SFRICE003509-RA (mRNA) Spodoptera frugiperda rice

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Overview


Name	SFRICE003509-RA
Unique Name	SFRICE003509-RA
Type	mRNA
Organism	Spodoptera frugiperda rice (Fall armyworm - rice variant)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
SFRU_RICE_005193	contig	SFRU_RICE_005193:42002..69164 + View in Apollo

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Spodoptera frugiperda rice annotation OGS2.3	2015-12-04

Properties


Property Name	Value
Full name	SFRICE003509
eAED	0.10
QI	62\|1\|1\|1\|1\|1\|11\|1177\|613
AED	0.10

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509	SFRICE003509	Spodoptera frugiperda rice	gene	SFRU_RICE_005193 42002..69164 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509-RA	SFRICE003509-PA	Spodoptera frugiperda rice	polypeptide	SFRU_RICE_005193 42064..67987 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-1	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 42002..42119 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-2	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 51107..51296 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-3	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 51740..52064 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-4	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 52744..52885 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-5	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 54125..54324 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-6	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 61544..61701 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-7	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 64926..65094 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-8	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 65260..65360 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-9	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 65875..66030 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-10	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 67231..67416 +
SFRICE003509-RA-exon	SFRICE003509-RA-exon-11	Spodoptera frugiperda rice	exon	SFRU_RICE_005193 67829..69164 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509-RA-five_prime_UTR	SFRICE003509-RA-five_prime_UTR-12	Spodoptera frugiperda rice	five_prime_UTR	SFRU_RICE_005193 42002..42063 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-1	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 42064..42119 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-2	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 51107..51296 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-3	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 51740..52064 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-4	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 52744..52885 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-5	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 54125..54324 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-6	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 61544..61701 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-7	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 64926..65094 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-8	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 65260..65360 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-9	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 65875..66030 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-10	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 67231..67416 +
SFRICE003509-RA-CDS	SFRICE003509-RA-CDS-11	Spodoptera frugiperda rice	CDS	SFRU_RICE_005193 67829..67987 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
SFRICE003509-RA-three_prime_UTR	SFRICE003509-RA-three_prime_UTR-24	Spodoptera frugiperda rice	three_prime_UTR	SFRU_RICE_005193 67988..69164 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+
coding sequence from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+

