SFRICE004184-RA (mRNA) Spodoptera frugiperda rice

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Overview


Name	SFRICE004184-RA
Unique Name	SFRICE004184-RA
Type	mRNA
Organism	Spodoptera frugiperda rice (Fall armyworm - rice variant)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
SFRU_RICE_001635	contig	SFRU_RICE_001635:42218..68982 + View in Apollo

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Spodoptera frugiperda rice annotation OGS2.3	2015-12-04

Properties


Property Name	Value
Full name	SFRICE004184
eAED	0.28
QI	59\|1\|1\|1\|1\|1\|16\|366\|790
AED	0.28

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184	SFRICE004184	Spodoptera frugiperda rice	gene	SFRU_RICE_001635 42218..68982 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-1	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 42218..42425 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-2	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 42894..43001 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-3	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 44322..44481 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-4	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 47466..47602 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-5	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 48383..48508 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-6	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 49263..49356 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-7	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 49761..49946 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-8	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 50392..50633 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-9	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 51194..51431 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-10	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 51771..51948 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-11	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 59996..60111 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-12	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 61292..61362 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-13	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 61759..61856 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-14	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 66304..66471 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-15	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 66889..66996 +
SFRICE004184-RA-exon	SFRICE004184-RA-exon-16	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_001635 68423..68982 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184-RA-five_prime_UTR	SFRICE004184-RA-five_prime_UTR-17	Spodoptera frugiperda rice	five_prime_UTR	SFRU_RICE_001635 42218..42276 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-1	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 42277..42425 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-2	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 42894..43001 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-3	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 44322..44481 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-4	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 47466..47602 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-5	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 48383..48508 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-6	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 49263..49356 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-7	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 49761..49946 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-8	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 50392..50633 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-9	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 51194..51431 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-10	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 51771..51948 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-11	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 59996..60111 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-12	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 61292..61362 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-13	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 61759..61856 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-14	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 66304..66471 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-15	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 66889..66996 +
SFRICE004184-RA-CDS	SFRICE004184-RA-CDS-16	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_001635 68423..68616 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184-RA-three_prime_UTR	SFRICE004184-RA-three_prime_UTR-34	Spodoptera frugiperda rice	three_prime_UTR	SFRU_RICE_001635 68617..68982 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE004184-RA	SFRICE004184-PA	Spodoptera frugiperda rice	polypeptide	SFRU_RICE_001635 42277..68616 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+
coding sequence from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+

