rna4261 (mRNA) Diuraphis noxia

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Overview
NameXM_015508297.1
Unique Namerna4261
TypemRNA
OrganismDiuraphis noxia (Russian wheat aphid)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
JOTR01000081contigJOTR01000081:395289..408025 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diuraphis noxia NCBI Gnomon annotation (20160302)2016-03-02
Properties
Property NameValue
GbkeymRNA
GeneLOC107161763
Model evidenceSupporting evidence includes similarity to: 3 Proteins, and 99% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns
Productras-related and estrogen-regulated growth inhibitor, transcript variant X1
Transcript idXM_015508297.1
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
GeneID107161763
GenbankXM_015508297.1
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
LOC107161763gene2923Diuraphis noxiageneJOTR01000081 395289..408169 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XM_015508297.1rna4261Diuraphis noxiapolypeptideJOTR01000081 395880..408025 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
id37017id37017Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 395289..395692 +
id37018id37018Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 395839..395913 +
id37019id37019Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 395992..396207 +
id37020id37020Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 396447..396586 +
id37021id37021Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 396672..396818 +
id37022id37022Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 403758..403910 +
id37023id37023Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 404005..404128 +
id37024id37024Diuraphis noxiaexonJOTR01000081 407850..408025 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
XP_015363783.1cds4138Diuraphis noxiaCDSJOTR01000081 395880..395913 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1435bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TCGTGTCAGGCGCCCACGCGtgtttattaatcaaaattattcataataat
ataataccagcagtgtgtacattataatatagtatagatacGATACTACG
AAGGGATGGCTTGGcgagtaatattatgtgttataatgtgtattgaaatt
gtgtgaaataaaatattttatacggatTAATCGTCGTCGTGTAATACTTG
CTCACCAACTATAGGcacatattaacaataataattaatggggTCGGTGC
GCGTATAAATGTTTTACCTTCctttatggtaataataatattattatatt
atgtttatacttaaCAGAATCCGCACGATATAATAATAGAGGCACGAAAT
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aattgtacgcgcACAGCATTATAAAAACTTGGGCCGAACGTTGTCATGTC
CAACAAGGTCGCTGTTACTGAAGATCAAGttttttttttactcgttaTTA
TAAAGGGGTTGTCCGTGAACTTCACATATTTGCATTTCCccgtatatttt
tgttttaacattaaaataatacccaGACGCGTTGTCCAGCCGCCGTTTGC
CATGACATCTACACTGTACAATAAAATTGGACTTATACCTAAACAGAAAC
CGATTAGAGTAATGATTATGGGACAACCCGGCGTGGGGAAAACTgCGCTA
TTGGTGAggtttgtaacaaaaaaattcatCGGTGATTACGACCCCAACCT
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TCGAGATATTGGACACCGCTGGATACGTACAAGACAAATCTTGCAACTTA
GAAATGAATATGCGCTGGGCTGACGTGTTCATATTGGTATACTCCATTAC
GGATAAATGTTCGTTTGATGATTGCAGTAGACTCAAGTTTTTGATTAACT
ACAACAAAAAGAAACGTCGTCTCTCCACTAAAGATCATCCATTTGATGTG
CCAGTGATACTGGTAGGTAACAAAGTGGATCAACAGTATGATCGGATGGT
GACGTACGCAGAAGGTCGGAAACGGTGCCAGGAACTTGGATGCGTGGCTT
TTCATGAGATTTCAGTGAGGGAAGATGTCGACCAGgcgTATGCAGTGTTT
AAGGAAGCGTATACATGCTGGAAAGCAATGTCTAAAAATCCAAAACTAAA
ACGCTCTTCTTCTGATCACGGTGCAGAAGCACTCTTCAATTCAGCTTCTA
GAttcataaGTTGGCCGTTAGTGTTCGGAGATAGCGCGTGTAGTTCATCA
AATCGTACGGAAGACACTCCCGAGTTCCGTGCCAGGGCTTCGACGGAAGG
ACACATTCGATCAGGCACGACGGCTTGTCGGTACCTGCCCACGTTGTCAG
CCAGAGGAAGTATTTGCTGctatttgaagaaataa
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protein sequence of XM_015508297.1

>rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=330bp
MSNKVAVTEDQVFFLLVIIKGLSVNFTYLHFPVYFCFNIKIIPRRVVQPP
FAMTSTLYNKIGLIPKQKPIRVMIMGQPGVGKTALLVRFVTKKFIGDYDP
NLEKMYTHQVSMESEMVNFEILDTAGYVQDKSCNLEMNMRWADVFILVYS
ITDKCSFDDCSRLKFLINYNKKKRRLSTKDHPFDVPVILVGNKVDQQYDR
MVTYAEGRKRCQELGCVAFHEISVREDVDQAYAVFKEAYTCWKAMSKNPK
LKRSSSDHGAEALFNSASRFISWPLVFGDSACSSSNRTEDTPEFRARAST
EGHIRSGTTACRYLPTLSARGSICCYLKK.
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mRNA from alignment at JOTR01000081:395289..408025+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=12737bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia)
TCGTGTCAGGCGCCCACGCGtgtttattaatcaaaattattcataataat ataataccagcagtgtgtacattataatatagtatagatacGATACTACG AAGGGATGGCTTGGcgagtaatattatgtgttataatgtgtattgaaatt gtgtgaaataaaatattttatacggatTAATCGTCGTCGTGTAATACTTG CTCACCAACTATAGGcacatattaacaataataattaatggggTCGGTGC GCGTATAAATGTTTTACCTTCctttatggtaataataatattattatatt atgtttatacttaaCAGAATCCGCACGATATAATAATAGAGGCACGAAAT CAACGTTCTTCCGCGATCCCGTcgtgtgtacctatactatacgaCGCCga aattgtaggtataataataataataataattacttgtgGCAAAATCGTAT ATACATTGATGCCACCAATTTCCATTATTAAAGTGTTTTGGTTACGAtcg tatatacaaaatacatatattttataatatataatttgcatgtaatatag gtacgcgcACAGCATTATAAAAACTTGGGCCGAACGTTGTCATGTCCAAC AAGGTCGCTGTTACTGAAGATCAAGGTCCGCGacgttaaattacaatata atataatatactacattaaaactcttttcttattttttcttattttttct cagttttttttttactcgttaTTATAAAGGGGTTGTCCGTGAACTTCACA TATTTGCATTTCCccgtatatttttgttttaacattaaaataatacccaG ACGCGTTGTCCAGCCGCCGTTTGCCATGACATCTACACTGTACAATAAAA TTGGACTTATACCTAAACAGAAACCGATTAGAGTAATGATTATGGGACAA CCCGGCGTGGGGAAAACTggtaagacataataataaatatttattgtgac AATTACaccatatattatcatttatacacaataaatttataattacattg aaaaagatttataaatatataagtttgaCAAGGATGTACATTTGCAGACT CTCTCattataagtatacttatataatgctAGACATTTCATTTTAGGATT TATGTAGGCAAATTGGGTATAATTRTTATACgttcttatattataacatg tgttGCAGCGCTATTGGTGAggtttgtaacaaaaaaattcatCGGTGATT ACGACCCCAACCTAGAGAAAATGTACACGCACCAAGTGTCCATGGAATCG GAAATGGTCAACTTCGAGATATTGGACACCGCTGGATACGTACAAGACGT AAGAAAATGACAGTCGTTTTTCTAAtagattttcgtttttttttatacgc taGTCTTTTTATGATGCCTGTTGAATGTATTAGAAATCTTGCAACTTAGA AATGAATATGCGCTGGGCTGACGTGTTCATATTGGTATACTCCATTACGG ATAAATGTTCGTTTGATGATTGCAGTAGACTCAAGTTTTTGATTAACTAC AACAAAAAGAAACGTCGTCTCTCCACTAAAGTAAGAATTAGACGAAAACC ATTTAAGCCACcactgaaattattattaaataatttattcgaaaTATGAT AGCAGCTTTATTCTATATACAaatgtacgatataatattatgctgaaaaa tataattatttattgatactgATCATCAAAATATGCAAGACGATAtcgtt atatgtatacaaatgctcaaaataaaattaattatattgacatttataaa aaaaaatagcgttTTGTGTATTTGAATGctatacttgatatttttccCCT ACAaagaaaattgataaattataaatatgtttttgggtATAGTGCAGTGG AAAAATTTCTTTAGTGACCTATACGAAAtctataaatacgtataatctTA 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catttttatatacagggtgattcaccaagcatgctcgcccttttttttct tttataatgcagttatcaaaatctgatttttgaatatttaaatatactta aaaaccatattttcaaatacttgtgattttttgtaccacttaacaATCTT TTCCTGTGGAAATAtacacttttgtttttcaaataagaaccccctttttt actgtaaattatttagtggacaatttctttgaacattttgacgtattaaa atcaaaattcctattagtagtttttgagttattaaactTTGTGTTCTAAG AATAAAAGGTCAATAGTTTAGGTTTATAAGGTATGTGGTCCATGgtggat ttaaaatattagtcattaatattaatctatcaacataaataatttgtaaa aacgacATCAGTGGCTCAGTTGCTCAGTATCATAAATACTAGTTCAAATA GTACgtgtattttaaacttttgtaaaactatttttaaggactattatcct tagtacaaaacaattttaataactaagaaactactcatacggatttttaa ttatgtacataacatttttttttttaattatttcataaataatttatagt aaaaaaggaggttctcgtttgaaaaacagaagtttatatCGCCACAGGAC TCTccttaagtaataaaaaaatctcaagaattttaaaatatggtttttga gtatatttgaaaatcccaaaaataagaatttgaataaattcattatcaaa GGAAAAAAGCTGGAAAGTCGTGgatatcactctgctgtacagtaggttac aagtgggtcactgtaatggatggaattaaatttgaatccaatgatattat atcattataatataaaacgattctgagcggacatttttttttttgtgata aagatcgacaaacttgtaagaaatcttatattaaatttgaaaatcttaga 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Coding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000081:395289..408025+

>rna4261 ID=rna4261|Name=XM_015508297.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=990bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000081:395289..408025+ (Diuraphis noxia)
ATGTCCAACAAGGTCGCTGTTACTGAAGATCAAGttttttttttactcgt
taTTATAAAGGGGTTGTCCGTGAACTTCACATATTTGCATTTCCccgtat
atttttgttttaacattaaaataatacccaGACGCGTTGTCCAGCCGCCG
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GGCTTTTCATGAGATTTCAGTGAGGGAAGATGTCGACCAGgcgTATGCAG
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TTCTAGAttcataaGTTGGCCGTTAGTGTTCGGAGATAGCGCGTGTAGTT
CATCAAATCGTACGGAAGACACTCCCGAGTTCCGTGCCAGGGCTTCGACG
GAAGGACACATTCGATCAGGCACGACGGCTTGTCGGTACCTGCCCACGTT
GTCAGCCAGAGGAAGTATTTGCTGctatttgaagaaataa
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