spliced messenger RNA

>SFRICE003509-RA ID=SFRICE003509-RA|Name=SFRICE003509-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=3081bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+ (Spodoptera frugiperda rice)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGTGAAGACAATTCTCAAGTCGGTCTCTGGCCGACTCCGGTCAGGCGAG
CTGACGGCCATCATGGGACCTTCAGGCGCTGGCAAATCCACACTCCTCAA
TATCCTCACAGGATACAAGACATCAGGTATGGAAGGCAGTATCACAGTGA
ATGGCATGGAGCGCAACCTGTCAAGTTTCCGTAAGCTGTCCTGCTACATT
ATGCAGGACAACCAGCTGCATGGAAACCTGACTGTGGAGGAGGCCATGGC
CGTGGCCACTGCTCTGAAGCTCCCCAGTGCTACCACCAGCGCTGATAAGG
AGGAAGTGATCCACGAAATATTGGAAACCCTTGGTCTATCAGAGCACCAC
AAGACGATGACCTCCAATCTCTCAGGAGGTCAGAAGAAACGACTCTCGAT
CGCCTTGGAGTTGGTCAACAATCCTCCTATTATGTTCTTTGACGAGCCCA
CTTCGGGTCTGGACAGTTCTTCCTGCTTCCAATGTATATCTCTGCTGAAG
ACCCTGGCTAGGGGGGGCAGGACCATCATCTGCACTATCCATCAACCTTC
GGCGAGGTTGTTCGAGATGTTCGACCACTTGTATACGTTGGCTGATGGAC
AGTGTGTGTACCAGGGAAGCACTGGAAGGCTTGTTGAATGGCTCGGTAGT
TTGAGCCTGCAGTGTCCATCGTACCACAACCCGGCTTCGTTCATCATTGA
AGTCTCCTGCGGAGAGTACGGAGACAACACTGGCAAGCTGGTGCGAGCTA
TTGACAATGGAAAGAATGATATTAGGACCGGCATGCCGTTCCCCGAGAGC
AAAGTGCCAGACTTCAACAACAAGAAGGCGATGGAAGAGTCTCTGAACAA
GGAATGGAACAAGAATGACCTGTCCCAAGTCCAGGAGAAGTTCAGAGATG
GCAACAACACTACAAATGGAAATGGCAACCTACAGAATGGAATCTTGCAG
TATGCTGCTAGCGAAATAGCTAAAGGTGAACCGCTGGTAGTCCAAATGGA
TTCGGAGAAGCAGGATAACGTGGAAGTGGCGCTGTTGGGCGGCGAGGGCT
CCCCCAGACGGTATGCGACGTCGGAACTCACCCAATTCTGGGTGGTACTC
AAACGAACACTGCTGTTCAGCAGGCGAGATTGGACTCTGATGTACCTCCG
TTTGTTCGCGCACATTCTGGTCGGCTTCTTGATTGGTGCACTGTACTACG
ACATCGGCGACGACGGCTCCAAAGTACTCTCAAACCTTGGTTTCCTGTTC
TTCAATATGCTGTTCCTCATGTACACTTCTATGACCATCACTATTCTTAG
TTTTCCCCTGGAGATGCCTGTGCTGGTGAAAGAACACTTCAATCGATGGT
ATTCGCTACGGTCCTACTATCTCGCCATCACCGTATCGGATATACCGTTC
CAGGCAATATTCTGTGTGATCTACGTGGTGATAGTGTACCTGCTGACGTC
GCAGCCGCCGGTGTGGTTCCGGTTCGCGATGTTCCTGTCCTCCTGTCTGC
TCATCTCCTTCGTGGCGCAGAGTGTGGGACTTGTAGTCGGTGCTGCTATG
AATGTTCAGAACGGCGTGTTCCTCGCTCCAGTAATGTCGGTACCGTTCCT
GCTGTTCAGTGGTTTCTTCGTGTCGTTCAACGCGATCCCGGTGTACCTGC
GCTGGATCACGTACCTGTCCTACATCAGATACGGGTTCGAGGGCACTGCT
CTCGCCACCTACTCCTTCGACAGACCCAAGCTTAAGTGCCATCAGACTTA
CTGTCACTTCAAGAACCCTGAAACTACTTTGGAGGAGTTGGACATGTTGA
ACGCAGACTTCACCCTCGACATCGCAGCTCTCTGTCTCATCTTCCTTGTC
CTACGTATATCCGCGTTCCTCTTCCTGCGCTGGAAACTCAAATCTACCAG
ATAAGCGATATTACACCTACGTTACATATATTTAGGGTAGCAAACCAAAC
GACAAGTTATTTTAAGTTTAGGGTTGTCACTTTGTCATCACCCATGTGAT
ATCGACGAACTTACGGTGCCGAATATTGAGTTTATAATGCAATTTTAAAA
GCGATAGCTGTTTATTTATATGGAATTTATGCCAAAGCGGTCACTATAGG
AGGAATTGGAATAACAAAACTAAATATTTCTTTTAAATATTGTTATTATA
ACAGCTCTATTTGTTTATGTGGTTGCTAACAGATTTTATAATTATGAGAC
AAAGTAACAATCGTTAGTTAGTTGTATTTACGCAGTTATTGTGATAAAGA
TGTTATATATACTGTAGAACAACGGGACTGTACATTTCGAATATTATATG
ACAAAGTATGGGTCCTTACTATTCAGATGTTTAGAAATCTTACATGAAAA
CTACGTCCTGTCTTTATGTCCATTTTCATTGCAAAAACATACATTAACTA
GTTTTTATTATCGTAAAATTATTGTAGGAAAAAGAAGGACTATTGGGGTC
AATAAAACTCTGACAGATAGAAGTTTGCTTCAAGCAAATTACTGACATTC
AATCTTTGGTAGATTACTACTGACCCCAAATTGAAAAGACTAAGGATTAG
TAATTTTGATATTGTATTATAATGCATGACAATTATTTCACATGTGTCTT
TAATGCTCAAATCATGGCCTTATTGCAATTTTCAATATTCATTGATTTTG
AACAGAATGTAATGAAATGTGATAGCTACGTGTGATATAAAGGAAAGTTC
ACAAAACATAAAAATTATGACAGTTATAAAAAAGCTAATATTAATTTTAT
AAAATAAAAATTTAATTCTATACACTATGGGCTTTTACGTTTTTACACCA
CAGACTATCCGAACCATAGATAAATAATAGTAATCAGAGATTTTATAACA
GATAATATAAATAGTAAGATCTGAAACAATCAGAAACCGAGCCTATATAT
CATTGTTAGAAATTATAAAAAAAGTAAATTATAATTATGTGAATTCATTG
ATTATTTTGCTCATAAATTATTCATATTTCTTGCCTTACCGGCTTGCCGT
TAATTTTATGTCAAAGATATACGTAGTTTCATTCAAATAGTAACGGTAAT
TTCAATTATTTTTTTAATCTATAAAGACTGC