spliced messenger RNA

>SFRICE004184-RA ID=SFRICE004184-RA|Name=SFRICE004184-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=2798bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+ (Spodoptera frugiperda rice)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TTCTTGTTTACCTTTCATATTATTGTATTAATCTTTGTCCTCTTGTTACA
GTTTAAAAGATGCCTGCGTACGACAATGAGGGGGCGACGATATCCATGGA
GGATGTCAGGCCTCCAGAACAGCCAATCACCATCAGTACCATTGAAGAGG
AGCTCATTGCTAGAAGACATAAGATGTTCAAGACACAGAAGTCCACTGTT
GCTTCTAGGAAACAGCAAGCGGTATGCGTCAGAAGAGCTCACAAGAGATA
CGGAACACAGAAGAATCCTAACATTATTCTAGATGGATTGAATATGACAG
TTCCTAAGGGATCCATATATGGTCTTCTCGGAGCATCAGGGTGTGGAAAG
ACCACCCTACTATCCTGTATAGTGGGCAGACGGAGACTGAACTCTGGTGA
GATCTGGGTGCTGGGTGGAAGACCTGGCAGTCCTGGGAGTGGAGTACCTG
GACCTAGGATTGGGTATATGCCTCAGGAAATTGCCTTATTTGGGGAGTTT
TCCATTAGGGAGACCCTGATCTACTTCGGATGGATAGCCAACATGCCGAC
CAACGAGGTGGAGGAACGTATTGACTTCTTGATCCAGTTGCTGCAGCTTC
CTAATCCCACCAGACAAGTTAAAAATCTATCGGGAGGGCAACAGAGGAGG
ACATCGTTGGCTGCAGCGCTGATACATGACCCTGAGCTGCTGATCCTGGA
CGAACCAACTGTTGGAGTGGACCCTGTTTTGCGACAGAGCATCTGGGACC
ATTTGGTGGACATCACTAAAGGTGGTCGAACTACTGTAATCATCACAACT
CATTACATTGATGAGACTAAGCAGGCTGACATTATCGGACTCATGCGAGG
TGGTAGATTCTTGGCAGAAGAATCACCAACGGAACTGATCCGCCGATACC
AGGGTGAGAGTTTAGAAGATGTATTCTTGAAGCTGTCTGTGCTGCAGAAC
TTGGGCAAGAGGAGGAGATCCAGTATCCTGGCTGATGTGGTGGAGAGAGT
GGAGCTGCCAGCGATACCAAATCCAGCGGCAGTAGACTTAGAAGAAGCAG
AGATTGGTGAAATATCTGGTGAATTTGGTGACAACGTGTCTATGAGCAGT
AAGGGGCGGGTGGTGGTGACTCCTGAGCTCATCAACCCTATAGAAGCCAT
GCCTCCAGAAGAGAAGCCTAGACGGAGCATGGAAATGTACATGCCCATGA
AATGGCACCACATGAAGGCTTTGATATGGAAAAACTTTTTGAGTTTGTTT
AGGAACTTTGGCGCCCTGGCTTTCCTTCTCGGTCTCCCGGTCTCCCAAAT
GATATTCTTCTGTGTCGCCATTGGTCACTACCCTGTCGGCTTGCCGATAG
CTGTGGTGAACTACGAAGTCAACTCCACGGATACTCTTTGCGATTATAAT
AAAAACGTCTGCCCTCAAGATCCAAATACGTATGAATGGAATCTAACAAG
ATTTAGTTGTGAATATCTGGACTTTTTATCTAAGAGACAATCTAATTTGA
TATCATACCCAACCAAAGAGATAGCAATAAATGAGGCCCAGCATGGTAAA
GCGCGAGTGGTTCTGGTGTTCCACTCAAACTTCTCCGAGTCCCTGCAGCT
GAGGATCACCGACCCTAGACACTCAAACAAGTGGACTGTCCAGAACTCCG
ATATTGAAACTCATATGGATGACACTGACAAGCAAGTAGAGTGGATGTTG
TCAAGAGACATTCAGCTGGCCTTCATGGAAGCCACGGAGCACCTGGCTAA
AGTCTGCGACCTGCCCCCCAGGATCATGTCCATACCAGTCACATTCAACA
AGCCAATTTACGGTTTGGAGGTTCCCAACTTGACTGACTTCGCTGGACCT
GGTGTTATTTTGACAATCGTATTCTTCTTGGCGGTGGCTCTGACTTCAGG
CTCTATGCTGGCTGAGAGGAATGAGGGTATCCTCGAGAGATCACTGGTTT
CTGGAATTACTGGTACTGAGATCCTCTTCTCCCACGTACTAGTCCAGATG
TTGATCATGATGCTGCAGTCAGGAATGGTGCTGCTCCTCGGTTTCCTGGT
CTTCGGCCTAACTATCAAGGGGCCAGTAGGATGGGTGATCTGCCTGACTT
TGATGACTGGACTCTGTGGCATGACTTTCGGTTTCGTTGTTTCCACAATC
TGCGACACCGACAGGACGGCTACTTACCTCGCTCTCGGCTCCTTCCTACC
CATGGTTATGCTTTGCGGTATCATCTGGCCCATTGAAGGTATGCACGTGA
TCCTCCAATGGATCAGCTACTTCCTCCCCCTCACTCTATCGACTGAGGGT
CTCCGCTCCATGCTGCAGAGAGGCTGGGGCGTCGAGAGCCCTACAGTCTA
CGCTGGCTTCATCTCCGTGGCAACCTGGATCGCTGTCTACCTCACAACGA
GTATCCTACTCCTCAAATTCAAGAAGGGCTGAAGAGTCCACATTCAGCTG
TAGTTTAGAATCAAATTGCTCAATAGGTTTCTTTGCCATAGATTTAGATT
CGGTGTGTGTAGTGAATGAGTAACTTTTTAATGGATTTGGAATTTTGAGT
CTTAGTTCATGTGGTTGATTTTGCAGTGCTTCGGGGTAGTTGGTAGTAAT
TGATATTTTCCTTTTTGAATTAGTATGTTTATATAGATAGAGGATGTTGA
CAATTTTATTTTAATACTTTAAATTGAGTTTATAAATAATAAAGGTAAGC
TTTGTGAACATTAAAGGTCACGCGTCCACAGGCCCGCATCGTACGCATCG
CACGCAACGGATTTTAGTTTGTCTTGATAGAAACTCATACAACTTCGT

protein sequence of SFRICE004184-RA

>SFRICE004184-PA ID=SFRICE004184-PA|Name=SFRICE004184-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=polypeptide|length=791bp
MPAYDNEGATISMEDVRPPEQPITISTIEEELIARRHKMFKTQKSTVASR
KQQAVCVRRAHKRYGTQKNPNIILDGLNMTVPKGSIYGLLGASGCGKTTL
LSCIVGRRRLNSGEIWVLGGRPGSPGSGVPGPRIGYMPQEIALFGEFSIR
ETLIYFGWIANMPTNEVEERIDFLIQLLQLPNPTRQVKNLSGGQQRRTSL
AAALIHDPELLILDEPTVGVDPVLRQSIWDHLVDITKGGRTTVIITTHYI
DETKQADIIGLMRGGRFLAEESPTELIRRYQGESLEDVFLKLSVLQNLGK
RRRSSILADVVERVELPAIPNPAAVDLEEAEIGEISGEFGDNVSMSSKGR
VVVTPELINPIEAMPPEEKPRRSMEMYMPMKWHHMKALIWKNFLSLFRNF
GALAFLLGLPVSQMIFFCVAIGHYPVGLPIAVVNYEVNSTDTLCDYNKNV
CPQDPNTYEWNLTRFSCEYLDFLSKRQSNLISYPTKEIAINEAQHGKARV
VLVFHSNFSESLQLRITDPRHSNKWTVQNSDIETHMDDTDKQVEWMLSRD
IQLAFMEATEHLAKVCDLPPRIMSIPVTFNKPIYGLEVPNLTDFAGPGVI
LTIVFFLAVALTSGSMLAERNEGILERSLVSGITGTEILFSHVLVQMLIM
MLQSGMVLLLGFLVFGLTIKGPVGWVICLTLMTGLCGMTFGFVVSTICDT
DRTATYLALGSFLPMVMLCGIIWPIEGMHVILQWISYFLPLTLSTEGLRS
MLQRGWGVESPTVYAGFISVATWIAVYLTTSILLLKFKKG.

