCGAATAATTTAATAATCATAGTTTAGTTCAGG
GATGGCGAATCATTGGCTCGCGGGCTAATTATGGCACGCGGCATAATATT
TTGAGCACGTTATTAATCCTATTCTCCTATAATCCTATGTCTGTCGTTAT
TTTCAGATATTAAAATAATAATATACTTACCAAAACTACAATAAAAGAAA
ACATTTTAATGGCACATTTAGCACCACTAAATTATTTGAATGTAATTTTA
TTAATTATTAGTAATTATTAATATCAATTTAATAATAGACAATTATCTTT
TCAGTTAATGGAATCGTGTCTTCAGGCAACCTGGTTGCCTTAATGGGTTC
TAGGTAAGTGTCCATTATATTCGTAAGTTAACTATACCGTTTAAAATTCC
ACAAATTTAAAGAAATAATTAACCAAGATTTAGATTCGTTCTCCTGGTCA
ATCGAAAATCTATTATTTTGAAAAGAAATATGCAGATGCAGAACGGCTCT
AACGTTCTCGCCAGTGAACTCGCAAAACTGACCCTCACAGCTAAAAGGCT
GAAACGGAAGAATGTGTTTTGAAAAGGCAGAAGGGACATTGGTTCATTCG
CCTTCGGCATAATAACCCAATTTATCAACTTAATAGTCTTGCGACTTTTC
GCCGGCTAATATAAAAAAAAAAGATGGGGATTAACCATTATATTGTCCTT
TCCATAGTTCATTTAGATAGATAGAATTCTTAGCATTATAAATATTCTTG
TTTAAAATCTGGTAGTTAAGATAGTGTATTACCATTAACTGCCATTGCGA
GTCCAAACTTAATGTATTGTCTTACAAAAGATCACGTATTAATATGACCC
ATTTTCTATCCAGTGGTGCCGGCAAAACGACATTACTAGCAGCCATAAGC
AGAAGAGACAAGAGTGCTATGACCGGCTACCTGATGCTGAACGGCAGACT
GGCTGGTGCTGACCTGATATCCAGGATCTCCGGCTTCGTACCACAGGAGG
ACTTGGCTATCGAAGACCTGACTGTTGATGAACATATGACGTTTATGGTA
AGAAGATATCTGTTTTGTTTTTTTATGGTATAGTACGACAGACGGATCAC
TTGATGGTAAGCAGTCGGGACCGCCCTTGGAAAATTGTACACTACTTTTT
TTGTAATGAAGGGTGTATATAGTTGGCTTAATGGTATATTTTGATATGAA
ATTGTTATATTACATATGTTATTAAATAGTATTTTTATTACCACGAGTAC
TTTGTAAAATGTCAACTTCATTTCAGTTGCATGGGACAAATATGTATAAT
AAAATATGTAACCCGCTGCACATAAGTCGATTGGAAACGATTCCCGATTT
TTAACGATAATTACGAGTAATAAGTTCATCAATATGGTTGATAGTGGTTG
ATAGCGAAAGCATCGATTTCCTTTTTTTAGTAATGAAAGAATTCCATAAT
ACCACATTTAGTATTAATTAGCCTAATTACAATTCCAATTATTTATTAAA
TCAGTTGTAGAACAACGTAATTTAATGTTTGTTAGTACATTAGATGAAAG
ATACCTACGTAACTAAAGAATCTCATATTACTGGTTTGTAGATCATTGAG
CTTAACGTTACGCAATATTAATATTTACTACCTGTTTTATTGCTTAGGGA
TGGGTTTATTATTTATATGAAGTTTTTGTTTAGCACATATACAGCACATA
AAAATTCACGAGTTTATATTTGCCCCCCCCCCCCTTCTCTGGATGTCGTC
TTCACCGTACGGTAAAAAATCTGAAGACGATACTTTTTAACATACTTTTT
CTAATAATAATGTCTATCTCTCCTACTAACTGCCGCAATCAGAGACATTT
AATGATTACTTAAACTATACCTCAGTATCGATTTTGTATAGAAAACAATT
GCTAAGGGCTGGGTTAAGTAATCATTAAATAACTCTGAGTACGGCGGTAA
GACGAATTAGAGCGACCCTTACCTTCGTTAGCATTAATTAATAATAAATC
ACTCTTTTGTAAGAGTCTTCTTTCTCTCATTCTCACTAAATATCCGTAGG
TACCATGTTAAACTTTTTTTTTAAATACGTTGCCCTTTCTTAATTATTAT
CTCCTGTGTTACGGTTCCCCATCTCCCGCACCAACCGTGCTGTCAAATTT
CCATTTGTCAAACGTTAAATATTTACTACTCTTTATTTTATGTTTATTAT
TAAGGGTCTTATTTTAGTACCAGTTTAACGCTAACCAACCTATAAAATAA
GAATATCTAATCATGTTTTTTGCATGTCTATCAAATTAAAGTTCTATGAT
GAGTACCGCCAACGTCCTCCATCACATAAATAGAGTAGGCGCGTCTTGTT
TGTCACTAAGGTCAATTAACTTCTTTAATTAATAAATTATTATTCATCAA
CAGATCTTGTTACTTTGCTACTTATCTCAAATCTCTGATTGTTATCTGAT
ATATCAAAACAATTTGACATTTCACGATATCACTTCTTCTGATTTGATGC
CTAAGATTAAAGGTTATAAATAAATTGGATACTCGTAGCCATCATAAAAA