protein sequence of SFRICE003509-RA

>SFRICE003509-PA ID=SFRICE003509-PA|Name=SFRICE003509-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=polypeptide|length=614bp
MGPSGAGKSTLLNILTGYKTSGMEGSITVNGMERNLSSFRKLSCYIMQDN
QLHGNLTVEEAMAVATALKLPSATTSADKEEVIHEILETLGLSEHHKTMT
SNLSGGQKKRLSIALELVNNPPIMFFDEPTSGLDSSSCFQCISLLKTLAR
GGRTIICTIHQPSARLFEMFDHLYTLADGQCVYQGSTGRLVEWLGSLSLQ
CPSYHNPASFIIEVSCGEYGDNTGKLVRAIDNGKNDIRTGMPFPESKVPD
FNNKKAMEESLNKEWNKNDLSQVQEKFRDGNNTTNGNGNLQNGILQYAAS
EIAKGEPLVVQMDSEKQDNVEVALLGGEGSPRRYATSELTQFWVVLKRTL
LFSRRDWTLMYLRLFAHILVGFLIGALYYDIGDDGSKVLSNLGFLFFNML
FLMYTSMTITILSFPLEMPVLVKEHFNRWYSLRSYYLAITVSDIPFQAIF
CVIYVVIVYLLTSQPPVWFRFAMFLSSCLLISFVAQSVGLVVGAAMNVQN
GVFLAPVMSVPFLLFSGFFVSFNAIPVYLRWITYLSYIRYGFEGTALATY
SFDRPKLKCHQTYCHFKNPETTLEELDMLNADFTLDIAALCLIFLVLRIS
AFLFLRWKLKSTR.