mRNA from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>SFRICE004184-RA ID=SFRICE004184-RA|Name=SFRICE004184-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=26765bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+ (Spodoptera frugiperda rice)
TTCTTGTTTACCTTTCATATTATTGTATTAATCTTTGTCCTCTTGTTACA
GTTTAAAAGATGCCTGCGTACGACAATGAGGGGGCGACGATATCCATGGA
GGATGTCAGGCCTCCAGAACAGCCAATCACCATCAGTACCATTGAAGAGG
AGCTCATTGCTAGAAGACATAAGATGTTCAAGACACAGAAGTCCACTGTT
GCTTCTAGGTATGTCTTTTCTATTCTTCTGTAGATATTATATATGGCAGT
TTTCACCAACTTCTAAACCATCTCTTATCTATAACGTCTGCTAATAGGTC
TTTTCACCATCCCTTAAACCATCCCTTAACTATATGTTACTTAGCAGGCT
AAGAAAGGGGTTTTATTTAGGTGCCACATAAGGATGTATGATCATTGCGT
TGTGTTTCGCTGTGTGAGTGAGGAAAAATATTGTTAAATTAAAGCTGCCA
AATTAAAAATATTTTAGTTCAGAGAAATACTAACACATATTTAAGTGTCT
TATTAACCTTGTATTCATTAAAAAAACACCTACAGTAAAGAAAAGAAACG
AACCAAGAGGAAATGAACCACCAAAATATCAGCATCAAAGTATTGACATT
TCCTCGAAAAGATGTTTATTTTTTTAGTTATACAGTTTATTCTCAGAAAT
ACTAATTAAATAATCTTTCATTCTAGGAAACAGCAAGCGGTATGCGTCAG
AAGAGCTCACAAGAGATACGGAACACAGAAGAATCCTAACATTATTCTAG
ATGGATTGAATATGACAGTTCCTAAGGGATCCATGTAAGTAATGTAGTAT
TCTTCTTTATAGTATTCGTATTCAAGATTGGGTAGTCCAAAGTATAAAAA
AAAATCTTGATGAAAAATATCTTCTATTTTCATCAAACAATTCCAATTTG
ACAAACGGCCAATAATAACAATTCTGAAATGAATTCTGAAAATGAAGTCT
TGGAAAATCTTGGAATATTTTTAGATTTGAAATTAAATTGTCACATTTCG
AATTTGATTTGTATACCCAAATGAATTGTATAAAAAGAAATTTAAATAAC
TGTTTATAAGAAGTTCAGTTTTGTACCGATAGTTTAAATTAATTTTAAGT
GTTGGGAGAACCATGATTCGGCACCAATAGGCCGCCTCGATTAGTGTGAT
ACCACGATCTCACAGAAAACTGACGTGAAACAACGCTTGCGTTGTGTTTT
GTTGTGTGAGTGAGGTTACCGGAGGCCCAATTGCTCTCCCTTTCCAATCT
TCCCAATCCTTTTTATTAATTAAATTCCTGTCCATTCCTTAAATTCCTGA
TCCTCAAAAGGCCGATAACGCACTTGTAACGCATTCAGTGGTTCTGGTGT
CCAAGGGCGGCGGCGATTGCTTACCATCAGCCACTGCCATAAAAAGCCTA
CATATCGATTTAAATTTAAACAAATTACCATAAAGAAGAGTTTTAAAACA
TACCAATCTTTCACAATAAAGTGTCGTGCCAAAGTTTCGCGGAGTTTTCT
GTACAGAAACCGATACTCTTGTGTCGGTTTGCGCAGTCCAAGTTTTCCTA
TTTTTCAATACACTACATTTGAACTTTGGTGCCGCACAATTTTATCGAAA
GCAACGCGAATAAAACTTTACGTAGCTTCCAATAAAGTTTGTTTTTCATT
CGTTACTTTTTTATAATTTTATTGAGGGTTTTGATTTCGTCTTGTGTGTC
GAGCAAGATGACTGCCACTAGTTTTTGAAAATATCTTTAACTAGCTACTT
CCGCGCGGTTTCACCCGCTCTGTTGTTGTTTTATATCCTATAACCTTCCT
CAATAAATGCACTACCCAATACAAAAAGAATTATTCAAATCGGACCAGAA
GTTCCGGATATTAGCGCGTACAAAAAGGCTTGAAAATGTGCATGGTGGAA
TTCTTACAAAAAAAGTGCTTCTTTTTCATACTGTATGAAAGTAGAGGAGT
TGCCATCCTTCATCATCATCATCTTCAGCCGAGAGACGTCCACTGCTGAA
CAAATGCCTCCCCCTTGGTCCTCCACGTAGAACGACAAGCCGCCACCTGC
TTCCATTACCATTGTTGAGTTGCCAAAAATTCAACTTTCGTCTTTTCTTT
