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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Gbkey | mRNA |
| Gene | LOC107161889 |
| Model evidence | Supporting evidence includes similarity to: 4 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns |
| Product | twinkle protein, mitochondrial, transcript variant X1 |
| Transcript id | XM_015508485.1 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GeneID | 107161889 |
| Genbank | XM_015508485.1 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| LOC107161889 | gene3044 | Diuraphis noxia | gene | JOTR01000085 170019..174614 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| XP_015363971.1 | cds4326 | Diuraphis noxia | CDS | JOTR01000085 170119..170377 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >rna4453 ID=rna4453|Name=XM_015508485.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=1949bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000085:170019..174614+ (Diuraphis noxia)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATTACTATgtcctatattaatttaaatatagaatttgTGTTTACATAGCA
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TGCTTACCTCATGgtgTGCGTAAATTACCACAAGAATTACTGCCATCATT
GGAGTATTTTAACAGATTAATCTTATGGTTTGGAAATGATCAAATTGCAT
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CGGTTTGAATATtgacaaaatacttaaaacagcAGATAAAATGGTTCATC
CTagtattattcaattttcaacaatACGTAATGAAGTTTATGCAGAGTTA
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ATCTTAATTTAGACTTATTTGACAACTTAGCARATCAATTTGAAAAGCTT
CCACTTTATTTTTTGACTTTCCATGGTCCCCAACCACTAAATATGGTKAT
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TCAGAGCGATTTTGGCAACAAGATTCAATTATAGCAGAGTTTAGGAGGTT
TGCTACATATTCAAACTGTCATGTGACATTAGTAATGCATCCTAGGAAAG
AAAAAGATGTTGAACAGTTATCCATAAATTCTATTTTTGGTACTGCTAAA
GCCACTCAAGAAGCTgacaatattcttataatacaaaataaaattatgga
atctttacaaattaaaaaatatttacaggTTTCCAAAAATCGATATAATG
GTAATCTTGGAGTTATGTCTTTAGAATTCAATAAACAAAGTTTGAGTTTT
TCACAGCAAAAAacctaactatataattttttatatattcataaactaC back to topprotein sequence of XM_015508485.1 >rna4453 ID=rna4453|Name=XM_015508485.1|organism=Diuraphis noxia|type=polypeptide|length=606bp
MKFYYSIRNCSKILFHGKLIKQKLFFSIQNRMSKISSTDHDRTTSADFFV
AKLLDSFKVPYKNQFTCLLVRCSFCNNTSLYINKVTGWFICTHCLRYGDW
SVFKSHVNKNNEKICVPTPKNFEAGKDFKKKADNLMHFKSLRISSKKSIL
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CLPHGVRKLPQELLPSLEYFNRLILWFGNDQIAWNSARTFAKKLIENRCY
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QNHDKTLGMKWTKFPTLNKIIGGHRRGELTLLTGPTGSGKTTFISEYSLD
LAEQGLPTLWGSFEIRNQRLAKIMLQQFAKEPVHLNLDLFDNLAXQFEKL
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SERFWQQDSIIAEFRRFATYSNCHVTLVMHPRKEKDVEQLSINSIFGTAK
ATQEADNILIIQNKIMESLQIKKYLQVSKNRYNGNLGVMSLEFNKQSLSF
SQQKT. back to topmRNA from alignment at JOTR01000085:170019..174614+ Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >rna4453 ID=rna4453|Name=XM_015508485.1|organism=Diuraphis noxia|type=mRNA|length=4596bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000085:170019..174614+ (Diuraphis noxia)
ATTACTATgtcctatattaatttaaatatagaatttgTGTTTACATAGCA
TTCATAAATCAATTCAAAATCTATACttatttacctataaaaaaaataat
atgaaattttactATTCAATAAGGAATTGTTCGAAAATTCTTTTCCATGG
AaaattaatcaaacaaaaattattttttagtattcaaaATCGAATGTCTA