mRNA from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>SFRICE003509-RA ID=SFRICE003509-RA|Name=SFRICE003509-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=mRNA|length=27163bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+ (Spodoptera frugiperda rice)
ATGTGAAGACAATTCTCAAGTCGGTCTCTGGCCGACTCCGGTCAGGCGAG
CTGACGGCCATCATGGGACCTTCAGGCGCTGGCAAATCCACACTCCTCAA
TATCCTCACAGGATACAAGTAAGTCTATCATGAACCATTCAATTGTTTGA
AATCGTGCCAATTTTGAACCTTTTTTGTTGTATTGGCATGGACTTGTTGG
CTAAGGTGAGTGTTGTGTATGGTGATCGTATTAAAAAAATCACCTACTCG
CGCACTCAGAGTCATTTAATGGTTACTTAACCCAGTCTTTAGCTATTGTT
TTCCATACATAATCGTTACTAAAGAATAGTTTATGTTAGTATTAAATGTC
TCTGAGTGTGGCAGTTAGCATGTTTAGGGGTTTAAAGGAGTGTTCGTCTA
AGGTCGTTTATCAAGTTTCTACACATTTCCTTAAGCAAAATAAACTGTAT
TCATCAATACTTGGAACCACTTACGTCACTTGCATAAGGTTTCCTCAGTA
TTTTTTTTTTATTCGATAAGGATTTAGAACATAAAAGTGATATACTAGTG
GTTATAAGGTAAATTGCATAGTATGAAGCGACAAATTGATTAAAAGACAG
TTAGTTATTTGAAATTGATTACGAAGCTCATTTTACGATGGAATCAGATT
TCAAAATGGCGGTGTTTGTGAATTTGTTTTGCCTTCTACATATACAGAAC
TATTTGCAGTTAGATGCGATTTTCCAAGAATTGTATTATGTTATAATATA
TGTCTAGATGGAATCTTGAACTAGGATATACAATTTACTACTGGGAATTT
ATATCTCAGTGCCAAATAATCAAATAAATTGTTGCTAAACGTCTTACAAA
TATTCCGGTTTATTTAGACGAATTATTTAGACGAACGTAGAAATCGCATA
TGTGAATATGACGTAGCTATACACGTAGGTATCTGTCTGGTTTTATTTGC
ATATAATTTTCTCAAAGCGCCTATTCATATCTACTAACTAGATTATCAAC
CCTATTGTGTTCAATATAAGGAACACAACAGATTCGGATTTTCTGTAACT
CTTTAATTACCCTTATACGTCATTCCTGGTTTTACAATGACTGTTATTAA
CTCATCTCGCAATATCGTAACTTATGTAATTTCTACCTAATAATGTTTAT
GTACTTATTCATGTACCTATTATGTACATTTGTGATCTCCTAGTACCATC
GTTTCTAGTATACTTGGCAGCTTGCGACATGTGTGTTATGCAATTTGAAC
GCACTAGAAAACTATGACACACATACTTGTAGATGGCAAAATTTTCTGCC
ATGAATGGACCTTTTGCTTGAGTTTCGCGATTAATGGATGTTTAAGGACC
TACATTTCTGTTCCGAAACTGTGGATTCTCTAGAGGGTTTACCGTGGCTC
CGATTCAAAAAGCAGGAATAGGAACGGGGTGGTTTTTACTCAGTAAGAGT
GACACTTATCTCGCCTCGCCCGAGGCGAGAAAACTCATTGGATGATTTTC
ATCCTTTAAAAAAGGCCCTACATTTTTGTTTTAAGATTGCGGCTAGGATT
TTGTGGTAGCACCCGACACGTGTAGTTTCGGCAAGGTAGACGGGCACAGT
AGAATAAGTATGTTGGCTATACTAGTTTACTACCTTCGGCCGCGGATGTC
GTAAATCTGATTAACGAACTACATTTATTGAGAGACTAAGCTGCAGCGTT
CTTTGATAAAGCTGAACTTGAAACCGCCTGCAAAGCGAGGAGGGTATAAC
AAACCCTCTTAATTTTTTTTTTAAGTGGGCGAAATCATCCAATGGCTTCT
CCCACCTTAGAGGTAAGGGAAGAGGTAGTGTATGAGTCTTGCTGAATAAA
AACCACCCAGTTCTTTCTCCTGCTTTGAGCCGGAGCCCCATTAACCTGTT
ACATTGTCCGCAGTTCCAAAAATCTCTCTTACTTATAGGAGATCCACAGT
TCAACAGTTGATTCTTACAGGTTATTGATATTGATATCATTTGTATGAAG
ATGTTCCAAGTTTACCAGTTCTCTAATAAATGTGTGAACACAATTTCCTA
CACCCATAAATCTTCTAAGCCATTCACATAGAACTGACAACACTCGTCTC
ATTGCTTTTAATTACCAAGAAACTCGATACTTGAAGTAATTCTTTTTAAT
TCATACCTTGTTGTGGTCACGTGTATTCTGGGCCCTTAGTACGAGTTTGC
TTTACGTTCGTCAAGATCGAAACGAGAGCGCGTTACAGCGTTCCGATTGG
TTGGTTTATGGGAACGGTCCAATCACAGCGCCGAACGCGGCCTTGTTTCG
GTTTCGTTAAACGTAAAGCAAACTCGTACTAAGGGCACTGTACTCAACTA
ATAATCCTTCAAATTCTTCGCTGGTGCCATTTTATTTTTAAAACAGGTTT
GTAAACACGTACCGTACTGTTTCTTATAACTTTATGATAATTATTGTATG
TATTGTGTAGACTGTAGGTACGTCATTTAATTCTGTATTTAGTGACGTCG
TGGATGTCTCAATGTCACTGTACTTTGGAACTTGACAAAGGGCTTGTAAA
CAGAAATAAAGGTTGGTTGGTAGCTATAGATAGAGCTGTTGTTTTTGTTC
GTAACGGATTTCTTTTATGGCAATGGTTGCCAGTTGCTAGCGAGTGCAGT
GTCCTATATTTTTACTGTACTTAGTGCACCGACAGGACTCTGCATCTTTC
GGTTTCAGTATTAGGGTGTCCCAGATCCAGTGGGGTATTAGACTGGATTT
ATTACATACATATATAACCTCACGCCTGTCTCTCTTGAGGTTAGACAGAT