CCAGATATGGTCTTCTCGGAGCATCAGGGTGTGGAAAGACCACCCTACTA
TCCTGTATAGTGGGCAGACGGAGACTGAACTCTGGTGAGATCTGGGTGCT
GGGTGGAAGACCTGGCAGTCCTGGGAGTGGAGTACCTGGACCTAGGATTG
GGTATATGCCTCAGGTTAGTTGGAAAATTTGCTTTGACGTTCAAAAGCCT
TACTGGTCTAATTGAAATAAATAATTTTGACTTTGAGTTTGACTTTAATC
CTACTAATATTATTTATATGAAAGAGAATGTATTAAATCGTAGTCTTCCT
AGAAATACTGCCTCGTTGGTCGCAAGTGCGACTGCCAAACGAGGGGTCAT
GGGTTCGATTTCCGGGTCGGGTAAAGTATTACTGGATACTTTTTCGGTTT
TTCGAAAATTTCTCAGTAGTAGCACCGAGTCTGGAATACTAGGGAGTGGA
ATTCTTTGCCGGAGTTTGTGTTTCCCGATGTGTATAACCTGGGTGTCTTC
AAAGCCCGAGTGAATAGGTTGCTTATGGGCAGACGTGCTCTATTGTAGGC
CGCATCATTACTTACCATCAGGCGAGATAGCGGCCAAACGTCGACCCATC
AAATGTAAAAAAGGACCTCAATCTTTGATTTATTGACTTAGTAAAATTCG
TGACGCCTACAAAGACCCGGACAAAACCTAGTGTTACATAAATACCGCTT
TGCTGGTCTAACCATAATTCATCACATATGACATATCACAACTCTACCTT
TTTAGAAATAAGGTCGATTTTTCTTTGACATTTTCATGGCGGTTATGATA
TTCTGACTCCGTATTTGCCTGGATATTAGTAGCTAAGTCACAATACATAC
CCATTGTTTGTCAGTCATAAAAATGTCAAAGAAAAATAGACCTTATTTCT
AAGATGGTAGAGTTGTAATATGTCATATGTGATGAATTAATGGTTTGATA
TATTCTATGAAAAAAAGTTTTCTGAAGAAGTCACGTGTTTCTAAGTGCGG
CCTATTATCTGAAAGTTTTTGATATAAATCTGCTTAGTACTTTAGTATGT
ATGTTAGGGCTGTAACATATAAAGTTACTTACGTATTGAGTTTCAAAGGC
CAAGTGCTAGGTCTAGGTTTATGACGGAACTTGTAAGGAATTATAAATAG
ATGCATATTTGTAATGAACAACATATTATGTGCTAACTTTCCACCCGCGC
CGCTGCTGGTTAGAATAAGGGGGATTTTCCACCAGCGACGTGCTATGCTA
CGTTGCTGTGGATGCGTTTGGCTTCAACCAATCATATTCATTGGTACACA
TAGCTTAGCTTTGGTGGCAACGGGTTTAACTAAGATACGTTTGTTTTTAT
GGAAAGATGCGTGCTATAGATGGCTTCTCTAATTTCAATACATCGTGTAC
TCGAGCGCATCTTCCTCGCAAAGCTACATGGCTTAGTATCAGCAAAAACG
GTCTCTTAGTTTCACAGTTTAGCTTTCACATCTTCGTAGCATAGCTACAT
GGTACATTTCTGGTAGAAAAGTACCTTAAAAAGGTAACCAACATCACTCC
AGCCTTTATCTCCATAGGAATCTACACTTTGGAACGAGCCAATAGCTTCA
CTACAGGACTTACTGACAGACAGACATTATTAATATTATTATATTTGTTT
TGACGTTCAAAAGTGCCTTCCTGGTCTATTTGAAATAAATAATTTTGACT
TTGACTTTTTTACTTTTTTATCATTTTTACATAATTACTAAACCTCTATC
GTACTTAAAAATATCCTGACATAGATTGTGATAGTATATTCATAATAGAA
TTTATTAATAAGTTTAATCTGAATACAACCTAATTTCTTAATATAATTAA
GGTCTATAATTGTATACCAAGTATGCCTTCCATACTATGGCATTGTAATC
TTTATCCACACATACTTGAAGGTTACAAACAGGATGTTTCCTTAGTAAAT
ATGTGAGTATGCTTTTAGTAAACAGCATGTATAGTACAAATAATTACTAT
GAATGGTAAAGGAACTAAAATGTATCCACGGTTGAAAGATAGCAACTATG
TATATTCTTAGGGACTTAATGCTAATGGCTATTGTAATTACATATCATAT
TTTTTGGTTGGTGCGGTGACTGGGCAACCGGCTGCCGTGCAACGTATAGC
AGGTGCCCGTACGGAGCAACTGTTTGTTAATCCACATTCTGTTGTTTCGA
GTCTGGGTGTCTTGTGTATGTAAAATTGTACGATCGTAAATGCATATACG
ACACAGAAAAAAAATGTGTGCGGGGTAAAGTTATAAAAAAAATGATTAAT
AAATTCAACCCATTCCTACTCCTACTATTCGAGCCGGAGCCCCGGTAACC
CGCTAGGCAATCCGCAGCTTCGGGTTGAGCGACAGCCCTACTTGGCCCCA