AAATTAGTTCAACCGACCATGATAGAACAACGTCAGCAGATTTTTTTGTT
GCAAAATTATTAGACAGTTTTAAAGTACCatacaaaaatcaatttacttG
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AGCTGGTAAAGATTTTAAGAAAAAAGCTgataatttaatgcattttaaat
cgTTAAGAATTAGCAGTAAAAAGAGTATTTTAAAAGCACTTAGTATGGAG
GTAATAGTTCTAAACTTTTTTAGCACCTAAtggctaaaattaatttaaac
ttttgtaataaacatttgaaataataatatttcagtattacataaaatta
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acttcaaATCAACAGTTGatctacctattttaattattactttcatttaa
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ATTGAAACTCATAATTAATCAATcaacaatgatttataaataaataggta
tataaatgtacattcACAAAATTATACTCATcctaattatgaatttatga
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ttaattgaatcgCACCATttataatgattgttatttatatatttattatt
attacctatttattttatttgttaaattgtatatacatacataatacata
tatatttaataatatctgtgTTAAAGATTTATGTCTACTGGGAATAAAGT
ATTATGTGGGTTacctataatcaatataaataaaattcaaaatactgtTT
TCAAGTGACAATYCACCATATAAAGTGgtattggtttaatattttagaag
tttaataatttattttcattaaatattttagtagctATTTAAgctttaaa
acttatttatataattaataatacaataaattagctcttttttagtttat
tttattattgcttgtGTTTAAaggattataataaacatactgTTTATTTT
ACaggaattaaaaatacaagacCTTGATCGTATTCCGGGTTTATACGTTA
ATTCAGAAAATAGTTCCTTGTACTTGACTATGatgcttaataataaaata
gttgttggatataaagaaattaaattagaaaatagtcTCAATCAAAATAC
TGTACCTGATGATTGTTGCTGGGGAATTGCTCAAGTTCCACCATTCACTT
CAAATCATAGTCAAAGTGCAATTATTGTTgatgattttaaacatttatta
gtaTTAGCTGGTCATCAATCATCTCATCATATTATTTGCTTACCTCATGG
TACTTATATTTCTTCTAtactatgtaaattaaaaaatgtcttagcaagta
taatatacttatggaTAGAGATCAATGtggtttaaacattatttatttaa
atagtagaattaattttaaaataattcaatagtgtttatttgattgtatt
ttatgttataaattaatttacttgtaTAACTAGTTATAATCATTCCAATc
ctattcataaaaatattttatttaaattatttgattcaaaGTRTCTAAAT
AAATGTTGTTGGATCAATTTATAATCACTTAAGTTGAATTTTCATTAAGt
gtatttaattacttaacaatttaataccttccaattattcttttttaagt
ACACTTGAATTCTATTTGTATACTATAACGTAATTTTAAGcacttgttat
aataattttatatttttaaggtgTGCGTAAATTACCACAAGAATTACTGC
CATCATTGGAGTATTTTAACAGATTAATCTTATGGTTTGGAAATGATCAA
ATTGCATGGAATTCAGCAAGAACATTTGCAaagaaattaatagaaaatag
atGTTATTTTATAAGACCTACTGATGATCAACCATCCCCTTATTTAGCAT
ATAAACTCGGTTTGAATATtgacaaaatacttaaaacagcAGATAAAATG
GTTCATCCTagtattattcaattttcaacaatACGTAATGAAGTTTATGC
AGAGTTACAGAATCATGATaaggttaaatataaaaaagtaaatagtaaca
aataaaaatttaaaaattaaagaacttTGTTTAGACTCTTGGAATGAAAT
GGACAAAATTTCCGACATTAAATAAGATTATTGGAGGCCATCGTCGTGGA
GAACTTACTCTATTAACTGGTCCAACCGGATCAGGAAAAACAACTTTTAT
AAGTGAATATTCATTAGATTTAGCTGAACAAGGCGTAAGTTATTCAAATA
GTTTGAATCatacactattaaaataaaacactttatttataataaattta
atataattatgatMGTAAGATTTTAGATAGTTTTTTAGTTATGCAGTTGT
ATATCCAGAAGTAATACAAATACAAcgaaatagtttttttcaacttaatt
tTCTGCTTTACTTttctatttaacataatttgtgGCCTGTATggagtttt
aatttatttgcaagTTTGCAACCAtatggtttaaattaaatttattaaaa
ttttcacatAATTTKTTATGACTTGAaggtaaacaaattatacacaGTTA
GATGACTTGGAAATGCCTTTCGTACTTACTTTAAATGAAAAGatttgttt
gataattaatttgttgtatCTCTTTTATAACATTCAATTACTAAcctaaa
tacatacaaaatatttgtWttaaatttaaaataataaatgtaaatttatt
gtgCATGTATAGTTGCCAACGTTATGGGGAAGTTTTGAAATACGTAATCA
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CTTTATTTTTTGACTTTCCATGGTCCCCAACCACTAAATATGGTKATGGA
TGTaagttgaatttaataatagttaatttataagaatcaaagcttatgaa
tttatgataaaatatgaaaatttacaagtgtaattatttaaattaagaaa
ttagaAGACTAAATGGGCACATtcgtacattaaaaataaaaataaattga
tgatgAGATTTTTCTTGGTATAGTCAACCCTGTTTTATTTGGACACATTA