ACAATGGAACCAATTGCTACGAATCTCACATAACCTTTCGCTTCATCAAC
ATTACTGGATTTATTGTATCGTCGATTTCTAAATTTAGGATACTCCAGTA
TTGGACCGTCATGGGTCATTAATGATGAAGTAACGTTGCCATTTATGGCA
ATTAATAAACTAATATCAGGGCATTAATAGCTCACGTAGACATTTAATGT
GATTGGTAATTTACAATAGTTAGTTAATTGCTTTCAAATAACCGTTTATT
ACATACATAATGACAAACATTCCTCTCTACTAATTGAACAGTGGCAATTG
ACGATTTTTCCAATATTATTGCTTAGCATTTATAATGTATGTAATTCTCA
TAAAGCTTCTTTATGTCAGAGCATTAAGGTAGTTTTTATCACTGAATTAT
GATACCTGCGTCTGAAGACCTAAGCAGTTCATAAATGGTTTTGAATTCTT
AATTTGAGTTTTATTATCGTTAAAACAAAGGTTAAAATTCCTTCTAATGA
GATCGTGTATGTATAGAATATTACTAATCCGTAGAACAAAACAAATAATA
TTGTTTTCATCATCAAACCGGACTCGTTTATCAAAGCCGTAGTAAGTGGG
TCGAGCGTCCGAGCGCGGTCATTTACGCAGTACTATATGTATTGCAAATG
TTTTTACACATATAATAATATAATATAAAAGAAAAACAGATATTATGATT
TCTAGAATAATCGCTATATCCTTGTCGGCGCTATTTTCGTTTTAACTCTA
TTCGTTTGTTAGCATAATTACTTATTCTGGAGCAGCGGACAATGTAACAG
GTTACCAGGGCTTCGACTCAAAGCAGGAGAAGGAACGGTGTGCCTTTTAG
TCGGCGAGAGAAGTCATTGGATGATTTTCCCTCTCAAAAAGAAGTATAAC
ACTTATGTCTTCTTTTTCCTTTGTCCTCTTTCAGTCTTTACGTTGTCTTA
CATCAAACTGGCCCTAAAATGAGAGTGAATTTCCTAAAATCGGCGTGTTT
ACGTAGATAGAAGTCAATCATTTATACAGATTTAAATGAACCCAGAAGAT
AGAAAAGTCTAAAGCGATCTTTTGCGTATTTCTAAAGAAATTGGTTGAGA
AGGTACTTCCTTTAACCTTTAGTATGCCAGGAGCGTACATCTACGTGAGA
CACAATGTGTTTTCTATTGTGTCCCATATACCGTCTCAATAGGTTAAACA
ATATACCTACGTACATTTTGGTACAACATTTATTTACTGAGTTAAAAAAG
TTGCCATGTGATGTTATGCCAAAATATCTGTATATGTCCATCTCAGTTTC
TTCATACAAAAACCATAGAGTAATTTTTACATTTAATTATGTGTTTAAAC
AGAAGGTTGCAATACGCGTCGTTACGCTACAAAAATTAGGTCGGTTTTTG
TTTGTCTGCGTACCTTAATTTTCGCAATTTTAACAGTAAATACAACAAAC
CGCAAGTGCGTTGATGAGAGGTGTATAATGGAAAGTAACAGTAGCCATGA
ATGTTGAATTCTGGAAAATTACAGTAAATATTTACATTGAAGGTAAGGAC
GGGACAAGTTTTTATAAATCTGGTGCAATTCACATCACAAACTGGTGGAA
AAACACCCTAAGAGTTGCGAACAAAATGCTCCTATCTCTATTCATAGAAT
CAATACGGTAGTTTTCTAATAGTCAAATTCAATACTTTTATCGAAATGTC
AAAAACGTTAGTTTTCTATGAATTTTGTAGGAGATCGCAACTTATGACGA
CATAATTTTGTGCGTAAAAATATTTAGTAAGTATGCTATTTGACTCAAAT
AAAGTTCTCTAAAGTTAGCTAGACAAATAAATTAATAAGTATATCGTCAA
ATTAATGAACGAAAGTACGATTATTTTGGAATATTTTATTGAAATGTCAA
AATAATTTATTTTTGACCTAGGAAACTACCTAATTCTATTTCAGTGTTGT
TCCATTTTTAAAAACAAAAGAATAACGTGTTTAACCAGTTTAGTTTTTAT
TTAGGATCAAATATAAAAATAACAAGTTAAAATGGCGACGGAATATTTTC
CTATCTATTGACGTCACTTGTCATATAGTCGCTGTTTTTTTTTTTTGTTT
GAACCCAAGGCCTTGTGTAATTATACCTAGTTAGACCGCTATTTTAAACT
GAGATTAATATAAAAAATGTTGAGGCAGAATTGACACCTGTTTTTTGACA
CATAAATTATTATGTTATGTACCTATGCATCAAGATATGATGATAATTGT
TTTTTGATCACAACTATTCATTAGTATAGTATCTACACAGCTAAACTAGG
AGTCTAAGAACAAATTAAACAAATAAAAACCACTCATCACATTCAACACA
GCAGTTTCGCAGTGAAAGCCTGACAAAACAAACAAACAGTTAGATACTTT
CGCACTTTATAGTATTAATACAGCTATATTATCAACTAACAGACACACAA
GTTGTAGTTCTACGAACACATGATTATAAAAAACTTTAAGTGAGGGAGAG
GTTTGATGGAAAGTTCGCAACGCCACTCACTTAACACATGCGCAGTGCAG
CGAAAGAAAGTCGCCGCCATAGTATGGTAGGTACTAGGTAAAGCAATCAT
GCAAGTAGAGCGGATTATATTGCAAGACATAATATACACTATTATGTTCT
TGTGTAGCATATATGTAGGTACCTATACTACTAGAATGTATACAAATTGT
ATACACTTGTATTGTATATAACCTATGTTGATTAAACCTGGATTCAAATG
CATTTGAGTAATAATGTATTTGTACAGTTTTGAACACGACTCACCTATTA
TAAGTGGGTGTACATTGAACAGTGGCATTACATGCCATAATGTGCATCTC
TGCCTACCCCTTTGGGGATAAAGGGCGTGACGATATGACAATGATTAAAC
ACGATGAGATGCGATGGTAGCCAAGAATAGTGTATATGTATAACTATATT
ACAACAGTAACTATAGCAAAAGATAACGTAGATATTACAAATAGTAATTT
TCCTCTAAGATAAACTGCTCAGTCGTTATTAATGGTTATGTCAATCTTAA