TCTGTAGGAGCCTGATGGCTCTTTCAAGCGTGCGAAACGCGACGCACCAT
ACGCTCGAGTAATATCAACGCTAAGCACGCGGGCTAGATATTGCGGTTTA
ATAGGTTCAGATTTACAAAAAAACGTTGCTTTTCACGGTTATTTTAACCG
TGAAATGCACCGCACGAAAATAAAGGATGTATAAAATAAATTAATGCCTA
ATTTAGCTGTAGACAACTAAAACTAAACTTTCTGCCTCGCACAGCAAAAC
CGTGGAATGAGCTATCGTCGGCGGTATTTCCGAACCGATACAACCTTCAT
AACTTTAAGAAAAGAACGTATTCTTTTTTAAAAGGCCAAGGTACGCACCT
GTGACTCCTCTGGTGTTGCGAGTGTTGCAAACCATTAGGTGATCCCTTTG
CTCGTTTGCCCCTTATTCCATAAAAAAGTCGGAAAAATATAGCTATGATC
ATGTAAAAGAAACATTAGTTTTATATAGAATAGAATCAGGCTTAGGAAGA
GTGGCATATTGCAGGTTATGTGTGTGTTTTTATGTTGCACCTCTGCTGCA
TGAGCATTTAAATGCGGGCGGGAAGGCGGCGCTGCACACCGTATGTTAAA
AAATACTTGTATAAGCGGAATCAACACTAAAAATCTATTGTGTTGTTGTA
ACATTAAATTTAGCAAATACTCGTATCCTCATGAGGAAATACTAAGAAAC
AAAGGATGAAGTATTACAAAAGTTATAATAACTAATTATTTGTTGCAGGA
AATTGCCTTATTTGGGGAGTTTTCCATTAGGGAGACCCTGATCTACTTCG
GATGGATAGCCAACATGCCGACCAACGAGGTGGAGGAACGTATTGACTTC
TTGATCCAGTTGCTGCAGCTTCCTAATCCCACCAGGTACTTTTTTATTTA
TATATTTTTTTTGAGGGGGGAAAATCATCCAATGTCTTTTCTCGCCTTAT
GCAAGGCGAGAGGGAGTGTCAGACTCTTACTGACTAATGACTCTTACTGC
ACTTATAGGCTGATGATGATGATTATCGGTAGCAACAAATCTTACTGCCT
CGCCTGATGGTAAGCAGATACTGTAATCAGAGTAGTAGTAGACGATTATT
TAGCAAACAGTTTAATTGCCCCATCGTTTACCGGGTGAAGGGATTTCCGA
TGCATATGGCAATCAGTGGGTTCGGTATCCGGTGTTACCATGGTATCAAA
CCATCTATTTTAACCAACTTCAAAAGAAAACGAGGTTCTCTGTTTGACCC
GTTTGTATGTATACATGTATGTTTGTGCGCAATTATCTCACGATTGGCCG
AACCGATTTTCCTGCAGGTTTTCAGAAAAGTATTTCTTACACTTAAAAAA
AAAAACCACCCCGTTCCTACTCCTGCCCGTCGAGCCGGAGCCCCGGTAAA
CCCGCTAGGTAGTCCGCAGCTCCGGATATTTCTTACACTTAGAAGCAGCT
TTCAGTATATTAATCGACTTCAAAAAGAAGAGATTGACTTCAGTTTTTTT
AAACGAAACTGAAAAAAAACTCATTGAAAATTATTATATTAATTATCTTC
AGAATTGTATGGTCTTAAACAAATTTTATTTATTACCATCCAAACTTAGA
CATTTTATTTTACCTTAATCTTAATCTTACTATCTCTTTTGAAACTCTGT
CTTTTTAAATTACAGACAAGTTAAAAATCTATCGGGAGGGCAACAGAGGA
GGACATCGTTGGCTGCAGCGCTGATACATGACCCTGAGCTGCTGATCCTG
GACGAACCAACTGTTGGAGTGGACCCTGTTTTGCGACAGAGGTAAGAAAT
GTGTTCGTTTAAAATGTTACTTGCCTCAACCGACGAGCACGCATGAATAG
ACTGATGACGGTTGATGAAGTGAAATAAGTATCTAAGGTTGGTAATAATT
GGTGTTATATTGTCTCTACCAGCTCTATAGGAAATTTATTATGTTTTTAG
AAATGTAAAGATTTTGTATGGTTGGAAACATACCTGCATATTATCAGGTA
TATCATAGTTAAATACCTACCTAAAATACTTTCTAGAACGTATCGAATAG
CTTGAAATAGATAGCTTTTTGATTATTTTGAACAGAACAAGATAATTGTC
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GTCGTACAACGTGTTTGTTTCTGGTCTGGGTGTCATGTGTATTTATTAGT
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TTATTGCGATTAAACCATTAAAATTGGTACCTACTTTTGAAATGTCAACA
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TGTTCGTTCCAAAATATCTAGTCTTTCTTCACACTCCTTCAGGGAATAGA