TTAATTGAAATAAACAACCTCATTTTTAGCTTGATTAATTAAAGCATGTG
GCGTATGTAATTTGGGTATAGTAAGTTGAACTTTGTTGAACTTTTCAACG
TCTCTCACGGTTGCACGTTGAGTAGAGATCGGTATTTTCTTTCGAAGTAG
CACAGCATGGAAGCCTAGTAACAAAATTATTATTTAATTGAAAGGTTTTT
CATTAAAATAAACAGTTCGATATACTACATGGACTTATACTAAAAGTCCT
CACGCATGGCGGACATATGTTTTTTTTTGTGATGGGGGAAAATCGTCCAA
TGATTTCTCCCGCCTTGGGCGAGGCGAAAGGGAGTATCACTGATTAAAAA
CCACCTCGTCCCTACTCCTGCTTTTTGAGCCGAAGTACCGGTAAACCTGC
TAGGTAGTCCACAACTCCAAACCCCGATGGTGGACATGAGCGGCCTTATT
TATAAAAACTTTTTCAGATTCCGTTATTTTTAAGGTTGTTAAAAGTTTAA
AAGCTTTGTGTTACGTAATCTGTTTATTCCAAAAAGTCAATCGAATAAAC
AAATAGTTTAAATCAAGTCTCCAAAACCTTTTCTTCCATTCAGGCTCGTA
TGATGATGGACAAGAGGTCAACAAAAATAGTTCGAGCGAGGCGCGTGCAA
CAATTGCTAAGCGAGCTTGGAGTAAACAACTGCACCAAAACCAAACTAAA
GGCTCTGTCTGGAGGAGAGAGAAAGAGAGTGTCTTTGGCTGTTCAGGTAA
GTCACAAAAATGAGGGATGAATTATTTGAAGTTGTAAGCTTTCTGTCAAT
CTGATGGATTCTATTACTGTAACATAATTATGCATACTTACAAGACTACT
GATGGATTAGTACGAGTTTGTTTTACGTTGAATGAGATCGGAACGAGATC
GCGTTCGGCGCTCTGATTGGCCGGCGCCAATGAAAACGCCAAACGTGGTG
TCGTTAAACGTAAAGCAAACTGATACCAACCCTCTTTTGCGTACAGAAAT
TATCGATACCCAATATCTTCTAAGCTTTTGTAAAAAAAAGAGAAATGATG
TTTTGCATTGACTATACTGTTTCCTTTCGAAATTTCCATTTAAATTAATG
TTCAAAAGCACTACTTCTTCTTTTTACTGACTAGTGAAGAATTTACTGCA
TCGAAAGAAACACAAAATCCCAAACTCAAACTTATTTTGCTCCACAGCTG
CTAAACGACCCTCCAATTCTATTCTGCGACGAACCAACTACTGGGTTAGA
CAGTTGGGGAGCTGCTGCAGTGGTCTCTCGCCTTAGGAAGCTGGCCATTG
GAGGCAAGCTGGTGGTATGCTCAGTGCACCAACCGGCTTCTGGAGTGTTC
GAGCTGTTCCACCAAGTTGTACTGCTGGCTAATGGAAGGATAGCGTTCCA
CGGCACTATTGAACAAGCTGATCAGTTCTTCGCATCGTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+

>SFRICE004888-RA ID=SFRICE004888-RA|Name=SFRICE004888-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=CDS|length=834bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_007134:104858..111147+ (Spodoptera frugiperda rice)
ATGAAGGATATAGATCTGAAGTTGCCCACGCGCAATGTGTTGACTGGCGC
TGTAGTGAATTGGGAGGATGACGAGATGGGTTTCGGGGACAGTCCAAGTA
ACCTGACCTTGGCGTGGAAGGACCTGTCAGTTTATAGGAAGAAGAAGACA
CAGACCAGTATATGGAGATCACCGGTTTATGAGGAGATCAGGGTCTTGCA
TGGAGTTAATGGAATCGTGTCTTCAGGCAACCTGGTTGCCTTAATGGGTT
CTAGTGGTGCCGGCAAAACGACATTACTAGCAGCCATAAGCAGAAGAGAC
AAGAGTGCTATGACCGGCTACCTGATGCTGAACGGCAGACTGGCTGGTGC
TGACCTGATATCCAGGATCTCCGGCTTCGTACCACAGGAGGACTTGGCTA
TCGAAGACCTGACTGTTGATGAACATATGACGTTTATGGCTCGTATGATG
ATGGACAAGAGGTCAACAAAAATAGTTCGAGCGAGGCGCGTGCAACAATT
GCTAAGCGAGCTTGGAGTAAACAACTGCACCAAAACCAAACTAAAGGCTC
TGTCTGGAGGAGAGAGAAAGAGAGTGTCTTTGGCTGTTCAGCTGCTAAAC
GACCCTCCAATTCTATTCTGCGACGAACCAACTACTGGGTTAGACAGTTG
GGGAGCTGCTGCAGTGGTCTCTCGCCTTAGGAAGCTGGCCATTGGAGGCA
AGCTGGTGGTATGCTCAGTGCACCAACCGGCTTCTGGAGTGTTCGAGCTG
TTCCACCAAGTTGTACTGCTGGCTAATGGAAGGATAGCGTTCCACGGCAC
TATTGAACAAGCTGATCAGTTCTTCGCATCGTGA