GTTTGTGTTATTTTGTCCTAATTAAGCAGTTGTCTCaataaatcgaataa
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gaaaaatatGGTTactaattattcttaaaaatatgttcaaactttgtaaa
atattttttatcttacttaaaataaatatcccaTAAAAAAGATATATCCT
TTAAAATGGaattaaaatgttctttttaagcGGTTGTCCTTATTAACCTG
TGTCTCTTTTAAGTGAGATTAACTATATAGTTgatttaagaattaattaa
gtgtcatatttatcttttattttttccttttataggtatttttcaaaaat
ttttaactgtatagatttgtttaaaaatggcGTAgcagtgtattaaaata
tacattatacttacacttttttattattaggctGTTGTAAACGCtgttta
tgtatatgatattggCCATGTGATCATTGATAATGTACAATTTATGATGG
GCATTGGTGCCAAGTATGATATGGGTTCAGAGCGATTTTGGCAACAAGAT
TCAATTATAGCAGAGTTTAGGAGGTTTGCTACATATTCAAACTGTCATGT
GACATTAGTAATGCATCCTAGGAAAGAAAAAGATGTTGAACAGTTATCCA
TAAATTCTATTTTTGGTACTGCTAAAGCCACTCAAGAAGCTgacaatatt
cttataatacaaaataaaattatggaatctttacaaattaaaaaatattt
acaggtataaaagtagttattttagttacagtttatactgtatataatgt
ttaaaacaaaatatattttttgcaggTTTCCAAAAATCGATATAATGGTA
ATCTTGGAGTTATGTCTTTAGAATTCAATAAACAAAGTTTGAGTTTTTCA
CAGCAAAAAacctaactatataattttttatatattcataaactaC back to topCoding sequence (CDS) from alignment at JOTR01000085:170019..174614+ >rna4453 ID=rna4453|Name=XM_015508485.1|organism=Diuraphis noxia|type=CDS|length=1818bp|location=Sequence derived from alignment at JOTR01000085:170019..174614+ (Diuraphis noxia)
atgaaattttactATTCAATAAGGAATTGTTCGAAAATTCTTTTCCATGG
AaaattaatcaaacaaaaattattttttagtattcaaaATCGAATGTCTA
AAATTAGTTCAACCGACCATGATAGAACAACGTCAGCAGATTTTTTTGTT
GCAAAATTATTAGACAGTTTTAAAGTACCatacaaaaatcaatttacttG
CTTATTGGTAAGATGcagtttttgtaataatacatcgttatacattaata
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TCAGTATTTAAGTcacatgtaaataaaaataatgaaaaaatttgtGTACC
CACTCCAAAAAATTTTGAAGCTGGTAAAGATTTTAAGAAAAAAGCTgata
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AAAGCACTTAGTATGGAGgaattaaaaatacaagacCTTGATCGTATTCC
GGGTTTATACGTTAATTCAGAAAATAGTTCCTTGTACTTGACTATGatgc
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cTCAATCAAAATACTGTACCTGATGATTGTTGCTGGGGAATTGCTCAAGT
TCCACCATTCACTTCAAATCATAGTCAAAGTGCAATTATTGTTgatgatt
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TGCTTACCTCATGgtgTGCGTAAATTACCACAAGAATTACTGCCATCATT
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GGAATTCAGCAAGAACATTTGCAaagaaattaatagaaaatagatGTTAT
TTTATAAGACCTACTGATGATCAACCATCCCCTTATTTAGCATATAAACT
CGGTTTGAATATtgacaaaatacttaaaacagcAGATAAAATGGTTCATC
CTagtattattcaattttcaacaatACGTAATGAAGTTTATGCAGAGTTA
CAGAATCATGATaagACTCTTGGAATGAAATGGACAAAATTTCCGACATT
AAATAAGATTATTGGAGGCCATCGTCGTGGAGAACTTACTCTATTAACTG
GTCCAACCGGATCAGGAAAAACAACTTTTATAAGTGAATATTCATTAGAT
TTAGCTGAACAAGGCTTGCCAACGTTATGGGGAAGTTTTGAAATACGTAA
TCAACGTTTAGCAAAAATCATGCTTCAGCAATTTGCAAAGGAACCTGTGC
ATCTTAATTTAGACTTATTTGACAACTTAGCARATCAATTTGAAAAGCTT
CCACTTTATTTTTTGACTTTCCATGGTCCCCAACCACTAAATATGGTKAT
GGATgctGTTGTAAACGCtgtttatgtatatgatattggCCATGTGATCA
TTGATAATGTACAATTTATGATGGGCATTGGTGCCAAGTATGATATGGGT
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TGCTACATATTCAAACTGTCATGTGACATTAGTAATGCATCCTAGGAAAG
AAAAAGATGTTGAACAGTTATCCATAAATTCTATTTTTGGTACTGCTAAA
GCCACTCAAGAAGCTgacaatattcttataatacaaaataaaattatgga
atctttacaaattaaaaaatatttacaggTTTCCAAAAATCGATATAATG
GTAATCTTGGAGTTATGTCTTTAGAATTCAATAAACAAAGTTTGAGTTTT
TCACAGCAAAAAacctaa back to top
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