CGCGATATTTATATTGTATCTTCTTTACAAAACTTAATTCTTAGAACTAT
GCTCTTAGCTTCTCGTGCAGTTTGAAATAAGTAAAAACTTTCGAGTCTGG
CTTTGAGTAAGACTTGAGGTTTAAAACTTCTTTCCAAACTACATATGTTG
CCTCACGAATGTTAAGTATTTAGACTGCTTTATAGTATACTGTAAGGCAT
TTTATATCTCACATATGTATTGAAAGAACAGGCAGAGGTGTGAGGACCAT
GGTCAAAAATATTAGTTAATATGCAAGAGTTTGTATGCATGTTTATTTGT
TACTCTTTCACAGCAAAATGGCTGAAGGGATCGAATTGTGGAACAGGGGT
AGATTATTGTCTGGAATAACACATAGGCGACGTTTTGTCCTACGGGACGC
GGGTGAAGTTATTGGTGGAAGCTAGTATTAGATAAAATGCTAAACATTAT
TATGTTTGATTGTTTATTATTCTTTCACGTCAAAACCGCTAAAGGAATCG
AGATAAAATTTGGAACAGGGGTAGATTATGGACAGCAATAACACATAGGT
TACTTTTTATCCTACGGAAAGCCGTTAGCAGAAGCTAATACCTGCATAAA
AACAAATTTTCGTTTCAATTATGTCTTCAGATAATTTATCAACAACTTAA
GGACTAGCTTAAGTTAATTCAGCTTGACAATTCCTTGAAACTTAATCAAA
CCCGCTGAGAAAGGATTAAGATATCCTCTAAACATGACAAACCCCTTAGA
AATGTCTAAGGAATCCTCCCAGCAACTAGACAGACAAGACCACAAGATCC
TAGTTTTGGTCCAACATCTAATTGGACCTTGTGGTCTTTAAATGTCCAGT
TAGTTACTCAAACACTAATTTTAAAAGTTGATTTTAATGACTCCTTTTTA
ACCAAAATATATGTGTGTTAAGAGCCTTCGTTCTTATAACCTACATATGT
GTAATTCATCAATTGCAGAATTTACATTATCTACGTTTAAATTGTGTGTG
TTTGTTTTAAACAGTAACTAATACTATTAAAACCTTTAAAATCTACATTT
ATGAATACAATAACCATGCTTCGGCACGAATAGGTCGGCTCCACCGGAGT
GATACCACGGCCTCACAGAAAACCGACGTGAAACAACGCTTGCGTTATGT
TTCTCTCAGTCAGTGATGTTACCAGAGGCCCAATTACCCTCCTTCCCAAT
CTTCCGAATCTCTAATTCGCCCAACAACACTTAAATTTCTAACCCCCAAA
AAGCCGACAACGCATGTGTAACGTGTCTGATGTTTCGGATTTCCATAGGT
AACGGTGATTGCTTACCATCAGGTGATCCGTCAGCTCATTTACCGACTCA
TTCCAGAATTTTTAGTAATCGTTAACTCTTGAAATACTAGTAGTAATAAT
AATTAAAATATCTATATATATATATTGTGAGATAGCGGCCAAACGTCGAC
CCATTAAATGTAAAAAAAAAAAAAATCTAGATTTGACTTGTGAATCTTCA
TTTCTGTAAAAATACAGACCGAAAATACCTACTACATATTATTTCCCGAA
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TGTTCCCGACACACGGTGTTAACGATGATAACATGATAATATAATTTTAT
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ATGTTCGAATTCTTCATTTTATTATGCGTTCGAAAGTATTTTGTTTTTTC
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CCTCGTGATAAAAAGTAGCTTACGTATTATTCCAGACAATAATCTACCGC
TGCTCCAAATTTTATACCGATTCCTTCAGCCGTTTTGACGTGATTGAGTA
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TGCAGGACCCTTTGGAATCCATGTTATCTTGCTCTTTGAGGTTTTTGCTC
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TTCTCCCACGTACTAGTCCAGATGTTGATCATGATGCTGCAGTCAGGAAT
GGTGCTGCTCCTCGGTTTCCTGGTCTTCGGCCTAACTATCAAGGGGCCAG
TAGGATGGGTGATCTGCCTGACTTTGATGACTGGACTCTGTGGCATGACT
TTCGGTGAGTAATATTGTGATGTAAAACTTGAGATGTAAGGTTTATTTTT
GAATTGCAGATTGATTTGTTATAGTAAAGTTGTGACTAGAAGTGTTATGG
TTGTTTTAAAATGTATCTTATTTTCACGTGTTTCTGGTTGAAAATTGGTT