AGCGATTTAGCGAGACATAGAAACAATACGTTGACATTGACACCCGTGTG
TTTGGGATTCCCAAGAAAATACGGCTAAATAATATTGTACCTTATGGTTT
AAAAATAAAACTCCAATTGTTTTACGTCACTTTATTTCGTGTAAAGATGG
TTACGTCAAATCATTTTCGTTTCTCTGGGAAAGTTCCTTCCTCCTTCCTG
ACATTTCCTTATCATCAAATCGACGTCAGCCTACTACTACTGTGGGCTTA
GTACGAGTTTGTTTTACGTTTAACGCGCAACTCACATTGGCTGGCTCCAA
ATAACTGACCAATCAGAGCGCCGAACGCGATCTCGTTTTGATTCGCCCTT
TGATTTCTTCCAATGACTTCAAGATGAATTAACACATTTTTAGTGTAGAA
AATAAGCAGAAAATATAAATTTTTGTACATACATCATTTTTTTTTGCTTA
ATATTATTTGCCATTCATGTTACATGTCACAAGAAAGATCATAAGCCTTG
CAGTACATCGAACAGTAACCTAGACTCCAATGTTATTGACAATTTCGACA
TCGAAGACACCAATAATACTTTGTCCTACAAAATGGTTACAAATACTTAC
ATTGTTTTTGGGTTTTTTCTGCAGAATGTTTAAGGCATTAATGACCTTTG
TAACACTGTATATAGCATTAAGTAAGTCCTTACTTAACAAAAATGACATT
GTCCTAAAATGAAAAAAAAAACCTATTTTTGTCATTTTATATTGCTGATG
CACTTGAGAAAAGCTTATGGTGATAGAATTCTTTAGTCTTATGTACCTTA
AATATTGTCATGCCATTACTACATAACACTATGCGTTATGAGTATTTCAA
CCAAGCAATAAAAAACTACAATGTCCAAAATAGTAGTATTACAATAACAC
TTTAACAGAATCTGATACTTCGGTATCTGTTAAAGTGTCATTTTATAGGA
CATAAAAAACATAACGGTCGAATTGAGAACCTCCTCCTTTTTGGGAAGTC
GGCTAAAAATAGTAATGTAGCATATCATATCTCTGGTGGCAAAAGCATCC
TCATACTACTTCTTATTCACCAAAGTCACCAACCGTCGAGTATAACTAAC
TTAAGACGGGATATTTACCATGTTTATTTTTGTCTATGAGTTTCCGATAT
TTCTGTTAGTGTTAGTTACTATGTCAGTTTAAAAACTTATATCGTCGAGT
ATAATCTTAACCCAATTTCTGTGTGTTCGCTGTAATGATTTTATTTAATA
AGGCCACCTATTTTATTTTCAAAGGCCTGGTTTACTGTCCAAGCAAGTAT
CATGTCCTAGTTTACCGATGCATTAATTAATAATTTGTTTCCATCGATTA
GATAATTCGTAGTATCGCATAGGTAGGTACAGACAGTAAGGCCACTGGGT
GAACATGTCAATGCCAGGTCTTGCTATTGATTATATCGTAGTTATTTCCA
ACATTGACGCGTAAACACATCTAATCTCCGTATTCAGTAATTTAATGGTT
ACTTAACCCAGTGCTTAGCAGTTGTTTTCGGAACTATATCGAAACTAAAA
CGAAAAACATCGGAAGAAACTAAGGAATAGTTTAAGTAAAAATCATTAAA
TGTCTCTGAGTACGGCAGTTTATTTTATCATCGTTGCTCAAAAAATAACG
CAAAAGAGACAAGTTCAACAATTTTCTTTTGTGGTCTTTCCCATCAACAT
CATATTATCGTAACGCATTTTGTAATAAATTAGTTTTTTTTATTCAAAAC
TTGTTAGAATATAAATTAGTATTCTTATCACGAATCGATACACTGGATCA
TCGCTTAGTCATTTTTTATGACTCAAAAAATCTCATAATGAAATGTCTAT
TTTATTTAGAGTATGGAGGATAAGTGTCGAATTGATTATACGGATGAGTA
ACAACACTAATATTGATAGGACAACATTCACTGATAATATTTGGACAGTA
TCTACTATTAGTCATACATTACTCTTAAATTGTCAGAAAGATTATAAGTT
CAAATAAAAATCGGATTATGTAGTAGTTAATGTGTATTCAAGATTTTACA
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TCGTTGCCCTTTATTTGTTTTACCCCCTATAAATTTCCTCAAAAACTAGG
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GTCGACATTTTGGTAACCAGACAGGTATTTTGAGATGCAAACACCTACAA
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TTGAATTTATTTATTTATATTGGGAAAAGAAACAGCTGTACATGGCAAAA
CAAATAATGGCAAAATAACCCTTTCTGATATTATTTTAATCCAATCCAAT
CCAATTATAGGTTTTCACTGATTAAAATTCAGAACTAGTGAAACGCCCAC
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CATACCAATACAATACAATAGTTAATAAATACAAATTCAAATAATTTACC
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TCTAACGTACACTCTCTCCCACAGACTCTGATGTACCTCCGTTTGTTCGC
GCACATTCTGGTCGGCTTCTTGATTGGTGCACTGTACTACGACATCGGCG
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CTGTTCCTCATGTACACTTCTATGACCATCACTATTCTTAGTTGTGAGTA
TTCGAATATAAGTTTTATTACTTATTGGCTTAGGTTGTTTTTAGATTGTC
TTACTGTCCGAGTGAAAGAAACGACAAGCAATATCAAACTTTAATTTTTA
ATGAATATAGTCGAAAATTCTTTGTACCATAATCTGATTACAATGTATTG
GTTTCCAGTTCCCCTGGAGATGCCTGTGCTGGTGAAAGAACACTTCAATC
GATGGTATTCGCTACGGTCCTACTATCTCGCCATCACCGTATCGGATATA