AAAGCTTCGTGATTACTTCGAGATTACTTGAAGCGTTAATGAAGACATGA
ACTTTATACAATAGGCGGTGGGTGGAAATTACTTATCATCACGCGATCCG
TCTGCTCGTTTACCGGCTTATACCATAAAAAAATCATTATTAGATTCACT
AAAATACAATTGTGAGTTTAATACTAAACATCAAGTAAAATCTAAGGTCC
ATATTCGATTGACTTGAAAAAAAGAAACAGCTTTGTTTACTAAATGCTAA
TGCTTTGTTTCAAATTCACAGGTTTCGTTGTTTCCACAATCTGCGACACC
GACAGGACGGCTACTTACCTCGCTCTCGGCTCCTTCCTACCCATGGTTAT
GCTTTGCGGTATCATCTGGCCCATTGAAGGTAAGTTCTTCATCCTTCTCT
ATATTATATGTCTAGTATTAAGAGAGCCATGCTTCGGCACGAATAGGTCG
GTTAAACCGGAGAGATACATTCACGGCCTCACAGAAAACCGACGTGAAAC
AACGCTTGCGTTGTGTGAGTGAGGTTACCGCGACCCAATTGGATAATTGC
CAATCCCCGATTCCCAAAGAACCCTTGAAATACATAGCCCCCAAAAAGCC
AGCAATTTTATTATGGTTTTCCGAAAATCGAAAATATCAATAATACTTTA
CTTATTCCGGGAATCGATACCTCTACTCAGTAGCCATGTTTGCGATAACT
CAACGAACTAGCCAGTCGTATTTTTACCTGACTAACTATTCCCCGCGGAT
TCACATACGTTTGACGTTCAATAGTAGGTATTCGTTTTGTCACGTATCAC
ACTTTACGAGCGCTGAGCACGTGAATTACGTGACTTTTGTGATAGTTATA
CATATATTATAGTAGATATAGGTATATTATGGCCTTCCTTAAGAATTAGG
CTTTGGCACGTATTGTGATTTGTTTTTAACCGACTTCAAAAAAGAAGAAG
GTTCTCTGTTTAACCTGTATGTATGTATGATTCTCCGCTATTATGTCACG
ATTGGCCGAACCGATTTAATGTGGGTTTGATAATACAGCGCTTTTTAAAA
AAATATGGCACACTTTAGTGGACTGCCACAGACTTCTGATGTCTCTCTTC
TATCCTCATATTTTAGGAATTTCTAAGAAGTTCTAGTTTCCAATAAAATG
TAGTTCAGATTTGACCCTTCTGCCACTCAGGAATAAATCCTAATTTTCCT
TAACCATAACACAATTTCTGCCTCAGATATAGCACGTAATGGACACTACA
GGTCTCCAAGGAGACAAATAAATAAGAACCCTATTTTTAGACTATCTCGG
AACAAAACTCGTTGACCAAATATCAACGTGATTGACACAGAGATGCGGAC
ATAGTAATTATGTTTGGGTATTCCATAGCGAGGGTCAAAACGGGAATATG
ATGCAATGACGCTAGTTTATTTTAGAACGAAACTATGTGACGATTTTCAC
TGATACTAAGCTGTATCAATGCTATGAAGATGTGCCGTTGCAAAGTAACT
GTGCGAGGAAAAAGCGCAGTTCGAGTATGCGTTGTATCGATAGTAGGGAA
GCCGCCTATAGCATGCATCTTTTCACACAAAAAACATAGCTTAGCTGAGT
CCATTTCCAACAATGCAAAGCTATATGTACCAATGAAGATGATTTATGGA
TGCCAAACGCATGCACAGCAACGTAGCATTTCTGGTGGAAAAGCACGCGT
CAAATGAATATTTCTTTTCCACATAATTTACCACTCCATTTCATCATTCA
TTCACAATAGTCTTTATTAAACAACCATTATTCACCAATATTTTCCCAAT
TCCAGGTATGCACGTGATCCTCCAATGGATCAGCTACTTCCTCCCCCTCA
CTCTATCGACTGAGGGTCTCCGCTCCATGCTGCAGAGAGGCTGGGGCGTC
GAGAGCCCTACAGTCTACGCTGGCTTCATCTCCGTGGCAACCTGGATCGC
TGTCTACCTCACAACGAGTATCCTACTCCTCAAATTCAAGAAGGGCTGAA
GAGTCCACATTCAGCTGTAGTTTAGAATCAAATTGCTCAATAGGTTTCTT
TGCCATAGATTTAGATTCGGTGTGTGTAGTGAATGAGTAACTTTTTAATG
GATTTGGAATTTTGAGTCTTAGTTCATGTGGTTGATTTTGCAGTGCTTCG
GGGTAGTTGGTAGTAATTGATATTTTCCTTTTTGAATTAGTATGTTTATA
TAGATAGAGGATGTTGACAATTTTATTTTAATACTTTAAATTGAGTTTAT
AAATAATAAAGGTAAGCTTTGTGAACATTAAAGGTCACGCGTCCACAGGC
CCGCATCGTACGCATCGCACGCAACGGATTTTAGTTTGTCTTGATAGAAA
CTCATACAACTTCGT

Coding sequence (CDS) from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+

>SFRICE004184-RA ID=SFRICE004184-RA|Name=SFRICE004184-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=CDS|length=2373bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_001635:42218..68982+ (Spodoptera frugiperda rice)
ATGCCTGCGTACGACAATGAGGGGGCGACGATATCCATGGAGGATGTCAG
GCCTCCAGAACAGCCAATCACCATCAGTACCATTGAAGAGGAGCTCATTG
CTAGAAGACATAAGATGTTCAAGACACAGAAGTCCACTGTTGCTTCTAGG
AAACAGCAAGCGGTATGCGTCAGAAGAGCTCACAAGAGATACGGAACACA
GAAGAATCCTAACATTATTCTAGATGGATTGAATATGACAGTTCCTAAGG
GATCCATATATGGTCTTCTCGGAGCATCAGGGTGTGGAAAGACCACCCTA
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GCTGGGTGGAAGACCTGGCAGTCCTGGGAGTGGAGTACCTGGACCTAGGA
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GAGACCCTGATCTACTTCGGATGGATAGCCAACATGCCGACCAACGAGGT
GGAGGAACGTATTGACTTCTTGATCCAGTTGCTGCAGCTTCCTAATCCCA
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GCTGCAGCGCTGATACATGACCCTGAGCTGCTGATCCTGGACGAACCAAC
TGTTGGAGTGGACCCTGTTTTGCGACAGAGCATCTGGGACCATTTGGTGG
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GATGAGACTAAGCAGGCTGACATTATCGGACTCATGCGAGGTGGTAGATT
CTTGGCAGAAGAATCACCAACGGAACTGATCCGCCGATACCAGGGTGAGA
GTTTAGAAGATGTATTCTTGAAGCTGTCTGTGCTGCAGAACTTGGGCAAG
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AAATATCTGGTGAATTTGGTGACAACGTGTCTATGAGCAGTAAGGGGCGG
GTGGTGGTGACTCCTGAGCTCATCAACCCTATAGAAGCCATGCCTCCAGA
AGAGAAGCCTAGACGGAGCATGGAAATGTACATGCCCATGAAATGGCACC
ACATGAAGGCTTTGATATGGAAAAACTTTTTGAGTTTGTTTAGGAACTTT
GGCGCCCTGGCTTTCCTTCTCGGTCTCCCGGTCTCCCAAATGATATTCTT
CTGTGTCGCCATTGGTCACTACCCTGTCGGCTTGCCGATAGCTGTGGTGA
ACTACGAAGTCAACTCCACGGATACTCTTTGCGATTATAATAAAAACGTC
TGCCCTCAAGATCCAAATACGTATGAATGGAATCTAACAAGATTTAGTTG
TGAATATCTGGACTTTTTATCTAAGAGACAATCTAATTTGATATCATACC
CAACCAAAGAGATAGCAATAAATGAGGCCCAGCATGGTAAAGCGCGAGTG
GTTCTGGTGTTCCACTCAAACTTCTCCGAGTCCCTGCAGCTGAGGATCAC
CGACCCTAGACACTCAAACAAGTGGACTGTCCAGAACTCCGATATTGAAA
CTCATATGGATGACACTGACAAGCAAGTAGAGTGGATGTTGTCAAGAGAC
ATTCAGCTGGCCTTCATGGAAGCCACGGAGCACCTGGCTAAAGTCTGCGA
CCTGCCCCCCAGGATCATGTCCATACCAGTCACATTCAACAAGCCAATTT
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GACAGGACGGCTACTTACCTCGCTCTCGGCTCCTTCCTACCCATGGTTAT
GCTTTGCGGTATCATCTGGCCCATTGAAGGTATGCACGTGATCCTCCAAT
GGATCAGCTACTTCCTCCCCCTCACTCTATCGACTGAGGGTCTCCGCTCC
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CATCTCCGTGGCAACCTGGATCGCTGTCTACCTCACAACGAGTATCCTAC
TCCTCAAATTCAAGAAGGGCTGA

Synonyms

The feature 'SFRICE004184-RA' has the following synonyms


Synonym
SFRICE004184-PA
SFRICE004184
maker-SFRU_RICE_001635-augustus-gene-0.9-mRNA-1

Orthology

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