CCGTTCCAGGTAACACATATACTATATCTTTATGCTAATTTTGTCATATA
AGTATTTTTATACTTAAATGACAAAATTAGCAAAGTTAAATTAGAAAAAT
TAGCAAAAGAAAAAATTAGTTATACTTATATAAAAAATCTTTTAATTTTT
TACATATGATATATAGCCTTTTATGCCATAAAAGGGTGATAAAAGTTCAG
AATATAACATTAAATTCTTACGTCCTCATATAATAGTAGCGAGCCGTTTA
GAAGCTAATTATACCACAAACCATTCTAAACTCCGGATTACTGCTAAGAA
TTATTCGATCTTGAAAATTCCGTATAAGGGTTTTCGACCTTAATTACGGT
ACTACCGTATGCATAAATAATATTTGTTTAACTTCAATATGCATGTAGTT
AATCAACCCCCCACCCCCACACCCCATCTGTAAGTCTATGCTCAGCTGCC
AACGCCTTTAAGATTTAGTAGATTAGATTTAGTAATCTAAAATGATTAAT
GTTTAATTATTTGCACGTTCCAGGCAATATTCTGTGTGATCTACGTGGTG
ATAGTGTACCTGCTGACGTCGCAGCCGCCGGTGTGGTTCCGGTTCGCGAT
GTTCCTGTCCTCCTGTCTGCTCATCTCCTTCGTGGCGCAGAGTGTGGGAC
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AAAAATAGACCGGGAAGACACTTTTGAATATCAAAGCTAATATTACAATA
TTAAAATAAAATGACTGTCTATCGGTCAGTCCTCTAGTGAAGCTATTTGC
TTGTTCCAAAGTGTAGATTCCTATGGAGATCAATCTTAATAATATTTATC
CCAAGTGACTTAAAGTCCATTTTCCTTCATCAGGCGTCATTATCCACTTG
GAAAACTACACAATTGAGTTATTTTTATTACTTAGTTCATTCATATTAGC
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GCCTTCGTAACCCGAGCATTGACGTGTTTTGTGCACTTTAAATATTAATC
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TTATAGAGGCGAGTTTGAATTATATGGTGCTAATGTGATTTAGACTTAAA
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ACGCAATACTAGAAAAATGTGCGGTTGTTTTCAAGAGCTAAGCAGTAACT
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CGCGATCCCGGTGTACCTGCGCTGGATCACGTACCTGTCCTACATCAGAT
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CTTAAGTGCCATCAGGTATGGATTATTTAATTTTGCGATTATTTTTACTT
GTGAAACTCGGCGGCAAACGAAACGGCTTAGAGCTAGTTTTAACAAGATT
GCAACGCGGCTGCGTTCGGTGTTCTGATTGGCTGGTTAGGAGTCGAAATC
TTATTTTAAAATAAACGTTGTCCCACACTAGGATTTAGGTACATGACACC
CAGATCCGAAACAACAGTTTATGGATTACCCAAATAGTTGTTCCGTACGG
GAATCGAAACCGCATTGCGTGGCAGCCCGTTGAGCCAACCGTGCAGTCAA
TTTTATTGTTTGATATGGGTAAAGATTGTGATAGCTATATTTTGTAGAGA
AGACTCGTCTAGTAGTGAAATATGGTAAGCGGTCTTGTTTATTTAAATAA
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TGAAACTACTTTGGAGGAGTTGGACATGTTGAACGCAGACTTCACCCTCG
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CTCTTCCTGCGCTGGAAACTCAAATCTACCAGATAAGCGATATTACACCT
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TAGGGTTGTCACTTTGTCATCACCCATGTGATATCGACGAACTTACGGTG
CCGAATATTGAGTTTATAATGCAATTTTAAAAGCGATAGCTGTTTATTTA
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ACAACGGGACTGTACATTTCGAATATTATATGACAAAGTATGGGTCCTTA
CTATTCAGATGTTTAGAAATCTTACATGAAAACTACGTCCTGTCTTTATG
TCCATTTTCATTGCAAAAACATACATTAACTAGTTTTTATTATCGTAAAA
TTATTGTAGGAAAAAGAAGGACTATTGGGGTCAATAAAACTCTGACAGAT
AGAAGTTTGCTTCAAGCAAATTACTGACATTCAATCTTTGGTAGATTACT
ACTGACCCCAAATTGAAAAGACTAAGGATTAGTAATTTTGATATTGTATT
ATAATGCATGACAATTATTTCACATGTGTCTTTAATGCTCAAATCATGGC
CTTATTGCAATTTTCAATATTCATTGATTTTGAACAGAATGTAATGAAAT
GTGATAGCTACGTGTGATATAAAGGAAAGTTCACAAAACATAAAAATTAT
GACAGTTATAAAAAAGCTAATATTAATTTTATAAAATAAAAATTTAATTC
TATACACTATGGGCTTTTACGTTTTTACACCACAGACTATCCGAACCATA
GATAAATAATAGTAATCAGAGATTTTATAACAGATAATATAAATAGTAAG
ATCTGAAACAATCAGAAACCGAGCCTATATATCATTGTTAGAAATTATAA
AAAAAGTAAATTATAATTATGTGAATTCATTGATTATTTTGCTCATAAAT
TATTCATATTTCTTGCCTTACCGGCTTGCCGTTAATTTTATGTCAAAGAT
ATACGTAGTTTCATTCAAATAGTAACGGTAATTTCAATTATTTTTTTAAT
CTATAAAGACTGC

Coding sequence (CDS) from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+

>SFRICE003509-RA ID=SFRICE003509-RA|Name=SFRICE003509-RA|organism=Spodoptera frugiperda rice|type=CDS|length=1842bp|location=Sequence derived from alignment at SFRU_RICE_005193:42002..69164+ (Spodoptera frugiperda rice)
ATGGGACCTTCAGGCGCTGGCAAATCCACACTCCTCAATATCCTCACAGG
ATACAAGACATCAGGTATGGAAGGCAGTATCACAGTGAATGGCATGGAGC
GCAACCTGTCAAGTTTCCGTAAGCTGTCCTGCTACATTATGCAGGACAAC
CAGCTGCATGGAAACCTGACTGTGGAGGAGGCCATGGCCGTGGCCACTGC
TCTGAAGCTCCCCAGTGCTACCACCAGCGCTGATAAGGAGGAAGTGATCC
ACGAAATATTGGAAACCCTTGGTCTATCAGAGCACCACAAGACGATGACC
TCCAATCTCTCAGGAGGTCAGAAGAAACGACTCTCGATCGCCTTGGAGTT
GGTCAACAATCCTCCTATTATGTTCTTTGACGAGCCCACTTCGGGTCTGG
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GGGGGCAGGACCATCATCTGCACTATCCATCAACCTTCGGCGAGGTTGTT
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TGTCCATCGTACCACAACCCGGCTTCGTTCATCATTGAAGTCTCCTGCGG
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AGAATGATATTAGGACCGGCATGCCGTTCCCCGAGAGCAAAGTGCCAGAC
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ATGCGACGTCGGAACTCACCCAATTCTGGGTGGTACTCAAACGAACACTG
CTGTTCAGCAGGCGAGATTGGACTCTGATGTACCTCCGTTTGTTCGCGCA
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TTCCTCATGTACACTTCTATGACCATCACTATTCTTAGTTTTCCCCTGGA
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TGTGTGATCTACGTGGTGATAGTGTACCTGCTGACGTCGCAGCCGCCGGT
GTGGTTCCGGTTCGCGATGTTCCTGTCCTCCTGTCTGCTCATCTCCTTCG
TGGCGCAGAGTGTGGGACTTGTAGTCGGTGCTGCTATGAATGTTCAGAAC
GGCGTGTTCCTCGCTCCAGTAATGTCGGTACCGTTCCTGCTGTTCAGTGG
TTTCTTCGTGTCGTTCAACGCGATCCCGGTGTACCTGCGCTGGATCACGT
ACCTGTCCTACATCAGATACGGGTTCGAGGGCACTGCTCTCGCCACCTAC
TCCTTCGACAGACCCAAGCTTAAGTGCCATCAGACTTACTGTCACTTCAA
GAACCCTGAAACTACTTTGGAGGAGTTGGACATGTTGAACGCAGACTTCA
CCCTCGACATCGCAGCTCTCTGTCTCATCTTCCTTGTCCTACGTATATCC
GCGTTCCTCTTCCTGCGCTGGAAACTCAAATCTACCAGATAA

Synonyms

The feature 'SFRICE003509-RA' has the following synonyms


Synonym
SFRICE003509-PA
SFRICE003509
maker-SFRU_RICE_005193-snap-gene-0.39-mRNA-1

Orthology

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